On ne plante pas un clou avec une clé de 8

clé de 8

Vous vous retrouvez au petit matin devant les résultats PubMed de votre recherche « sodomie et mycose vaginale » (Jaddo  Petit traité imaginaire de médecine réelle 2 juin 2015)

Merci à Jaddo d’avoir fait allusion à PubMed en ces termes dans son dernier billet. Cela me donne l’occasion de revenir sur l’aberration qui consiste à entrer 2 ou 3 mots dans la fenêtre d’interrogation de PubMed à des fins diagnostiques ou thérapeutiques.

Dans un précédent billet, j’avais fustigé cette démarche. Aujourd’hui, je ne peux que confirmer que PubMed n’est ni le Sémiologiste, ni l’Assistant Médical (Jean Thouluc), mais une banque de données dont la vocation est d’établir des listes références.

Une publication récente (Et si on faisait une recherche PubMed) est convaincue du contraire. L’article, disponible (texte + vidéo) dans l’archive ouverte HAL, contient son pesant d’incongruités.

L’ennemie, c’est la moulinette
Il est incongru qu’une banque de données indexée en langage MeSH et disposant d’une grammaire originale (affiliation ; champ) soit interrogée « à la Google », c’est-à-dire avec les termes du langage courant et une grammaire élémentaire. Telle qu’elle est formulée dans l’article, cette recherche « à la Google », appelle deux remarques. D’une part, l’opérateur booléen AND est en majuscule dans la vidéo (c’est correct) et en minuscule dans le texte (là, c’est n’importe quoi). D’autre part, le mot composé sore throat n’est pas mis entre guillemets comme c’est la règle pour les expressions et mots composés dans Google.
ça sent l’amateurisme à plein nez. En réalité, les conséquences sont négligeables car, dans PubMed, toute équation « à la Google » subit l’assaut de l’Automatic Term mapping qui la mouline dans tous les sens avant de recracher un résultat dont l’adéquation est loin d’être la qualité première.

PubMed et Google : même combat
La deuxième incongruité est de demander à PubMed de faire ce à quoi il n’est pas destiné : donner une indication diagnostique ou thérapeutique. Il y a dix ans, on l’avait aussi demandé à Google et le New England Journal of Medicine s’en était fait l’écho. Mais Google n’en est pas devenu pour autant autre chose qu’un outil de recherche sans égal pour trouver l’adresse du pizzaiolo du quartier ou la date de naissance de Clint Eastwood. Mais… pas plus.

Anecdotiques
Les résultats obtenus aussi bien par PubMed que par Google dans la recherche d’un diagnostic ou d’un traitement sont des curiosités. Sans plus. Ils sont réels, mais aussi anecdotiques que les exploits thérapeutiques revendiqués par les naturopathes, phytothérapeutes et autres magnétiseurs. Rien ne justifie que ce type de démarche devienne la règle. Loin de là.
A mon avis : à oublier… comme les thaumaturges.

Note pour les curieux
L’équation de recherche : (Candidiasis, Vulvovaginal [mh] OR vaginitis [mh]) AND (sodomy [ti] OR buggery [ti]) ne donne aucun résultat dans PubMed C’est à mon avis la seule façon d’interroger PubMed avec la requête de Jaddo.

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7 Responses to On ne plante pas un clou avec une clé de 8

  1. Ludovic Hery dit :

    Je suis Ludovic Hery, rédacteur principal de l’article dont il est question ci-dessus, à l’origine également du projet DocToBib évoqué dans un de vos précédents textes.

    Déjà, merci de m’avoir cité dans vos derniers billets avec Jaddo, c’est un grand honneur que d’apparaître à ses côtés (même si vous êtes plus indulgent à son égard :D).

    Nous sommes bien d’accord, PubMed ne s’interroge pas « à la Google » et le choix des mots-clés est plus important que les manipulations elles-mêmes. L’idée principale de l’article est de montrer à des internes qu’il peut être bon d’utiliser la recherche documentaire pour aider à la résolution de cas cliniques. C’est vrai, nous ne sommes effectivement pas du même avis sur l’utilisation de PubMed pour travailler sur un cas clinique. Je vous assure pourtant que cet outil m’est fort utile dans ma pratique quotidienne de praticien – mais aussi bien entendu lors de la rédaction d’articles ou de mémoire.

    Quant à la requête mentionnée dans l’article, elle pouvait laisser croire qu’une recherche en langage naturel était suffisante – l’article a donc été modifié en conséquence, pour éviter toute ambiguïté.

    Un dernier mot sur les vidéos du projet DocToBib : elles ne relèvent pas de la même démarche que votre manuel. Il s’agit d’un premier contact avec les outils, sous forme de vidéos très courtes et didactiques – d’autres sont prévues, pour présenter la procédure de recherche plus en détail. L’idée étant d’aider les internes peu familiers de la recherche documentaire, à s’approprier un outil qui peut leur faire peur. Bref, je pense que nos deux démarches, loin d’être opposées, sont complémentaires.

    N’hésitez pas à me contacter, ainsi que l’équipe de DocToBib, si vous souhaitez discuter de ces points.

    Cordialement.

    Ludovic Hery.

  2. philippe eveillard dit :

    A propos de l’intérêt de PubMed en clinique (diagnostic ou traitement), nous avons déjà échangé dans mon billet sur Les clinical queries.
    Quant au langage et à la grammaire de PubMed, j’estime que c’est l’essentiel du message à passer aux praticiens qu’ils soient internes ou non.
    L’automatic term mapping est une daube à laquelle on ne peut pas faire confiance (trop bruyante).
    Vous apprenez aux internes à naviguer dans PubMed. C’est bien. Mais Est-ce suffisant ?
    Ce n’est pas parce qu’on sait taper sur un clavier d’ordinateur qu’on est capable d’aligner 3 phrases sensées.
    A mon avis, c’est la même chose pour PubMed. Ce n’est pas parce que l’interface n’a plus de secret pour l’utilisateur qu’il sait remplir la fenêtre d’interrogation dans le langage adéquat et avec la grammaire adaptée à l’outil.
    La maitrise des fonctions de l’outil (Word, PowerPoint, Pubmed) ne garantit pas la cohérence de son contenu, que ce soit du texte, des diapositives ou une équation de recherche.
    C’est le sens de ce que j’écris et dis depuis des années.
    Ph. E.

  3. JD Pierret dit :

    Bonjour Philippe,

    Je fais partie des curieux et j’ai un peu creusé. Je vous soumets donc le fruit de mon travail sur PubMed, qui retrouve 2 citations qui me semblent pertinentes.
    (((« anal intercourse »[TIAB] OR sodomy[TIAB])) AND (« Candidiasis, Vulvovaginal »[Mesh] OR (« Mycoses »[Mesh] AND « Vaginal Diseases »[Mesh])))
    Bien cordialement,

    Jean-Dominique

  4. Florence Poncet dit :

    Bonjour
    Il est toujours très intéressant de s’exercer avec les équations de recherche que vous nous proposez. Je me permets de vous signaler qu’il existe aussi les synonymes « anal sex » et « anal intercourse » pour « sodomy » et de vous proposer cette équation qui donne 14 résultats : (« Vaginitis »[Mesh] OR « Candidiasis, Vulvovaginal »[Mesh]) AND « Sexual Behavior »[Mesh] AND anal[Title/Abstract]
    Cordialement,
    Florence Poncet

  5. philippe eveillard dit :

    Bravo. Cela confirme l’adage « la première équation n’est jamais la bonne, il faut toujours la reformuler ».
    Dans le cas d’espèce, l’équation que j’avais formulée ne donnait aucun résultat (silence). C’était l’occasion d’améliorer sa sensibilité en la reformulant différemment. Vous l’avez fait et très bien fait.

    Philippe Eveillard

  6. philippe eveillard dit :

    La démarche est excellente (voir précédent commentaire).
    Avec votre équation, le champ de la recherche est élargi+++, ce qui n’est pas dramatique car il est facile de faire le tri dans 14 références.
    Merci de l’intérêt que vous accordez à mon blog.

    Philippe Eveillard

  7. Florence Poncet dit :

    Merci! Je suis désolée pour le retard de ma réponse. Il est toujours intéressant de confronter différents points de vue pour l’élaboration des équations de recherche car nous n’avons pas tous les mêmes représentations mentales d’une notion donnée, je le constate tous les jours avec mes collègues. Merci à vous de nous proposer ces équations de recherche, qui nous permettent aux documentalistes comme moi de nous former et de progresser dans notre pratique.

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