PubMed raconté à un élève de CM1… et la suite

pubmed-cm1-imagePubMed raconté à un élève de CM1 et les 2 « PubMed » qui suivent sont les 3 volets d’une formation en ligne sur la meilleure façon d’interroger la banque de données.

Cette information est destinée à vous, étudiants en médecine et médecins pour vous convaincre d’interroger PubMed « dans les règles », c’est-à-dire en respectant son langage et sa grammaire.

Premier avantage : une meilleure adéquation entre votre requête et la réponse de PubMed. Et là, il n’y a pas photo !

Deuxième avantage : c’est vous le patron et vous ne laissez pas les automates faire le travail à votre place. Mais là, c’est vous qui voyez !

Grâce à la métaphore du sac de billes, l’élève de CM1 assimile facilement les concepts d’affiliation et de champ
L’objectif est de faire la peau à Google, votre outil de recherche préféré, mais « hors course » pour explorer PubMed.

Google-iser PubMed est contre nature. On n’interroge pas une banque de données indexée par des documentalistes comme on interroge une banque de données indexée par un robot… et tout juste bonne à trouver l’adresse du pizzaiolo du quartier.

Et ce n’est pas la moulinette (Automatic Term Mapping) qui transforme le plomb (l’équation « à la Google ») en or (l’équation « type PubMed ») qui va vous sortir d’affaire. La « moulinée » qui en sort est le plus souvent indigeste à cause de son extrême sensibilité. On y trouve quelques références adéquates noyées sous le flot des inadéquates.

Vous devez donc oublier les équations « à la Google » et adopter définitivement le langage et la grammaire de PubMed. Pour cela, il suffit de franchir deux obstacles : les notions d’affiliation et de champ. C’est l’objectif de la métaphore du sac de billes.

Les fondamentaux de la recherche bibliographique sont exposés en langage bac+
Les tutoriels, vidéos et autres diaporamas ne disent jamais ce que sont un index, une notice, un thesaurus, une affiliation, un champ, un opérateur… Comme s’il s’agissait de « gros mots ». En réalité, il suffit d’aborder ces notions pour comprendre « comment ça marche ». Et tout devient plus simple.

Chaque référence de PubMed est accompagnée d’un index dans lequel sont rassemblés les termes caractérisant le contenu de l’article. Ces termes appartiennent à un thesaurus. C’est ce langage que vous devez utiliser pour interroger PubMed. Cela semble d’une logique à toute épreuve… Mais qui le dit ?

La formulation de l’équation de recherche se fait directement dans la fenêtre d’interrogation de la page d’accueil et nulle part ailleurs, au risque de perdre le contrôle de la formulation… votre formulation. Formuler dans cette fenêtre vous permet aussi de faire évoluer votre équation plus facilement. Améliorer la précision par des ajouts. Améliorer la sensibilité par des suppressions.

Les opérateurs (AND, OR et NOT) obéissent à certaines règles. AND ne peut être occulté (comme dans Google) au risque, dans certains cas (rares) d’un résultat défectueux. OR et NOT sont soumis à la mise en place judicieuse de parenthèses.

La classe de PubMed Sup est réservée au fan-club
Aucun souci pour vous. Avec les « fondamentaux », vous détenez les armes pour formuler une équation cohérente et contrôlée. Mais, si le cœur vous en dit et si vous voulez passer la vitesse supérieure, il vous est proposé :
– de vous sortir de situations difficiles en rapport avec la recherche d’un descripteur ou la formulation d’une équation ;
– d’utiliser à bon escient la pondération et l’explosion d’un descripteur ;
– de faire de la « haute voltige » de formulation avec les équations de veille.

PubMed raconté à un élève de CM1
– est en ligne sur Amazon et peut être téléchargé (5,52 €);
– est au format Kindle, lisible dans tous les environnements (Mac/PC/Android) sous réserve de télécharger (gratuitement) l’application Kindle correspondante.

 

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Le sportif dopé est-il un tricheur ?

dopageTrois publications récentes ont modifié le regard qu’on pouvait porter sur le dopage des sportifs. A ma connaissance, personne ne s’en est fait l’écho. Une bonne raison pour en faire un billet de blog et un e-book d’une quarantaine de pages (disponible sur Amazon).

Les 2 premières publications en date (avril et mai 2016) ont fait suite au contrôle antidopage de Maria Sharapova (contrôle positif au meldonium). Elles stigmatisent les incohérences de l’Agence mondiale antidopage (AMA), notamment dans la gestion de la liste des produits interdits.

Meldonium : « l’usage fait la preuve »
L’usage immodéré du meldonium par les athlètes d’Europe de l’Est avait éveillé l’attention de l’AMA au point de mettre le produit sous surveillance pendant l’année 2015. L’usage immodéré fut confirmé au-delà de l’imaginable : 8,7% des échantillons d’urine des 762 athlètes contrôlés aux Jeux européens de Bakou (juin 2015) contenaient du meldonium. Pour l’AMA, l’usage faisant la preuve de l’efficacité du produit sur la performance, le meldonium fut placé sur la liste des produits interdits à partir du 1er janvier 2016.
Et pourtant… ce qu’on sait du meldonium n’engage pas à croire à son efficacité. « Produit miracle », tout à la fois nootrope, psychoactif, ergogénique et « oxygénateur », le Mildronate (spécialité du meldonium) est délivré sans prescription, disponible sur l’Internet, sans effets indésirable majeurs et n’est pas passé par les fourches caudines de la FDA (tout cela est écrit noir sur blanc sur le site du revendeur pour les Etats-Unis). Il apparaît ainsi comme un médicament-prétexte (il faut bien se « soigner » quand on fait de la compétition) à défaut d’être un médicament ayant fait ses preuves.

A elle seule, la dernière publication (juillet 2016) justifierait ce billet de blog. Elle fait suite à une conférence de presse donnée par des scientifiques de l’université de Leyden à propos de leur essai thérapeutique sur l’efficacité de l’érythropoïétine (EPO) dans la performance des coureurs cyclistes sur route.

L’EPO en échec dans le Mont Ventoux
Un mois avant l’étape du Tour de France comportant l’ascension du Mont Ventoux, 48 coureurs amateurs ont participé à la même épreuve. La moitié d’entre eux avait reçu de l’EPO pendant 8 semaines quand l’autre s’était contentée d’un placebo.
Résultat : l’ascension du col a été effectuée dans le même temps par les 2 groupes, la différence de 38 secondes (en faveur du groupe placebo !) n’étant pas significative. Ainsi, l’EPO, produit-phare du dopage depuis 25 ans, tombe de son piédestal et vient rejoindre le ginseng et les gris-gris porte-bonheur comme soutien à la performance. Un choc ! *

Se doper, est-ce tricher ?
OUI, si l’on se réfère à la définition du dictionnaire : « enfreindre les règles d’un jeu en vue de gagner » (Le Petit Robert). La règle, c’est la liste des produits interdits et le non-respect de la règle a bien pour objectif la médaille ou le bouquet du vainqueur.

NON, si l’on considère que :
– la compétition sportive n’est pas un jeu
(Dit-on de l’automobiliste qui roule à 180km/h sur l’autoroute que c’est un tricheur ? Non, on dit que c’est un inconscient ou un danger public. Et pourtant : il ne respecte pas la limitation de vitesse et il le fait pour gagner… même si c’est du temps) ;
– rien ne prouve que le non-respect de la règle (prendre un produit interdit) permet de gagner l’épreuve.

* Il aurait été préférable d’attendre la publication de l’essai « Mont Ventoux » et ne pas se contenter de ce qui a été dit par ses auteurs lors de la conférence de presse.
Plaident en faveur de la rigueur scientifique de ces mêmes auteurs :
– la publication du contenu de la conférence dans Science
– et leur précédente publication sur le même sujet (Erythropoïétine doping in cycling : lack of evidence for efficacy and a negative risk-benefit).
Plus de grain à moudre dans « le sportif dopé est-il un tricheur » :
– à télécharger sur Amazon (2,99 €) ;
– au format Kindle (à lire dans tous les environnements sous réserve d’avoir téléchargé l’application gratuite Kindle, disponible sur la page du téléchargement de l’e-book).

 

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MEDLINE fête ses 45 ans ; PubMed ses 20 ans

L’occasion de faire la différence entre les deux.
MEDLINE, c’est la banque de données des références indexées.
PubMed, c’est la banque de données des références indexées (= MEDLINE) accompagnées de celles en attente d’indexation (as supplied by publisher) et de celles en cours d’indexation (in process). Pour être complet, il faut ajouter les références des périodiques hébergées dans PubMed Central.

Différencier MEDLINE et PubMed est capital pour formuler une équation de veille.

Une équation de recherche n’explore que MEDLINE, la partie indexée.
Une équation de veille explore à la fois la partie indexée (MEDLINE) et la partie non encore indexée de PubMed (la plus riche en références les plus récentes).

Pour cela, elle unit (opérateur OR) une équation de recherche classique (langage et grammaire) et une équation qui explore le « NOT MEDLINE » avec des mots clés du langage courant (MeSH et synonymes) recherchés dans les titres et résumés (ils ne peuvent pas être recherchés ailleurs puisqu’il n’y a pas d’index).

Exemple
Veille sur le traitement de l’état de mal asthmatique
Status asthmaticus/TH OR ((status asthmaticus [tiab] OR asthmatic crises [tiab] OR asthmatic shock [tiab]) AND (treatment [tiab] OR therapy [tiab]) NOT MEDLINE [sb])*

*La vraie difficulté est de gérer les parenthèses.

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Petite mise au point sur le dopage des sportifs

Les propriétés ergogéniques des médicaments ne pouvant être démontrées scientifiquement (selon les « bonnes pratiques » des essais cliniques contrôlés), le dopage sportif ne peut être défini directement comme étant la prise d’un médicament capable d’améliorer la performance sportive.

Il faut donc prendre un chemin de traverse et, pour cela, définir le sportif dopé et le produit dopant.

Le sportif dopé est un sportif qui a pris un médicament inscrit sur la liste des produits interdits et « s’est fait prendre » au contrôle antidopage.

Le produit dopant est un produit répondant à au moins 2 critères parmi les 3 suivants (définition de l’agence mondiale antidopage) :
– dangereux pour la santé du sportif du fait d’effets indésirables majeurs ;
– contraire à l’éthique sportive (exemple : cannabis ; cocaïne…) ;
– ergogénique (mais ce critère ne tient pas la route – voir plus haut).

Ce texte s’appuie sur deux articles récents :
Cyclists’ favorite drug falls flat in trial (Science 15 juillet 2016)
Overhaul of global anti-doping system needed (The Lancet 28 mai 2016)

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Améliorez vos présentations !

couv« 95% des présentations sont nulles » écrivait en 2008 Guy Kawasaki dans la préface de « Presentation Zen » (Garr Reynolds).

Dix après, malgré les « bons conseils » diffusés régulièrement sur le Web, rien n’a changé : 95% des présentations sont les « guide-ânes » des présentateurs, le degré zéro de la pédagogie.

Entre 2007 et 2015 j’ai présenté « en live » des diaporamas. Au fil des années, j’ai tenté de faire évoluer mes présentations dans le sens d’une meilleure adéquation entre mon discours et le contenu des diapositives.

Mes présentations en ligne sont plus récentes. Elles font suite à la mise au point des slidedocs par Nancy Duarte (2014).

Au total, une cinquantaine de mes présentations sont stockées dans slideshare à la disposition des internautes. Elles sont publiques et sous licence Creative Commons (CC BY 2.0).
Elles constituent la base du e-book « Présenter en live et en ligne » désormais en téléchargement au format Kindle* sur Amazon (4,48 €).

A télécharger pour faire :
– mieux (que les « guide-ânes » du moment) ;
– plus (avec une présentation en ligne en complément de votre présentation en live) ;
– et sans douleur (50 pages et 35 diapositives-exemple).

* Le format Kindle permet de lire le e-book sur toutes les machines (smartphone, tablette, ordinateur) sous réserve de disposer de l’application Kindle (à télécharger gratuitement).

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J.O : Michael Phelps a perdu une bonne occasion de se taire

Le 9 aout 2016, le nageur nord-américain qui truste les médailles depuis 4 olympiades a déclaré : « c’est triste que de nos jours il y ait des gens contrôlés positifs, même deux fois pour certains, qui ont quand même l’occasion de nager aux Jeux Olympiques ».

Dans le collimateur de Phelps : la nageuse Yuliya Efimova, contrôlée positive à la DHEA en octobre 2013 et au meldonium en mars 2016. La fédération internationale de natation a abandonné les charges de dopage au meldonium*, ce qui a permis à Efimova de participer aux Jeux. Fin de l’histoire.

Phelps, énervé (« c’est contraire à ce que le sport est censé être et ça m’énerve »), a-t-il le droit de l’être, lui qui arbore depuis le début des jeux les stigmates d’un traitement par ventouses dont la finalité n’est pas esthétique mais « récupératrice » (disent les spécialistes de la ventousothérapie). Certes, la méthode n’est pas interdite par l’Agence anti dopage, bien qu’elle fasse partie de ce que l’AMA appelle les manipulations physiques.

Qui triche ? Ni l’un, ni l’autre. Tous les deux prennent pour argent comptant la première molécule « oxygénatrice » venue (Efimova) et la première méthode « régénératrice » qui traîne (Phelps). Ce sont des benêts qui ont besoin de se persuader qu’ils ont fait ce qu’il fallait pour que « ça aille bien ». Pas de quoi en faire un fromage.

*Les charges ont été abandonnées car on ne sait pas si les doses de meldonium retrouvées dans les urines de Efimova en mars 2016 provenaient d’une prise en 2016 (année de l’interdiction) ou en 2015.

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Dopage : la liste des substances interdites mérite un sérieux « coup de balai »

A l’heure où les JO de Rio débutent, des voix se font entendre pour remettre en cause la politique de l’Agence mondiale antidopage (AMA), notamment en ce qui concerne la liste des substances dopantes.

Deux articles récents jettent le doute sur la cohérence de la liste :  les substances mentionnées sont-elles toutes susceptibles d’améliorer les performances d’un sportif ?

Dans le premier article (The Lancet du 28 mai 2016), l’auteur (Sharmila Devi) a mené l’enquête auprès des scientifiques concernés par l’interdiction des substances supposées dopantes. Entre autres faits surprenants, elle signale que les experts qui dressent la liste sont priés de ne pas divulguer les raisons de leur choix. Elle cite Yannis Pitsiladis (expert de l’AMA de 2009 à 2013) : « chez les sportifs très entrainés, beaucoup de ces substances n’ont pas la capacité d’améliorer les performances ».

Le deuxième article, plus récent (Science du 15 juillet 2016) fait part d’une étude sur l’efficacité de l’érythropoïétine sur la performance des coureurs cyclistes. L’étude n’a montré aucune différence en termes de résultat des tests d’endurance (dont une ascension du Ventoux) qu’on ait administré aux coureurs de l’érythropoïétine ou un placebo pendant 8 semaines. Seul bémol : l’étude n’a concerné que 48 coureurs amateurs. Une étude contrôlée de plus grande envergure est souhaitée.

A Rio, les athlètes « rattrapés par la patrouille » (expression débile des commentateurs sportifs) auront-ils triché plus que ceux qui se seront gavés de substances non interdites ? La triche n’est-elle pas dans l’intention et non dans le produit ?

La liste des substances interdites n’est-elle pas une aberration médico-scientifique ?

Les « anciens bannis » doivent-ils être réhabilités ? Parmi eux :
Katrin Krabbe (1992) et le clenbuterol, un bêta-2-mimétiques aux vertus anabolisantes.
Diégo Maradona (1994) et sa mixture protéine + éphédrine.
Quant à Maria Sharapova (2016), à qui fera-t-on croire qu’elle a été dans le top 5 du classement WTA de 2011 à 2015 grâce au meldonium ?

Aura-t-on une réponse à ces questions après les Jeux, le temps que les experts de l’AMA se retournent ?
 

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Trois exemples d’équation dans PubMed

copie pour blogParmi les 30 équations de recherche « commentées » de l’anti-manuel de PubMed, j’en ai choisi trois. Elles ne sont pas plus exemplaires que les autres mais elles montrent l’éventail des situations prises en compte : de la plus simple à la plus compliquée.

L’équation simple croise deux affiliations descripteur/qualificatif. Elle est exemplaire par la relation entre les 2 affiliations, impliquant le choix des qualificatifs.

L’équation complexe est composée de 3 affiliations et de 2 filtres. Elle est exemplaire par son nombre élevé de membres et par l’emploi de champs pour indiquer la nature des filtres.

L’équation de veille est exemplaire par sa gestion des parenthèses.

Les thèmes des requêtes n’ont pas été pris au hasard. Je me suis inspiré de ceux des articles sélectionnés par Evidence Updates au cours des 2 dernières années.

Les équations de recherche font l’originalité de l’anti-manuel de PubMed. Jamais un tel éventail d’équations n’a été mis en ligne ou publié. Ces 30 exemples d’équations de recherche sont une incitation à télécharger l’anti-manuel de PubMed pour s’initier, se perfectionner et, finalement, maitriser l’exploration de la banque de données.

Equation simple

Les corticoïdes dans les états infectieux sévères

Sepsis/DT AND Adrenal Cortex Hormones/TU

Quand vous formulez une équation de recherche contenant 2 affiliations, le choix des qualificatifs dépend de la relation que vous souhaitez établir entre ces 2 affiliations.

Dans le cas d’une affiliation « maladie » et d’une affiliation « classe thérapeutique » (ou « médicament »), la relation la plus fréquente est une relation thérapeutique. Le qualificatif de la maladie est drug therapy ou DT et celui de la classe thérapeutique (ou du médicament) est therapeutic use ou TU.

Cette relation DT-TU est la plus fréquente entre une maladie et un médicament, mais ce n’est pas la seule.

Le thème général (les corticoïdes dans les états infectieux) est emprunté à un article sélectionné par Evidence Updates : Annane D, Bellissant E, Bollaert PE, Briegel J, Keh D, Kupfer Y. Corticosteroids for treating sepsis. Cochrane Database Syst Rev. 2015 Dec3;12:CD002243.

 

Equation complexe

Les revues générales publiées depuis 2010 sur la thrombectomie endovasculaire dans les AVC ischémiques

Thrombectomy/MT AND Endovascular Procedures/MT AND Stroke/TH AND 2010:2016 [dp] AND review [pt]

La complexité de l’équation de recherche est liée au nombre de ses membres : trois affiliations descripteur/qualificatif et 2 filtres (date et type de publication).

La thrombectomie endovasculaire se traduit en langage MeSH par 2 descripteurs auxquels sont affiliés le même qualificatif : methods (MT).

Le caractère ischémique des AVC n’est pas pris en compte dans le choix du descripteur. Il est sous-entendu dans le contexte de la requête.

Les filtres date et type de publication sont sans particularités.

Le thème général (la thrombectomie endovasculaire dans les AVC) est emprunté à un article sélectionné par Evidence Updates :
Badhiwala JH, Nassiri F, Alhazzani W, Selim MH, Farrokhyar F, Spears J, Kulkarni AV, Singh S, Alqahtani A, Rochwerg B, Alshahrani M, Murty NK, Alhazzani A, Yarascavitch B, Reddy K, Zaidat OO, Almenawer SA. Endovascular Thrombectomyfor Acute Ischemic Stroke: A Meta-analysis. JAMA. 2015 Nov 3;314(17):1832-43.

 

Equation de veille

Le traitement de l’hypertension résistante

Hypertension/TH AND Drug Resistance [mh] OR ((hypertension [tiab] OR high blood pressure [tiab]) AND (therapy [tiab]OR treatment [tiab]) AND drug resistance [tiab] NOT MEDLINE [sb])

L’équation de recherche la plus cohérente aurait dû se formuler : Hypertension/DT AND Drug Resistance [mh] C’est en effet de la résistance médicamenteuse dont il est question dans le thème de la requête.

La présence de drug therapy dans un titre ou un résumé est peu plausible alors que celle de therapy ou de treatment l’est beaucoup plus.

Leçon : formuler une équation de veille nécessite de prendre du recul par rapport à la formulation-type et d’évaluer les chances de retrouver certains termes dans les titres et les résumés.

Le thème général (l’hypertension résistante) est emprunté à un article sélectionné par Evidence Updates :
Williams B, MacDonald TM, Morant S, and alBritish Hypertension Society’s PATHWAY Studies Group. Spironolactone versus placebo, bisoprolol, and doxazosin to determine the optimal treatment for drug-resistant hypertension (PATHWAY-2): a randomised, double-blind, crossover trial. Lancet. 2015 Nov 21;386(10008):2059-68

 

Crédit photo
Paris 75002 BNF Site Richelieu par Osbornb licence CC BY2.0

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L’anti-manuel de PubMed valorise l’affiliation descripteur/qualificatif

affiliationSur chaque référence indexée est accrochée une étiquette
Sur cette étiquette sont listés les termes caractérisant le contenu de l’article. Cette étiquette, c’est l’index.

Les termes de l’index appartiennent à un thesaurus, un vocabulaire dans lequel les termes (ou descripteurs) ont, entre eux, des relations hiérarchiques. C’est le langage de PubMed.

Un descripteur peut se combiner à un autre terme. Cette combinaison, appelée affiliation descripteur/qualificatif, est au cœur de l’index de chaque article. C’est la grammaire de PubMed (tout au moins l’essentiel de la grammaire).

La logique voudrait que celui qui interroge PubMed le fasse avec les termes de l’index
Cela parait d’une telle évidence qu’on s’étonne qu’une équation de recherche contenant au moins une affiliation descripteur/qualificatif ne soit pas la règle.

Il faut dire que la National Library of Medicine ne donne pas l’exemple. Ses deux automates, celui qui interroge (Automatic Term Mapping) et celui qui indexe (MeSH on demand), ne savent pas « mouliner » en affiliation les termes qu’on leur soumet.

L’anti-manuel de PubMed redresse la barre…
… en accordant une large place au langage et à la grammaire de PubMed et en faisant la part belle aux affiliations descripteur/qualificatif dans ses trente modèles d’équation.

Crédit photo :
Together par Andrew Blight (licence CC BY 2.0)

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L’anti-manuel de PubMed est sur Amazon

L’anti-manuel, le retourcopie pour blog
Il y a un an, l’anti-manuel de PubMed était au programme du blog sous la forme de 4 billets d’anthologie.
Aujourd’hui, j’en rajoute une couche. C’est une couche plus épaisse (88 pages), en ligne sur Amazon et téléchargeable en échange d’une place de cinéma, d’un paquet de gauloises ou d’un café au Fouquet’s (7€).

Anti-
L’anti-manuel de PubMed s’oppose aux formations (en ligne ou en live) dans lesquelles l’apprenant est considéré comme un débile profond.

Les modes d’emploi
Ceux de PubMed considèrent la banque de données comme une machine à laver avec des services en guise de programmes et des items à la place des manettes et des boutons-poussoir. Erreur de casting car les services et les items ne servent à rien. PubMed, c’est une fenêtre à remplir !

Les PubMed pour les nuls
Les poteaux indicateurs (copies d’écran) des PubMed pour les nuls témoignent de la pauvreté pédagogique de ces images et du peu de considération accordée à l’apprenant .

Les tutoriels vidéos
Le pointeur de la souris se contente de proposer la visite de l’interface mais la vidéo se garde bien d’aborder les « sujets qui fâchent » (ceux qui traitent du langage et de la grammaire de PubMed).

Les collations prétexte
Dans ces « collations », le temps de cerveau disponible est plus occupé par le remplissage de l’estomac que par l’absorption de concepts originaux. Ces formations-prétexte sont trop courtes : une formation à PubMed ne se fait pas entre la poire et le fromage.

Crédit photo (la fenêtre de la page de couverture)
Paris 75002 BNF Site Richelieu par Osbornb licence CC BY2.0
https://www.flickr.com/photos/osbornb/10907675646

L’anti-manuel de PubMed

 

 

 

 

 

 

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