Trois exemples d’équation dans PubMed

copie pour blogParmi les 30 équations de recherche « commentées » de l’anti-manuel de PubMed, j’en ai choisi trois. Elles ne sont pas plus exemplaires que les autres mais elles montrent l’éventail des situations prises en compte : de la plus simple à la plus compliquée.

L’équation simple croise deux affiliations descripteur/qualificatif. Elle est exemplaire par la relation entre les 2 affiliations, impliquant le choix des qualificatifs.

L’équation complexe est composée de 3 affiliations et de 2 filtres. Elle est exemplaire par son nombre élevé de membres et par l’emploi de champs pour indiquer la nature des filtres.

L’équation de veille est exemplaire par sa gestion des parenthèses.

Les thèmes des requêtes n’ont pas été pris au hasard. Je me suis inspiré de ceux des articles sélectionnés par Evidence Updates au cours des 2 dernières années.

Les équations de recherche font l’originalité de l’anti-manuel de PubMed. Jamais un tel éventail d’équations n’a été mis en ligne ou publié. Ces 30 exemples d’équations de recherche sont une incitation à télécharger l’anti-manuel de PubMed pour s’initier, se perfectionner et, finalement, maitriser l’exploration de la banque de données.

Equation simple

Les corticoïdes dans les états infectieux sévères

Sepsis/DT AND Adrenal Cortex Hormones/TU

Quand vous formulez une équation de recherche contenant 2 affiliations, le choix des qualificatifs dépend de la relation que vous souhaitez établir entre ces 2 affiliations.

Dans le cas d’une affiliation « maladie » et d’une affiliation « classe thérapeutique » (ou « médicament »), la relation la plus fréquente est une relation thérapeutique. Le qualificatif de la maladie est drug therapy ou DT et celui de la classe thérapeutique (ou du médicament) est therapeutic use ou TU.

Cette relation DT-TU est la plus fréquente entre une maladie et un médicament, mais ce n’est pas la seule.

Le thème général (les corticoïdes dans les états infectieux) est emprunté à un article sélectionné par Evidence Updates : Annane D, Bellissant E, Bollaert PE, Briegel J, Keh D, Kupfer Y. Corticosteroids for treating sepsis. Cochrane Database Syst Rev. 2015 Dec3;12:CD002243.

 

Equation complexe

Les revues générales publiées depuis 2010 sur la thrombectomie endovasculaire dans les AVC ischémiques

Thrombectomy/MT AND Endovascular Procedures/MT AND Stroke/TH AND 2010:2016 [dp] AND review [pt]

La complexité de l’équation de recherche est liée au nombre de ses membres : trois affiliations descripteur/qualificatif et 2 filtres (date et type de publication).

La thrombectomie endovasculaire se traduit en langage MeSH par 2 descripteurs auxquels sont affiliés le même qualificatif : methods (MT).

Le caractère ischémique des AVC n’est pas pris en compte dans le choix du descripteur. Il est sous-entendu dans le contexte de la requête.

Les filtres date et type de publication sont sans particularités.

Le thème général (la thrombectomie endovasculaire dans les AVC) est emprunté à un article sélectionné par Evidence Updates :
Badhiwala JH, Nassiri F, Alhazzani W, Selim MH, Farrokhyar F, Spears J, Kulkarni AV, Singh S, Alqahtani A, Rochwerg B, Alshahrani M, Murty NK, Alhazzani A, Yarascavitch B, Reddy K, Zaidat OO, Almenawer SA. Endovascular Thrombectomyfor Acute Ischemic Stroke: A Meta-analysis. JAMA. 2015 Nov 3;314(17):1832-43.

 

Equation de veille

Le traitement de l’hypertension résistante

Hypertension/TH AND Drug Resistance [mh] OR ((hypertension [tiab] OR high blood pressure [tiab]) AND (therapy [tiab]OR treatment [tiab]) AND drug resistance [tiab] NOT MEDLINE [sb])

L’équation de recherche la plus cohérente aurait dû se formuler : Hypertension/DT AND Drug Resistance [mh] C’est en effet de la résistance médicamenteuse dont il est question dans le thème de la requête.

La présence de drug therapy dans un titre ou un résumé est peu plausible alors que celle de therapy ou de treatment l’est beaucoup plus.

Leçon : formuler une équation de veille nécessite de prendre du recul par rapport à la formulation-type et d’évaluer les chances de retrouver certains termes dans les titres et les résumés.

Le thème général (l’hypertension résistante) est emprunté à un article sélectionné par Evidence Updates :
Williams B, MacDonald TM, Morant S, and alBritish Hypertension Society’s PATHWAY Studies Group. Spironolactone versus placebo, bisoprolol, and doxazosin to determine the optimal treatment for drug-resistant hypertension (PATHWAY-2): a randomised, double-blind, crossover trial. Lancet. 2015 Nov 21;386(10008):2059-68

 

Crédit photo
Paris 75002 BNF Site Richelieu par Osbornb licence CC BY2.0

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L’anti-manuel de PubMed valorise l’affiliation descripteur/qualificatif

affiliationSur chaque référence indexée est accrochée une étiquette
Sur cette étiquette sont listés les termes caractérisant le contenu de l’article. Cette étiquette, c’est l’index.

Les termes de l’index appartiennent à un thesaurus, un vocabulaire dans lequel les termes (ou descripteurs) ont, entre eux, des relations hiérarchiques. C’est le langage de PubMed.

Un descripteur peut se combiner à un autre terme. Cette combinaison, appelée affiliation descripteur/qualificatif, est au cœur de l’index de chaque article. C’est la grammaire de PubMed (tout au moins l’essentiel de la grammaire).

La logique voudrait que celui qui interroge PubMed le fasse avec les termes de l’index
Cela parait d’une telle évidence qu’on s’étonne qu’une équation de recherche contenant au moins une affiliation descripteur/qualificatif ne soit pas la règle.

Il faut dire que la National Library of Medicine ne donne pas l’exemple. Ses deux automates, celui qui interroge (Automatic Term Mapping) et celui qui indexe (MeSH on demand), ne savent pas « mouliner » en affiliation les termes qu’on leur soumet.

L’anti-manuel de PubMed redresse la barre…
… en accordant une large place au langage et à la grammaire de PubMed et en faisant la part belle aux affiliations descripteur/qualificatif dans ses trente modèles d’équation.

Crédit photo :
Together par Andrew Blight (licence CC BY 2.0)

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L’anti-manuel de PubMed est sur Amazon

L’anti-manuel, le retourcopie pour blog
Il y a un an, l’anti-manuel de PubMed était au programme du blog sous la forme de 4 billets d’anthologie.
Aujourd’hui, j’en rajoute une couche. C’est une couche plus épaisse (88 pages), en ligne sur Amazon et téléchargeable en échange d’une place de cinéma, d’un paquet de gauloises ou d’un café au Fouquet’s (7€).

Anti-
L’anti-manuel de PubMed s’oppose aux formations (en ligne ou en live) dans lesquelles l’apprenant est considéré comme un débile profond.

Les modes d’emploi
Ceux de PubMed considèrent la banque de données comme une machine à laver avec des services en guise de programmes et des items à la place des manettes et des boutons-poussoir. Erreur de casting car les services et les items ne servent à rien. PubMed, c’est une fenêtre à remplir !

Les PubMed pour les nuls
Les poteaux indicateurs (copies d’écran) des PubMed pour les nuls témoignent de la pauvreté pédagogique de ces images et du peu de considération accordée à l’apprenant .

Les tutoriels vidéos
Le pointeur de la souris se contente de proposer la visite de l’interface mais la vidéo se garde bien d’aborder les « sujets qui fâchent » (ceux qui traitent du langage et de la grammaire de PubMed).

Les collations prétexte
Dans ces « collations », le temps de cerveau disponible est plus occupé par le remplissage de l’estomac que par l’absorption de concepts originaux. Ces formations-prétexte sont trop courtes : une formation à PubMed ne se fait pas entre la poire et le fromage.

Crédit photo (la fenêtre de la page de couverture)
Paris 75002 BNF Site Richelieu par Osbornb licence CC BY2.0
https://www.flickr.com/photos/osbornb/10907675646

L’anti-manuel de PubMed

 

 

 

 

 

 

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Ce que révèle l’interrogation de PubMed sur le dopage de Maria S.

Ergogénique en théorie, sans efficacité réelle probablement, mais certainement placée sans raison valable sur la liste des produits dopants. Tel peut être caractérisé le meldonium après être passé dans la « moulinette » de PubMed et de la littérature médicale récente.

L’histoire
A l’Open d’Australie (janvier 2016), la joueuse de tennis russe Maria Sharapova est contrôlée positive au meldonium, une molécule inscrite sur la liste des produits dopants depuis le 1er janvier 2016. La joueuse plaide sa bonne foi, mais est écartée des courts par la Fédération international de tennis, le temps de savoir à quelle sauce elle sera mangée.

La suite de l’histoire
L’interrogation de la banque de données PubMed avec l’équation meldonium [nm] OR (meldonium [ti] NOT MEDLINE [sb]) fournit 192 références (13/03/2016).

Pour les afficionados, cette équation unit avec l’opérateur OR la recherche du « supplementary concept » meldonium dans l’index des références indexées dans MEDLINE (en prenant en compte le langage et la grammaire de PubMed) et la recherche du terme meldonium dans le titre des articles non indexés (de façon à ne pas manquer les plus récents).

Premier enseignement : le meldonium a toutes les propriétés pour être une substance ergogénique aux yeux des athlètes et des soigneurs. L’abstract d’un des derniers articles sur le meldonium contient des expressions qui font tilt dans la tête des sportifs en mal de performance, notamment : « régulation des voies du métabolisme énergétique » ou « homéostasie de l’énergie cellulaire ». Il manque juste le mot oxygène, le graal.

Deuxième enseignement : l’efficacité réelle sur la performance reste très hypothétique. L’équation Doping in sports [mh] AND meldonium [nm] n’affiche aucune référence.

Le troisième enseignement est tiré de l’article le plus récent sur la meldonium tiré du BMJ. C’est une courte « news », sans grand intérêt sauf qu’elle a suscité une réponse particulièrement éclairante. Elle émane d’un interniste du Nicaragua qui fait un rapprochement (même mécanisme d’action) entre le meldonium et la trimetazidine (alias leVastarel, déremboursé en France en 2011 faute de « service rendu »).

La morale de l’histoire
Elle tient en 2 mots : naïveté et incohérence.

La naïveté de l’athlète ne fait aucun doute. On ne se gave pas de meldonium pendant 10 ans sans se demander à quoi ça sert. A sa décharge : la compétition, le classement ATP, les aléas de l’avancée en âge, les périodes de méforme… et la pilule qui rassure.

L’incohérence de la liste des produits dopants élaborée par l’Agence mondiale antidopage (AMA) est plus troublante. La liste est établie après qu’ait été constatée l’utilisation régulière d’une substance à des fins d’amélioration de la performance. Peu importe que la substance soit proche de la poudre de perlinpinpin ou de mica panis. Ainsi, dans un billet de blog du British Journal of Sports Medicine, on apprend que la décision de l’AMA de porter le meldonium sur les fonts baptismaux des substances dopantes s’est appuyée sur les contrôles effectués lors des jeux européens de Bakou (2015) où 8% des 762 contrôles étaient positifs à cette substance. Personne à l’AMA ne s’est soucié de l’efficacité du meldonium sur la performance. Et l’interniste du Nicaragua de conclure dans sa réponse à la « news » du BMJ : « should its use by healthy athletes be considered doping ? »

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L’interrogation de PubMed n’est pas uberisable

Le 3 janvier 2016, Philippe Ameline a tweeté : « Tss, tss, je pense que vous serez étonné du nombre de non-médecins plus à l’aise avec PubMed que les praticiens ».
Plus à l’aise ? Pourquoi pas.
Plus performant ? J’en doute.

Explication
L’interrogation de PubMed se déroule en 4 étapes :
– choix des mots clés ;
– traduction des mots clés en « langage MeSH »  ;
– formulation de l’équation de recherche en tenant compte de la « grammaire PubMed » ;
– analyse du résultat et reformulation éventuelle.

La première  et la dernière étapes sont déterminantes dans le résultat final.
Dans le choix des mots clés (première étape), le médecin a dix longueurs d’avance sur le non médecin. C’est normal : ses connaissances médicales et son « sens clinique » font qu’il est plus apte qu’un simple quidam à exprimer le contenu de la requête en mots clés.
Les 2 étapes suivantes (celles où le médecin est parfois moins à l’aise) sont purement techniques donc faciles à maitriser grâce à quelques conseils.
La dernière étape redonne au clinicien un avantage décisif. En effet, l’équation formulée à la 3è étape est rarement la bonne. Dans la majorité des cas, elle mérite d’être reformulée pour, en fonction de la sensibilité (ou de la précision) escomptées, parfaire le résultat. Dans cette reformulation, le médecin est le « roi du pétrole ». Tout simplement parce que ses compétences de clinicien lui permettent de formuler « au plus près » cette nouvelle équation.

Constat final
Il ne suffit pas d’être à l’aise pour être performant. Le médecin qui est largement « au dessus du lot » dans les 2 étapes décisives de l’interrogation de PubMed est le plus apte à obtenir un résultat satisfaisant (références en adéquation avec la requête) dans l’interrogation de la banque de données.

 

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Fuyez les « pass navigo » de PubMed

3422362337_36ddc79f22_m (1)Les tutoriels qui fournissent des indications sur la façon de naviguer dans PubMed peuvent être assimilés aux « pass navigo » qui donnent accès au métro (et à la circulation dans ses couloirs…).
Ces tutoriels indiquent vers quoi diriger le pointeur de votre souris et comment cheminer dans l’interface. Mais, cela ne sert à rien de cheminer (ou naviguer) dans PubMed… Explications.

Trois « aides à la navigation »

La première aide, en provenance de la NLM (« building the search ») utilise des poteaux indicateurs (des copies d’écran) pour vous orienter dans l’interface. Son principal défaut est d’être rédigé en anglais.

Depuis plusieurs mois, l’équipe de DocToBib inonde YouTube de vidéos (52 à mon compteur) dont un grand nombre conduisent le médecin ou l’étudiant vers des fonctions ou des services de PubMed… sans intérêt.

Très récemment le centre de documentation de la Haute école de santé de Genève a mis en ligne une vidéo de 11 minutes où tout est dit, mais où rien n’est expliqué. Surtout, la formulation fait appel aux automates (builder et history). Une très mauvaise idée.

Imposture

Les « pass navigo » de PubMed vous prennent pour des imbéciles. PubMed, c’est simple : il suffit de remplir une fenêtre d’interrogation. Et la fenêtre d’interrogation de PubMed vous tend les bras dès l’affichage de la page d’accueil. Alors, quel besoin de faire des simagrées de navigation ?

Les « pass navigo » de PubMed vous mentent en vous faisant croire qu’il suffit de naviguer dans l’interface pour explorer la banque de données. En réalité, cette aptitude à naviguer ne représente que 5% des compétences nécessaires pour interroger correctement PubMed. 95% des compétences sont dans le choix judicieux des termes de la requête et dans l’utilisation du langage (affiliation descripteur/qualificatif) et de la grammaire (champ). Deux notions inconnues des « aides à la navigation ».

Fuyez donc les « pass navigo » de PubMed et apprenez à parler et formuler « PubMed ». C’est la seule façon d’afficher des références en adéquation avec votre requête.

Illustration :
Decapping the Navigo par Travis Goodspeed Licence CC BY

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On ne plante pas un clou avec une clé de 8

clé de 8

Vous vous retrouvez au petit matin devant les résultats PubMed de votre recherche « sodomie et mycose vaginale » (Jaddo  Petit traité imaginaire de médecine réelle 2 juin 2015)

Merci à Jaddo d’avoir fait allusion à PubMed en ces termes dans son dernier billet. Cela me donne l’occasion de revenir sur l’aberration qui consiste à entrer 2 ou 3 mots dans la fenêtre d’interrogation de PubMed à des fins diagnostiques ou thérapeutiques.

Dans un précédent billet, j’avais fustigé cette démarche. Aujourd’hui, je ne peux que confirmer que PubMed n’est ni le Sémiologiste, ni l’Assistant Médical (Jean Thouluc), mais une banque de données dont la vocation est d’établir des listes références.

Une publication récente (Et si on faisait une recherche PubMed) est convaincue du contraire. L’article, disponible (texte + vidéo) dans l’archive ouverte HAL, contient son pesant d’incongruités.

L’ennemie, c’est la moulinette
Il est incongru qu’une banque de données indexée en langage MeSH et disposant d’une grammaire originale (affiliation ; champ) soit interrogée « à la Google », c’est-à-dire avec les termes du langage courant et une grammaire élémentaire. Telle qu’elle est formulée dans l’article, cette recherche « à la Google », appelle deux remarques. D’une part, l’opérateur booléen AND est en majuscule dans la vidéo (c’est correct) et en minuscule dans le texte (là, c’est n’importe quoi). D’autre part, le mot composé sore throat n’est pas mis entre guillemets comme c’est la règle pour les expressions et mots composés dans Google.
ça sent l’amateurisme à plein nez. En réalité, les conséquences sont négligeables car, dans PubMed, toute équation « à la Google » subit l’assaut de l’Automatic Term mapping qui la mouline dans tous les sens avant de recracher un résultat dont l’adéquation est loin d’être la qualité première.

PubMed et Google : même combat
La deuxième incongruité est de demander à PubMed de faire ce à quoi il n’est pas destiné : donner une indication diagnostique ou thérapeutique. Il y a dix ans, on l’avait aussi demandé à Google et le New England Journal of Medicine s’en était fait l’écho. Mais Google n’en est pas devenu pour autant autre chose qu’un outil de recherche sans égal pour trouver l’adresse du pizzaiolo du quartier ou la date de naissance de Clint Eastwood. Mais… pas plus.

Anecdotiques
Les résultats obtenus aussi bien par PubMed que par Google dans la recherche d’un diagnostic ou d’un traitement sont des curiosités. Sans plus. Ils sont réels, mais aussi anecdotiques que les exploits thérapeutiques revendiqués par les naturopathes, phytothérapeutes et autres magnétiseurs. Rien ne justifie que ce type de démarche devienne la règle. Loin de là.
A mon avis : à oublier… comme les thaumaturges.

Note pour les curieux
L’équation de recherche : (Candidiasis, Vulvovaginal [mh] OR vaginitis [mh]) AND (sodomy [ti] OR buggery [ti]) ne donne aucun résultat dans PubMed C’est à mon avis la seule façon d’interroger PubMed avec la requête de Jaddo.

Illustration
Hardware merchandising january-march 1919
Internet Archive Book Image
Aucune restriction de droits d’auteur connue

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L’anti-manuel (suite et fin)

fromage et dessertMy NCBI a oublié de prévenir ses « fidèles » qu’une équation de veille ne se formulait pas comme une équation de recherche. Un oubli qui montre à quel point ce service mérite d’être… oublié.

Comprendre
Dans PubMed, certains articles sont indexés et d’autres (moins nombreux) ne le sont pas.
Les articles indexés constituent la banque de données MEDLINE.
Les articles non indexés sont identifiés dans la notice au format abstract sous 3 formes :
PubMed in process (article en cours d’indexation) ;
PubMed as supplied by publisher (article en attente d’indexation) ;
PubMed (article de PubMed Central non « accrédité » dans MEDLINE).

Fromage et dessert
Le fromage est la partie indexée. Son équation de recherche est conforme au langage et à la grammaire de PubMed : mots-clés « affiliés » et mots-clés « accompagnés ».
Le dessert est la partie non indexée. En l’absence d’index, les mots-clés (en langage courant) sont recherchés dans les titres et les résumés. La grammaire se résume au champ [tiab] accompagnant chaque mot clé et à la mention NOT MEDLINE [sb] pour éviter d’étendre la requête à la partie indexée.

Maroilles et tarte aux fraises
On ne mélange pas dans la même assiette le Maroilles et la tarte aux fraises. Ainsi, le « et » de fromage et dessert n’est pas un AND (croisement de 2 mots clés), mais un OR (union de 2 mots clés) afin de prendre le fromage et le dessert séparément (et non « mixés »).

 

GL

Dans le grand livre de PubMed, des exemples montrent comment formuler une équation de veille et surtout comment mettre en place les parenthèses pour gérer correctement l’opérateur booléen OR.

Illustration
Cutting the pies and cakes at the barbeque dinner, Pie Town, New Mexico Fair.
The Library of Congress – Flickr The Commons

 

 

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L’anti-manuel (4)

equationIl n’y a qu’une seule bonne façon de formuler la première équation, mais il faudra toujours la reformuler*. C’est écrit nulle part, mais ça tombe sous le sens.

Une seule bonne façon…
Pour formuler la première équation selon le langage et la grammaire de PubMed, il n’y a pas 36 façons de faire.
Aucun mot-clé ne doit être abandonné à son triste sort. Chacun est associé à un autre (dans une affiliation) ou accompagné d’un champ (précisant sa nature et sa localisation).

… mais il faudra la reformuler
car les chances qu’elle soit en parfaite adéquation avec la requête sont aussi grandes que celles de gagner le gros lot à l’Euro Millions.
En règle générale, le résultat est :
– trop bruyant ; un grand nombre de références sont sans rapport avec la requête ; il faut améliorer la précision ;
– trop silencieux ; il n’y a qu’un petit nombre de références même si certaines sont adéquates ; il faut améliorer la sensibilité.

* Ce n’est pas le genre de discours que tiennent les tutoriels car il est trop démoralisateur. Leur message est plutôt : « voyez comme c’est simple de naviguer dans l’interface et de cliquer sur les boutons, les logos, les items… ».
Rappel : interroger PubMed c’est remplir une fenêtre… et c’est le seul message qu’il convient de faire passer.

Illustration
Journal de mathématiques pures et appliquées 1836 – Internet Archives Book Images
Flickr The Commons

GLDans le grand livre de PubMed, la formulation de la première équation et les reformulations successives visant à améliorer la sensibilité ou la précision sont largement développées à l’aide d’exemples.

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L’anti-manuel (3)

imageVanter les performances de PubMed dans la recherche d’une solution à un problème clinique est manifestement outrancier. Pourtant, certains ne se sont pas privés de le faire. En France, c’est  (texte et vidéo)* ; aux Etats-Unis, c’est .

Rappel : la vocation première d’une banque de données bibliographiques est de référencer un article scientifique ou une thèse et non de résoudre le problème clinique du moment. Pour cela, il y a d’autres outils qui proposent des réponses dans le cours de la consultation (CRAT, Antibioclic…) ou en léger différé (Dynamed, UpToDate, CISMeF, BDBfr…).
Sur le site de la SFMG, la Doc du Doc (Michel Arnould) affiche une liste cohérente d’espaces documentaires destinés à « accompagner » les praticiens dans leurs recherches. Dans la Revue Médicale Suisse (2015 ; 1060-1063), Jean-Gabriel Jeannot en fait autant.

PubMed, c’est juste pour établir une liste de références… qui peut, à terme, déboucher sur la résolution d’un problème diagnostique ou sur une décision thérapeutique dans le cadre d’un groupe de pairs ou d’un staff hospitalier.

* Le texte et la vidéo disponibles dans l’archive ouverte HAL proposent une requête à la Google pour faire le diagnostic d’un cas clinique. A l’évidence ce diagnostic est à la portée du Sémiologiste ou de l’Assistant médical de Jean Thouluc. Une utilisation consternante de PubMed !

GLLe grand livre de PubMed est un bon exemple d’anti-manuel se démarquant des poteaux indicateurs (vidéos et copies d’écran) sensés explorer la banque de données. Comme si l’interrogation de PubMed se réduisait à une série de clics activant des automates.
Mais l’approche de PubMed peut se faire de façon moins servile (vis-à-vis des automates) et plus hiérarchique (vis-à-vis de l’essentiel). C’est ce que fait le grand livre.

Illustration
Medical men use the Library reading room
National Library of Medicine
Flickr The Commons

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