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La base de données PubMed et la recherche d’informations scientifiques

par Benjamin G

PubMed est une base de données en libre accès spécialisée dans les sciences de la santé, avec plus de 19 millions de références bibliographiques. Grâce à sa couverture thématique, aux revues incluses (plus de 80 liées à la rhumatologie), à sa terminologie biomédicale et à sa mise à jour constante, il est indispensable pour les rhumatologues qui ont besoin d’informations pertinentes.

Elle permet non seulement des recherches simples mais aussi des requêtes plus complexes grâce aux fonctions de recherche par champs, avec des termes MeSH ou avec des limites. Les résultats de ces recherches peuvent être enregistrés avec différents outils et affichés selon différents formats. Cet article fournit une vue d’ensemble des principales utilités de PubMed, accompagnée d’exemples, et quelques recommandations pour des recherches plus efficaces.

Introduction

À l’ère de la “mondialisation”, Internet et les moteurs de recherche (Google, Yahoo, Bing, etc.) mettent à la disposition des utilisateurs, en quelques secondes et avec une certaine facilité, une grande quantité d’informations (dans de nombreux cas, des millions de références) de la typologie la plus variée (articles scientifiques, rapports techniques, images, audiovisuels, pages Web, blogs, définitions Wikipédia…).

Face à une telle masse d’informations, il est difficile de séparer le bon grain de l’ivraie, l’utile de l’accessoire… à moins de consacrer une bonne partie de son temps à cette tâche ou de profiter des mécanismes de “recherche avancée” offerts par ces moteurs pour affiner les résultats de cette “masse d’informations”.

Ce type de recherches sur Internet est multidisciplinaire (vous pouvez trouver des pages sur la biomédecine, l’ingénierie, le divertissement, la politique, la biologie ou la littérature finlandaise), mais dans un domaine comme les sciences de la santé, il est essentiel de trouver rapidement les informations les plus spécialisées. Il est donc plus approprié de consulter les bases de données dites bibliographiques.

Ces bases de données, qui ont une longue histoire (la plupart sont apparues dans la seconde moitié du 20e siècle), sont le contrepoint de la mobilité, de la diversité et de l’expiration rapide des informations présentes sur le Web. En raison de son ancienneté, de ses fonctionnalités et de son contenu, l’un des plus connus et des plus utilisés par les professionnels de la santé est, bien sûr, PubMed1-6.

Pourquoi PubMed ?

Car il s’agit d’une base de données spécialisée dans les sciences de la santé qui, au début de l’année 2010, comptait plus de 19 millions de références bibliographiques, dont la plupart sont postérieures à 1950 et avec une augmentation d’environ 800 mille références par an.

  • Parce qu’elle rassemble des œuvres publiées dans plus de 5. 300 revues scientifiques dans le domaine de la médecine, des soins infirmiers et de l’art dentaire, dont plus de 80 revues liées à la rhumatologie (tableau 1), comme les Annals of the Rheumatic Diseases britanniques ou les revues américaines Arthritis & Rheumatism ou Nature Reviews Rheumatology ; mais aussi des revues d’autres nationalités comme Acta Reumatológica Portuguesa, Modern Rheumatology (Japon), Reumatismo (Italie), Revista Española de Reumatología ou Zeitschrift für Rheumatologie, entre autres.
  • Parce qu’elle est librement accessible sur Internet7,8 et que son utilisation s’est généralisée parmi les milliers de professionnels de la santé qui, quotidiennement, demandent et trouvent les informations biomédicales les plus récentes9.
  • Parce qu’elle peut être utilisée pour des requêtes simples ou plus complexes, dans un environnement facile à utiliser et de plus en plus convivial10-12 ; en plus de la sauvegarde des stratégies, de la création d’alertes et de l’archivage des résultats de chaque recherche bibliographique13,14 (tableau 2).
  • Et parce qu’elle permet également, dans de nombreuses références, d’accéder au texte intégral de l’article via le dépôt PubMed Central ou via les pages des éditeurs eux-mêmes (dans ce cas, au moyen de la clé et du mot de passe correspondants).

Un peu d’histoire

Les origines de PubMed remontent au milieu du 20e siècle, lorsque la National Library of Medicine15 aux États-Unis, profitant des récentes avancées technologiques, a proposé le développement d’un système automatisé d’analyse et de recherche de la littérature médicale afin de diffuser et de promouvoir une plus grande utilisation de son répertoire bibliographique imprimé, l’Index Medicus16-18, qui était publié depuis 1879.

Cet outil permettrait une consultation plus agile des précieuses et volumineuses informations contenues dans cet index qui, en raison de sa nature imprimée, de ses dimensions et de sa typographie, rendait les recherches lentes, fastidieuses et jamais exhaustives. Ainsi, en 1966, MEDLARS (MEDical Literature Analysis and Retrieval System) est enfin apparu, dans le but de permettre aux médecins d’accéder et de consulter les informations bibliographiques les plus pertinentes en biomédecine.

Dans ces années-là, les recherches étaient effectuées par modem et à partir de terminaux distants, la plupart du temps situés dans des bibliothèques et réalisés par des bibliothécaires spécialisés, en raison de leur complexité et des coûts élevés de l’accès téléphonique en ligne.

Dans les années 1980, la généralisation de l’utilisation du CD-ROM19 a signifié le décollage définitif de cette base de données, déjà connue sous le nom de MEDLINE (MEDlars onLINE), puisque le nouveau support technologique facilitait sa consultation depuis n’importe quel ordinateur doté d’un lecteur de CD. En raison des coûts d’abonnement à la base de données, ainsi que du coût des lecteurs eux-mêmes, l’accès à MEDLINE au cours de ces années est resté limité à l’environnement des bibliothèques.

Cependant, une décennie plus tard, avec le développement d’Internet, cette base de données est devenue universelle, étant accessible via le web et gratuitement grâce à la nouvelle interface, connue sous le nom de PubMed20-23 (Public MEDLINE). Depuis lors, tant les informations bibliographiques qu’il collecte que son environnement d’interrogation ont été constamment mis à jour, le dernier changement significatif ayant eu lieu début novembre 2009, avec des innovations de plus en plus conviviales24-26.

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