« Soyez le maître à bord » n’est pas un mode d’emploi de PubMed mais une méthode d’exploration de la banque de données

cap 1

La méthode « Soyez le maître à bord » part du principe que les différentes fonctionnalités de l’interface, telles qu’elles sont décrites dans les tutoriels à base de vidéos et de copies d’écran, ne servent à rien…
… sauf à vous faire perdre le contrôle de votre requête.

Pour conserver ce contrôle, vous devez concentrer votre attention sur un seul espace : la fenêtre d’interrogation. C’est là que tout se joue et votre unique souci doit être : avec quoi la remplir ? Vous pouvez oublier le reste.

Vous remplissez la fenêtre avec des mots :
– en respectant le langage et la grammaire de l’outil de recherche (affiliations, champs, opérateurs…),
– et en reformulant la première équation selon le résultat obtenu.

La première mesure (l’interrogation dans les règles) vous évite d’interroger PubMed « à la Google » et de solliciter l’Automatic Term Maping (ATM).
L’interrogation « à la Google » et la sollicitation de l’ATM affichent 500 références quand 20 seulement correspondent à votre recherche. Vous perdez votre temps à faire (mal) le tri entre les adéquates et les inadéquates quand une interrogation plus exigeante en affiche dix fois moins.

La seconde mesure (la reformulation de la requête) vous permet de « redresser la barre » et de « jouer » sur la sensibilité ou la précision du résultat sans demander aux algorithmes de Best Match et de Similar Articles ou aux équations toutes faites de Clinical Queries de le faire à votre place.

La méthode « Soyez le maître à bord » considère que vous êtes plus compétent :
– que l’ATM pour afficher les références en adéquation avec votre requête,
– et que les algorithmes et les équations toutes faites pour « recadrer » votre équation.

C’est vous qui contrôlez votre requête tout au long de sa formulation.
C’est vous le seul maître à bord et ….
… c’est vous qui savez à qui vous en prendre si le résultat n’est pas à la hauteur de vos attentes
.

L’auteur
20 ans d’animation de formations à la recherche documentaire (1997 – 2016) dans la cadre notamment du DU de journalisme médical (Paris Descartes) et du département de médecine générale de l’UFR SMBH (Paris 13).

76 références dans PubMed sur le thème de la recherche bibliographique, à retrouver avec les équations :
PubMed/OG AND Eveillard P [au]
InformationStorage and Retrieval/MT AND Eveillard P [au]
Databases, Bibliographic/ST AND Eveillard [au]
MEDLINE [mh] AND Eveillard [au]

PubMed  : Soyez le maître à bord
Livre broché 9,50 €
https://www.amazon.fr/dp/1549630067

 

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L’érythropoïétine est sans effet sur la performance des cyclistes dans la montée du Ventoux

Capture ventouxAprès un traitement par l’érythropoïétine, les coureurs cyclistes améliorent leurs tests d’effort maximaux. En revanche, cela ne modifie en rien leur résultat aux tests sous-maximaux ni leur performance en course.

L’effet sur la performance en course (montée du Ventoux) avait, en son temps (juillet 2016), fait l’objet d’une conférence de presse rapportée dans le N° 6296 du périodique Science (Cyclists’ favorite drug falls flat in trial). Un an après, l’article original est mis à la disposition des internautes online first et free of charge. Coïncidence : cette mise en ligne a lieu le 29 juin 2017, deux jours avant le départ du Tour de France.

48 coureurs cyclistes
Au printemps 2016, 48 coureurs cyclistes de sexe masculin et bien entrainés ont été enrôlés dans une étude menée par le Centre for Human Drug Research de l’université de Leyden aux Pays-Bas.
Les critères d’inclusion étaient : une puissance de pédalage supérieure à 4W/kg, un ECG d’effort normal, un taux d’hémoglobine entre 8 et 9,8 mmol/L et un hématocrite inférieur à 48%.
La moitié d’entre eux (tirés au hasard) ont bénéficié d’un traitement par l’érythropoïétine (une injection par semaine pendant 8 semaines) de façon à augmenter leur taux d’hémoglobine de 10 à 15% (par rapport à leur taux de départ). L’autre moitié a constitué le groupe témoin.
Pendant l’étude, les deux groupes de coureurs se sont entrainés de la même façon (en termes de durée et de distance).

Tests d’effort maximaux : avantage à l’érythropoïétine
Le protocole est progressif par paliers.
Après un échauffement à 175W, la puissance de freinage est augmentée de 25W toutes les 5 minutes avec une fréquence de pédalage de 70 à 90 par minute. L’épuisement est atteint lorsque la cadence de pédalage ne peut plus être maintenue au-dessus de 70/minute.
Résultat du test : pour 2 des critères principaux (la puissance maximale et la consommation maximale d’oxygène) les coureurs du groupe érythropoïétine sont avantagés.

Tests d’effort sous-maximaux : aucune différence entre les 2 groupes
Le protocole est continu à 80% de la puissance maximale pendant 45 minutes.
L’objectif fixé au coureur est de fournir la meilleure performance pendant les 45 minutes. Pour cela, il peut « ajuster » la force de freinage de l’ergocycle (pour plus de puissance s’il s’en sent capable ou pour moins s’il est au bout du rouleau).
Résultat du test : la puissance moyenne développée par le coureur pendant 45 minutes ne diffère pas de façon significative dans les 2 groupes que ce soit en valeur absolue ou rapportée au poids de corps. Il en est de même pour la consommation d’oxygène moyenne.

Montée du Ventoux : même temps pour les 2 groupes
Protocole : l’ascension (21,5 km avec une pente moyenne de 7,5%) est précédée d’un parcours de 110 km effectué en peloton pour que les coureurs arrivent groupés au pied du Mont Ventoux.
Résultat : le temps moyen pour monter au sommet du Ventoux ne diffère pas de façon significative entre les 2 groupes.

Note de l’auteur du billet Il s’agit du premier essai clinique contrôlé réalisé dans les « règles de l’art » pour évaluer les propriétés ergogéniques d’un médicament.
Saluons l’initiative !

Photo :
Mont Ventoux par Jason Licence CC BY 2.0

 

 

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PubMed : soyez le maître à bord

Capture pubmed

L’exploration de la banque de données bibliographiques PubMed est d’autant plus performante que vous restez maître de la situation tout au long de la formulation de l’équation de recherche.

Pour atteindre cet objectif, vous devez éviter d’emprunter les chemins de traverse que sont les automates et les algorithmes mis à votre disposition dans l’interface. Ceux-là même vers lesquels se plaisent à vous conduire les tutoriels à base de copies d’écran et de vidéos.

Si vous « passez votre chemin », vous pouvez concentrer votre attention sur le seul espace qui le mérite : la fenêtre d’interrogation. C’est là que se forge le résultat de votre requête. C’est là que vous affirmez votre aptitude à formuler. Mais, c’est là aussi que vous rencontrez les particularités langagières et grammaticales (thesaurus MeSH, affiliation, champs, opérateurs, pondération, explosion…) qui sont autant d’obstacles à franchir.

Trois principes résument la méthode « soyez le maître à bord ».

  • Une équation de recherche sans (au moins) une affiliation descripteur/qualificatif n’a aucun sens.
  • La première équation de recherche n’est jamais la bonne. Elle a pour vocation d’être reformulée sans faire appel aux algorithmes (best match, similar articles et consort).
  • Les références les plus récentes ne sont pas indexées si bien que les équations de veille doivent interroger un autre espace que les index.

Pour vous familiariser avec ces principes (qui sont « nulle part ailleurs »), téléchargez « PubMed : soyez le maître à bord » ou attendez la fin du mois d’aout pour acquérir la version « livre ».

 

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La veille dans PubMed : le casse-tête des opérateurs

Dans l’équation de veille, la gestion des opérateurs (OR et NOT) fournit l’occasion de revisiter quelques-uns des fondamentaux de l’interrogation de la banque de données.

En théorie : trois données essentielles
La première donnée ind
Formuler une équation de veille dans PubMed consiste à interroger d’une part la partie indexée de la banque de données et d’autre part sa partie non indexée.

Pourquoi 2 parties ?
Ces 2 parties sont une particularité de PubMed.
Elle est liée au délai nécessaire à l’indexation des articles.
Ce délai est :
– court pour les « dinosaures » de la presse médicale internationale (NEJM, Jama, Annals of Internal Medicine…) ;
– plus long pour les autres périodiques, notamment ceux qui ne sont pas anglophones.
C’est ce qui conduit à l’existence :
–  d’un PubMed indexé (dénommé MEDLINE),
– et d’un PubMed non indexé (en attente ou en cours d’indexation, ce qui représente entre 2 et 6% du contenu de la banque de données).

Pourquoi interroger les 2 parties ?
L’interrogation de la partie non indexée est capitale car cette partie contient la majeure partie des articles les plus récents. En effet, en tant que récents, leur principal risque est de ne pas être indexés.
L’interrogation de la partie indexée est tout aussi capitale car il n’est pas possible d’écarter les articles récents en provenance du cœur (Core Clinical Journals) des périodiques médicaux (et, a priori déjà indexés).

Pourquoi interroger les 2 parties différemment ?
La seule raison est la présence d’un index dans un cas et son absence dans l’autre.
La partie indexée est interrogée « dans les règles » par une équation de recherche conforme au langage (MeSH) et à la grammaire (affiliations, champs, opérateurs) de PubMed. C’est possible en s’appuyant sur le contenu de l’index.
En l’absence d’index, la partie non indexée est interrogée « en mode dégradé ». L’index est remplacé par les titres et résumés, mis à la disposition de PubMed par les éditeurs et dans lesquels sont recherchés les termes de la requête. Comme ceux-ci sont rarement des descripteurs, l’outil de recherche est interrogé avec les synonymes en langage courant de ces descripteurs.

La deuxième donnée
En faisant appel aux opérateurs booléens*, la requête partie indexée ET (AND) partie non indexée est formulée partie indexée OU (OR) partie non indexée.

Pourquoi traduire AND par OR ?
AND croise
En se référant à Google, l’équation asthme AND bronchite affiche toutes les pages du Web contenant à la fois les mots asthme et bronchite.
OR unit
Toujours dans Google, l’équation asthme OR bronchite affiche toutes les pages du Web contenant le mot asthme, toutes celles contenant le mot bronchite (et toutes celles contenant les 2 mots).
A l’évidence, c’est l’opérateur OR qui convient le mieux à ce que vous attendez de votre équation de veille : l’affichage des références de la partie indexée et celui des références de la partie non indexée.

La troisième donnée
Dans l’équation de veille, la partie non indexée est interrogée indépendamment de la partie indexée. L’équation exclut cette partie indexée de l’interrogation de la partie non indexée.
Schématiquement, l’équation de veille est formulée : partie indexée OR (partie non indexée NOT partie indexée)**.

Quelle est la justification de cette exclusion ?
La principale est la cohérence dans la formulation de l’équation. En l’absence d’exclusion, l’interrogation « en mode dégradé » (synonymes et champ [tiab]) est faite aussi bien dans la partie non indexée que dans la partie indexée. Comme cette dernière a déjà été interrogée « dans les règles », rien ne justifie qu’elle le soit aussi « en mode dégradé ». D’où l’exclusion.

Quelles sont les conséquences pratiques de cette exclusion ?
Cette exclusion nécessite la mise en place de parenthèses aux bons endroits (voir plus loin : « en(tre) parenthèses »).


En live : une équation de veille
Vous envisagez une veille bibliographique sur le thème « les SMS dans le sevrage tabagique ».
Vous formulez votre équation de veille selon le modèle : partie indexée OR (partie non indexée NOT partie indexée)

La partie indexée est formulée « dans les règles » selon le langage et la grammaire de la banque de données.
Smoking Cessation/MT AND Text Messaging [mh]

La partie non indexée est formulée « en mode dégradé ».
Vous croisez (opérateur AND) :
– d’une part smoking cessation et ses synonymes (eux-mêmes croisés avec methods et ses synonymes),
– d’autre part text messaging et ses synonymes.
Smoking cessation et ses synonymes sont unis par l’opérateur OR. Il en est de même de methods et ses synonymes et de text messaging et ses synonymes.
Tous ces termes sont recherchés dans les titres et les résumés (champ [tiab]).

Les deux parties sont unies par OR et la partie indexée est exclue de l’interrogation de la partie non indexée (opérateur NOT).

Au total, l’équation de veille sur « SMS dans le sevrage tabagique » se formule ainsi :
Smoking Cessation/MT AND Text Messaging [mh] OR ((smoking cessation [tiab] OR smoking cessations [tiab]) AND (text messaging [tiab] OR texting*[tiab] OR text message* [tiab] OR short message service [tiab]) AND (methods [tiab] OR techniques [tiab] OR procedures [tiab] OR methodology [tiab]) NOT MEDLINE [sb])

En clair : le live commenté
Il y a peu à dire sur la formulation de la partie indexée.
Le qualificatif methods est affilié à bon escient au descripteur Smoking Cessation. L’affiliation correspond au thème de la requête. Elle n’a nul besoin de champ, étant reconnue comme telle par PubMed.
Le champ MeSH terms ([mh]) est attribué à Text Messaging pour éviter que le descripteur soit « mouliné » par l’Automatic term mapping.
L’équation est « dans les règles ».

Il y a un peu plus à dire sur la formulation « en mode dégradé » de la partie non indexée.
Comme il a été dit précédemment, dans ce type de formulation, les titres et les résumés font office d’index et les termes MeSH sont unis (opérateur OR) à leurs synonymes en langage courant.
La liste des synonymes (en langage courant) de chaque descripteur (terme MeSH) figure dans la banque de données du MeSH (MeSH Database). Vous pouvez vous abstenir de retenir comme synonymes
– les pluriels car la troncature droite (voir note) permet de les prendre en compte ;
– les « synonymes à virgule » car les chances qu’ils figurent dans un titre ou un résumé sont faibles pour ne pas dire inexistantes.
L’exclusion de la partie indexée se traduit en langage de requête par NOT MEDLINE [sb], MEDLINE étant pris en compte pour son statut vis-à-vis de l’indexation (citation status) d’où son champ « subset »([sb]).

Note
Dans PubMed, la troncature droite est signalée par un astérisque (*). Elle signifie, entre autres, que sont pris en compte le singulier et le pluriel.
testing* = testing OR testings

En(tre) parenthèses
Les difficultés rencontrées dans la mise en place des parenthèses sont bien réelles. Elles concernent les opérateurs OR et NOT.

Pour OR, la règle est simple : les termes encadrant l’opérateur OR sont mis entre parenthèses.
Une exception : quand OR est le premier opérateur de l’équation, les parenthèses sont inutiles.
Exemple
smoking cessation [ti] AND (methods [tiab] OR procedures [tiab])
methods [tiab] OR procedures [tiab] AND smoking cessation [ti]

Pour NOT, la règle dépend du contexte.
Si vous formulez une équation sur la contraception de l’adolescente, c’est simple : vous excluez les adultes de l’équation. Les parenthèses sont inutiles.
Contraception/MT AND Adolescent [mh] NOT Adult [mh]
En revanche, cela devient plus compliqué si vous prenez l’exemple de l’équation de veille sur « les SMS dans le sevrage tabagique ». Une seule raison à cela : vous devez écarter la première équation de la deuxième.
partie indexée OR partie non indexée NOT partie indexée
Si vous ne faites rien (pas de parenthèses), les deux « parties indexées » s’annulent et vous affichez dans la page de résultat les références de la partie non indexée.
Les parenthèses permettent de remédier à cela en isolant la partie de l’équation concernée par NOT : une parenthèse avant, une parenthèse après.

Exemple avec la veille sur les SMS dans le sevrage tabagique.
Smoking Cessation/MT AND Text Messaging [mh] OR ((smoking cessation [tiab] OR smoking cessations [tiab]) AND (text messaging [tiab] OR texting*[tiab] OR text message* [tiab] OR short message service [tiab]) AND (methods [tiab] OR techniques [tiab] OR procedures [tiab] OR methodology [tiab]) NOT MEDLINE [sb])

La première parenthèse « ouvre » la partie concernée par l’exclusion (qui va de smoking cessation [tiab] à methodology [tiab]). La dernière parenthèse « ferme » la partie exclue (MEDLINE [sb]).

Note
Pas de panique !
Quand le résultat obtenu avec votre équation de veille ne vous semble pas très cohérent (notamment dans le rapport non indexés/indexés), décomposez votre équation en plusieurs parties et testez l’interrogation de chacune d’elles dans PubMed. Vous trouverez facilement le défaut.


Ce billet de blog est long
Si vous avez été jusqu’au bout : bravo ! Vous avez du mérite et vous savez, maintenant, formuler une équation de veille. Si vous avez abandonné en cours de route, ne vous formalisez pas. Formulez vos équations de veille « comme vous le sentez », mais sans solliciter le module de veille de MyNCBI (create alert) qui n’est qu’un gadget pour geek borné.

Ce billet de blog est long, trop long, mais c’est un concentré (un peu lourd à digérer) de ce que vous devez savoir et que vous ne trouverez nulle part ailleurs. Faites-en ce que vous voulez : stockez-le, imprimez-le, distribuez-le… Vous pouvez en disposer librement : il est publié sous licence Creative Commons Attribution (CC BY 2.0) comme tous les billets de ce blog. Votre seule contrainte est de mentionner le nom de son auteur quand vous le diffusez.

C’est un avant-goût de la nouvelle version de l’Anti-manuel de PubMed à paraitre chez Amazon au début du mois de mai 2017.

*Les opérateurs booléens (du nom de George Boole, un mathématicien anglais du XIXè Siècle) sont :
– AND (ET) qui croise les termes de la requête ;
– OR (OU) qui les unit ;
– NOT (SANS) qui exclut l’un des termes.

**Le principe de l’équation de veille dans PubMed est exposé dans l’article :
Damarell RA, Tieman JJ, Sladek RM.
OvidSP Medline-to-PubMed search filter translation: a methodology for extending search filter range to include PubMed’s unique content.
BMC Med Res Methodol. 2013 Jul 2;13:86. doi:10.1186/1471-2288-13-86.
PubMed PMID: 23819658; PubMed Central PMCID: PMC3700762.

 

 

 

 

 

 

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La veille du médecin sur le Web – le livre

image-veille-brocheLe médecin qui fait de la veille est-il une exception ? On pourrait le croire en constatant le peu d’appétence des praticiens pour télécharger le e-book « La veille du médecin sur le Web ».
Je préfère croire que le format Kindle du téléchargement est un obstacle, même si l’application Kindle, gratuite, permette de lire le format quel que soit le système d’exploitation du support (Windows, Android, Mac).

Désormais, le médecin n’a plus aucune excuse pour faire l’impasse sur sa veille. Le livre qu’il suffit d’acheter sur Amazon (8,83 €) et de se faire livrer à son domicile (ou à son cabinet) est un objet bien réel : imprimé sur du papier et broché…
Les vieilles habitudes ont la peau dure.

Quatre époques

Il y a 30 ans, la veille du médecin était assurée par la presse médicale, quotidienne pour les informations générales, mensuelle pour les informations scientifiques.

Il y a 20 ans, le médecin se connectait au Web et voyait les sites médicaux rater le virage du numérique en prenant le Web pour une nouvelle technique de diffusion au lieu de le considérer comme un nouvel état d’esprit dans la transmission de l’information.

Il y a 10 ans, le bulldozer 2.0 laminait tout ce qui avait été édifié au cours des 20 années précédentes : les portails se refermaient, les newsletters dépérissaient et l’internaute devenait le maître du Web.

Aujourd’hui, il l’est toujours. Quant au médecin, il est devenu le maitre de sa veille. C’est lui qui la commande, lui qui choisit ses informateurs et lui qui ne se laisse plus imposer quoi que ce soit. Le médecin veille lui-même pour lui-même. La veille du médecin est personnelle.

80% de la veille du médecin est contenue dans les tweets et les billets de blog de ses confrères. Les 20% restants sont dans les fils RSS accrochés aux « actualités » des Agences sanitaires, aux sommaires des périodiques scientifiques et aux équations de veille dans PubMed. La veille du médecin est avant tout confraternelle.

Les pistes pour mettre en place une stratégie (personnelle) de veille et pour effectuer une sélection (confraternelle) d’informateurs font l’objet de deux documents (au contenu identique) disponibles sur Amazon :
– l’un est numérique et doit être téléchargé ; il n’a pas eu le succès escompté ;
– l’autre est un livre broché, livré à domicile ; il attend vos commandes.
Faites votre choix !

 

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La veille du médecin sur le Web

image-veilleSur le Web, la veille du médecin est personnelle, confraternelle et bibliographique. Elle se démarque ainsi de celle du veilleur professionnel et de celle du chercheur.

Personnelle
Le médecin veille lui-même pour lui-même.
C’est lui qui décide des thèmes de sa veille et des moyens à mettre en œuvre pour parvenir à ses fins. Ces moyens se résument à la sélection de ses « informateurs » (ses sources) car la gestion des flux d’information (qui mobilise tant le veilleur professionnel) est facilement réglée.

Confraternelle
La veille du médecin est principalement médicale.
Qui, mieux que ses confrères est au courant de « l’actualité » médicale tant sur le plan institutionnel (ministère, syndicats, Ordre) que sur le plan scientifique (évolution des pratiques).
C’est dans les billets de blog et les tweets que ses confrères s’expriment. C’est donc là que le médecin-veilleur ira chercher ses informations plutôt que dans les « news » des sites médicaux relégués au rang des antiquités depuis l’essor des réseaux sociaux.

Bibliographique
Veiller sur PubMed c’est formuler une équation de veille qui prend en compte le fait que la plus grande partie des articles les plus récents n’est pas indexée, justifiant une formulation adaptée.
Cette formulation manipule avec efficacité et « élégance » les synonymes des descripteurs et la recherche dans les titres et les résumés (champ [tiab]), mais soulève une difficulté : la mise en place judicieuse des parenthèses.
Cette formulation « à part » est largement détaillée dans le document à télécharger.

L’auteur a tenu pendant 10 ans (2005-2015) une rubrique de veille documentaire dans La Revue du Praticien-Médecine Générale. Ce livre est la traduction de cette expérience.

La veille du médecin sur le Web
Format Kindle. Coût du téléchargement : 4,80€
Pour les formats PC, Apple, Android, télécharger (gratuitement) sur Amazon l’application correspondante.

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PubMed raconté à un élève de CM1… et la suite

pubmed-cm1-imagePubMed raconté à un élève de CM1 et les 2 « PubMed » qui suivent sont les 3 volets d’une formation en ligne sur la meilleure façon d’interroger la banque de données.

Cette information est destinée à vous, étudiants en médecine et médecins pour vous convaincre d’interroger PubMed « dans les règles », c’est-à-dire en respectant son langage et sa grammaire.

Premier avantage : une meilleure adéquation entre votre requête et la réponse de PubMed. Et là, il n’y a pas photo !

Deuxième avantage : c’est vous le patron et vous ne laissez pas les automates faire le travail à votre place. Mais là, c’est vous qui voyez !

Grâce à la métaphore du sac de billes, l’élève de CM1 assimile facilement les concepts d’affiliation et de champ
L’objectif est de faire la peau à Google, votre outil de recherche préféré, mais « hors course » pour explorer PubMed.

Google-iser PubMed est contre nature. On n’interroge pas une banque de données indexée par des documentalistes comme on interroge une banque de données indexée par un robot… et tout juste bonne à trouver l’adresse du pizzaiolo du quartier.

Et ce n’est pas la moulinette (Automatic Term Mapping) qui transforme le plomb (l’équation « à la Google ») en or (l’équation « type PubMed ») qui va vous sortir d’affaire. La « moulinée » qui en sort est le plus souvent indigeste à cause de son extrême sensibilité. On y trouve quelques références adéquates noyées sous le flot des inadéquates.

Vous devez donc oublier les équations « à la Google » et adopter définitivement le langage et la grammaire de PubMed. Pour cela, il suffit de franchir deux obstacles : les notions d’affiliation et de champ. C’est l’objectif de la métaphore du sac de billes.

Les fondamentaux de la recherche bibliographique sont exposés en langage bac+
Les tutoriels, vidéos et autres diaporamas ne disent jamais ce que sont un index, une notice, un thesaurus, une affiliation, un champ, un opérateur… Comme s’il s’agissait de « gros mots ». En réalité, il suffit d’aborder ces notions pour comprendre « comment ça marche ». Et tout devient plus simple.

Chaque référence de PubMed est accompagnée d’un index dans lequel sont rassemblés les termes caractérisant le contenu de l’article. Ces termes appartiennent à un thesaurus. C’est ce langage que vous devez utiliser pour interroger PubMed. Cela semble d’une logique à toute épreuve… Mais qui le dit ?

La formulation de l’équation de recherche se fait directement dans la fenêtre d’interrogation de la page d’accueil et nulle part ailleurs, au risque de perdre le contrôle de la formulation… votre formulation. Formuler dans cette fenêtre vous permet aussi de faire évoluer votre équation plus facilement. Améliorer la précision par des ajouts. Améliorer la sensibilité par des suppressions.

Les opérateurs (AND, OR et NOT) obéissent à certaines règles. AND ne peut être occulté (comme dans Google) au risque, dans certains cas (rares) d’un résultat défectueux. OR et NOT sont soumis à la mise en place judicieuse de parenthèses.

La classe de PubMed Sup est réservée au fan-club
Aucun souci pour vous. Avec les « fondamentaux », vous détenez les armes pour formuler une équation cohérente et contrôlée. Mais, si le cœur vous en dit et si vous voulez passer la vitesse supérieure, il vous est proposé :
– de vous sortir de situations difficiles en rapport avec la recherche d’un descripteur ou la formulation d’une équation ;
– d’utiliser à bon escient la pondération et l’explosion d’un descripteur ;
– de faire de la « haute voltige » de formulation avec les équations de veille.

PubMed raconté à un élève de CM1
– est en ligne sur Amazon et peut être téléchargé (5,52 €);
– est au format Kindle, lisible dans tous les environnements (Mac/PC/Android) sous réserve de télécharger (gratuitement) l’application Kindle correspondante.

 

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Le sportif dopé est-il un tricheur ?

dopageTrois publications récentes ont modifié le regard qu’on pouvait porter sur le dopage des sportifs. A ma connaissance, personne ne s’en est fait l’écho. Une bonne raison pour en faire un billet de blog et un e-book d’une quarantaine de pages (disponible sur Amazon).

Les 2 premières publications en date (avril et mai 2016) ont fait suite au contrôle antidopage de Maria Sharapova (contrôle positif au meldonium). Elles stigmatisent les incohérences de l’Agence mondiale antidopage (AMA), notamment dans la gestion de la liste des produits interdits.

Meldonium : « l’usage fait la preuve »
L’usage immodéré du meldonium par les athlètes d’Europe de l’Est avait éveillé l’attention de l’AMA au point de mettre le produit sous surveillance pendant l’année 2015. L’usage immodéré fut confirmé au-delà de l’imaginable : 8,7% des échantillons d’urine des 762 athlètes contrôlés aux Jeux européens de Bakou (juin 2015) contenaient du meldonium. Pour l’AMA, l’usage faisant la preuve de l’efficacité du produit sur la performance, le meldonium fut placé sur la liste des produits interdits à partir du 1er janvier 2016.
Et pourtant… ce qu’on sait du meldonium n’engage pas à croire à son efficacité. « Produit miracle », tout à la fois nootrope, psychoactif, ergogénique et « oxygénateur », le Mildronate (spécialité du meldonium) est délivré sans prescription, disponible sur l’Internet, sans effets indésirable majeurs et n’est pas passé par les fourches caudines de la FDA (tout cela est écrit noir sur blanc sur le site du revendeur pour les Etats-Unis). Il apparaît ainsi comme un médicament-prétexte (il faut bien se « soigner » quand on fait de la compétition) à défaut d’être un médicament ayant fait ses preuves.

A elle seule, la dernière publication (juillet 2016) justifierait ce billet de blog. Elle fait suite à une conférence de presse donnée par des scientifiques de l’université de Leyden à propos de leur essai thérapeutique sur l’efficacité de l’érythropoïétine (EPO) dans la performance des coureurs cyclistes sur route.

L’EPO en échec dans le Mont Ventoux
Un mois avant l’étape du Tour de France comportant l’ascension du Mont Ventoux, 48 coureurs amateurs ont participé à la même épreuve. La moitié d’entre eux avait reçu de l’EPO pendant 8 semaines quand l’autre s’était contentée d’un placebo.
Résultat : l’ascension du col a été effectuée dans le même temps par les 2 groupes, la différence de 38 secondes (en faveur du groupe placebo !) n’étant pas significative. Ainsi, l’EPO, produit-phare du dopage depuis 25 ans, tombe de son piédestal et vient rejoindre le ginseng et les gris-gris porte-bonheur comme soutien à la performance. Un choc ! *

Se doper, est-ce tricher ?
OUI, si l’on se réfère à la définition du dictionnaire : « enfreindre les règles d’un jeu en vue de gagner » (Le Petit Robert). La règle, c’est la liste des produits interdits et le non-respect de la règle a bien pour objectif la médaille ou le bouquet du vainqueur.

NON, si l’on considère que :
– la compétition sportive n’est pas un jeu
(Dit-on de l’automobiliste qui roule à 180km/h sur l’autoroute que c’est un tricheur ? Non, on dit que c’est un inconscient ou un danger public. Et pourtant : il ne respecte pas la limitation de vitesse et il le fait pour gagner… même si c’est du temps) ;
– rien ne prouve que le non-respect de la règle (prendre un produit interdit) permet de gagner l’épreuve.

* Il aurait été préférable d’attendre la publication de l’essai « Mont Ventoux » et ne pas se contenter de ce qui a été dit par ses auteurs lors de la conférence de presse.
Plaident en faveur de la rigueur scientifique de ces mêmes auteurs :
– la publication du contenu de la conférence dans Science
– et leur précédente publication sur le même sujet (Erythropoïétine doping in cycling : lack of evidence for efficacy and a negative risk-benefit).
Plus de grain à moudre dans « le sportif dopé est-il un tricheur » :
– à télécharger sur Amazon (2,99 €) ;
– au format Kindle (à lire dans tous les environnements sous réserve d’avoir téléchargé l’application gratuite Kindle, disponible sur la page du téléchargement de l’e-book).

 

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MEDLINE fête ses 45 ans ; PubMed ses 20 ans

L’occasion de faire la différence entre les deux.
MEDLINE, c’est la banque de données des références indexées.
PubMed, c’est la banque de données des références indexées (= MEDLINE) accompagnées de celles en attente d’indexation (as supplied by publisher) et de celles en cours d’indexation (in process). Pour être complet, il faut ajouter les références des périodiques hébergées dans PubMed Central.

Différencier MEDLINE et PubMed est capital pour formuler une équation de veille.

Une équation de recherche n’explore que MEDLINE, la partie indexée.
Une équation de veille explore à la fois la partie indexée (MEDLINE) et la partie non encore indexée de PubMed (la plus riche en références les plus récentes).

Pour cela, elle unit (opérateur OR) une équation de recherche classique (langage et grammaire) et une équation qui explore le « NOT MEDLINE » avec des mots clés du langage courant (MeSH et synonymes) recherchés dans les titres et résumés (ils ne peuvent pas être recherchés ailleurs puisqu’il n’y a pas d’index).

Exemple
Veille sur le traitement de l’état de mal asthmatique
Status asthmaticus/TH OR ((status asthmaticus [tiab] OR asthmatic crises [tiab] OR asthmatic shock [tiab]) AND (treatment [tiab] OR therapy [tiab]) NOT MEDLINE [sb])*

*La vraie difficulté est de gérer les parenthèses.

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Petite mise au point sur le dopage des sportifs

Les propriétés ergogéniques des médicaments ne pouvant être démontrées scientifiquement (selon les « bonnes pratiques » des essais cliniques contrôlés), le dopage sportif ne peut être défini directement comme étant la prise d’un médicament capable d’améliorer la performance sportive.

Il faut donc prendre un chemin de traverse et, pour cela, définir le sportif dopé et le produit dopant.

Le sportif dopé est un sportif qui a pris un médicament inscrit sur la liste des produits interdits et « s’est fait prendre » au contrôle antidopage.

Le produit dopant est un produit répondant à au moins 2 critères parmi les 3 suivants (définition de l’agence mondiale antidopage) :
– dangereux pour la santé du sportif du fait d’effets indésirables majeurs ;
– contraire à l’éthique sportive (exemple : cannabis ; cocaïne…) ;
– ergogénique (mais ce critère ne tient pas la route – voir plus haut).

Ce texte s’appuie sur deux articles récents :
Cyclists’ favorite drug falls flat in trial (Science 15 juillet 2016)
Overhaul of global anti-doping system needed (The Lancet 28 mai 2016)

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