Fuyez les « pass navigo » de PubMed

3422362337_36ddc79f22_m (1)Les tutoriels qui fournissent des indications sur la façon de naviguer dans PubMed peuvent être assimilés aux « pass navigo » qui donnent accès au métro (et à la circulation dans ses couloirs…).
Ces tutoriels indiquent vers quoi diriger le pointeur de votre souris et comment cheminer dans l’interface. Mais, cela ne sert à rien de cheminer (ou naviguer) dans PubMed… Explications.

Trois « aides à la navigation »

La première aide, en provenance de la NLM (« building the search ») utilise des poteaux indicateurs (des copies d’écran) pour vous orienter dans l’interface. Son principal défaut est d’être rédigé en anglais.

Depuis plusieurs mois, l’équipe de DocToBib inonde YouTube de vidéos (52 à mon compteur) dont un grand nombre conduisent le médecin ou l’étudiant vers des fonctions ou des services de PubMed… sans intérêt.

Très récemment le centre de documentation de la Haute école de santé de Genève a mis en ligne une vidéo de 11 minutes où tout est dit, mais où rien n’est expliqué. Surtout, la formulation fait appel aux automates (builder et history). Une très mauvaise idée.

Imposture

Les « pass navigo » de PubMed vous prennent pour des imbéciles. PubMed, c’est simple : il suffit de remplir une fenêtre d’interrogation. Et la fenêtre d’interrogation de PubMed vous tend les bras dès l’affichage de la page d’accueil. Alors, quel besoin de faire des simagrées de navigation ?

Les « pass navigo » de PubMed vous mentent en vous faisant croire qu’il suffit de naviguer dans l’interface pour explorer la banque de données. En réalité, cette aptitude à naviguer ne représente que 5% des compétences nécessaires pour interroger correctement PubMed. 95% des compétences sont dans le choix judicieux des termes de la requête et dans l’utilisation du langage (affiliation descripteur/qualificatif) et de la grammaire (champ). Deux notions inconnues des « aides à la navigation ».

Fuyez donc les « pass navigo » de PubMed et apprenez à parler et formuler « PubMed ». C’est la seule façon d’afficher des références en adéquation avec votre requête.

Illustration :
Decapping the Navigo par Travis Goodspeed Licence CC BY

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On ne plante pas un clou avec une clé de 8

clé de 8

Vous vous retrouvez au petit matin devant les résultats PubMed de votre recherche « sodomie et mycose vaginale » (Jaddo  Petit traité imaginaire de médecine réelle 2 juin 2015)

Merci à Jaddo d’avoir fait allusion à PubMed en ces termes dans son dernier billet. Cela me donne l’occasion de revenir sur l’aberration qui consiste à entrer 2 ou 3 mots dans la fenêtre d’interrogation de PubMed à des fins diagnostiques ou thérapeutiques.

Dans un précédent billet, j’avais fustigé cette démarche. Aujourd’hui, je ne peux que confirmer que PubMed n’est ni le Sémiologiste, ni l’Assistant Médical (Jean Thouluc), mais une banque de données dont la vocation est d’établir des listes références.

Une publication récente (Et si on faisait une recherche PubMed) est convaincue du contraire. L’article, disponible (texte + vidéo) dans l’archive ouverte HAL, contient son pesant d’incongruités.

L’ennemie, c’est la moulinette
Il est incongru qu’une banque de données indexée en langage MeSH et disposant d’une grammaire originale (affiliation ; champ) soit interrogée « à la Google », c’est-à-dire avec les termes du langage courant et une grammaire élémentaire. Telle qu’elle est formulée dans l’article, cette recherche « à la Google », appelle deux remarques. D’une part, l’opérateur booléen AND est en majuscule dans la vidéo (c’est correct) et en minuscule dans le texte (là, c’est n’importe quoi). D’autre part, le mot composé sore throat n’est pas mis entre guillemets comme c’est la règle pour les expressions et mots composés dans Google.
ça sent l’amateurisme à plein nez. En réalité, les conséquences sont négligeables car, dans PubMed, toute équation « à la Google » subit l’assaut de l’Automatic Term mapping qui la mouline dans tous les sens avant de recracher un résultat dont l’adéquation est loin d’être la qualité première.

PubMed et Google : même combat
La deuxième incongruité est de demander à PubMed de faire ce à quoi il n’est pas destiné : donner une indication diagnostique ou thérapeutique. Il y a dix ans, on l’avait aussi demandé à Google et le New England Journal of Medicine s’en était fait l’écho. Mais Google n’en est pas devenu pour autant autre chose qu’un outil de recherche sans égal pour trouver l’adresse du pizzaiolo du quartier ou la date de naissance de Clint Eastwood. Mais… pas plus.

Anecdotiques
Les résultats obtenus aussi bien par PubMed que par Google dans la recherche d’un diagnostic ou d’un traitement sont des curiosités. Sans plus. Ils sont réels, mais aussi anecdotiques que les exploits thérapeutiques revendiqués par les naturopathes, phytothérapeutes et autres magnétiseurs. Rien ne justifie que ce type de démarche devienne la règle. Loin de là.
A mon avis : à oublier… comme les thaumaturges.

Note pour les curieux
L’équation de recherche : (Candidiasis, Vulvovaginal [mh] OR vaginitis [mh]) AND (sodomy [ti] OR buggery [ti]) ne donne aucun résultat dans PubMed C’est à mon avis la seule façon d’interroger PubMed avec la requête de Jaddo.

Illustration
Hardware merchandising january-march 1919
Internet Archive Book Image
Aucune restriction de droits d’auteur connue

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L’anti-manuel (suite et fin)

fromage et dessertMy NCBI a oublié de prévenir ses « fidèles » qu’une équation de veille ne se formulait pas comme une équation de recherche. Un oubli qui montre à quel point ce service mérite d’être… oublié.

Comprendre
Dans PubMed, certains articles sont indexés et d’autres (moins nombreux) ne le sont pas.
Les articles indexés constituent la banque de données MEDLINE.
Les articles non indexés sont identifiés dans la notice au format abstract sous 3 formes :
PubMed in process (article en cours d’indexation) ;
PubMed as supplied by publisher (article en attente d’indexation) ;
PubMed (article de PubMed Central non « accrédité » dans MEDLINE).

Fromage et dessert
Le fromage est la partie indexée. Son équation de recherche est conforme au langage et à la grammaire de PubMed : mots-clés « affiliés » et mots-clés « accompagnés ».
Le dessert est la partie non indexée. En l’absence d’index, les mots-clés (en langage courant) sont recherchés dans les titres et les résumés. La grammaire se résume au champ [tiab] accompagnant chaque mot clé et à la mention NOT MEDLINE [sb] pour éviter d’étendre la requête à la partie indexée.

Maroilles et tarte aux fraises
On ne mélange pas dans la même assiette le Maroilles et la tarte aux fraises. Ainsi, le « et » de fromage et dessert n’est pas un AND (croisement de 2 mots clés), mais un OR (union de 2 mots clés) afin de prendre le fromage et le dessert séparément (et non « mixés »).

 

GL

Dans le grand livre de PubMed, des exemples montrent comment formuler une équation de veille et surtout comment mettre en place les parenthèses pour gérer correctement l’opérateur booléen OR.

Illustration
Cutting the pies and cakes at the barbeque dinner, Pie Town, New Mexico Fair.
The Library of Congress – Flickr The Commons

 

 

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L’anti-manuel (4)

equationIl n’y a qu’une seule bonne façon de formuler la première équation, mais il faudra toujours la reformuler*. C’est écrit nulle part, mais ça tombe sous le sens.

Une seule bonne façon…
Pour formuler la première équation selon le langage et la grammaire de PubMed, il n’y a pas 36 façons de faire.
Aucun mot-clé ne doit être abandonné à son triste sort. Chacun est associé à un autre (dans une affiliation) ou accompagné d’un champ (précisant sa nature et sa localisation).

… mais il faudra la reformuler
car les chances qu’elle soit en parfaite adéquation avec la requête sont aussi grandes que celles de gagner le gros lot à l’Euro Millions.
En règle générale, le résultat est :
– trop bruyant ; un grand nombre de références sont sans rapport avec la requête ; il faut améliorer la précision ;
– trop silencieux ; il n’y a qu’un petit nombre de références même si certaines sont adéquates ; il faut améliorer la sensibilité.

* Ce n’est pas le genre de discours que tiennent les tutoriels car il est trop démoralisateur. Leur message est plutôt : « voyez comme c’est simple de naviguer dans l’interface et de cliquer sur les boutons, les logos, les items… ».
Rappel : interroger PubMed c’est remplir une fenêtre… et c’est le seul message qu’il convient de faire passer.

Illustration
Journal de mathématiques pures et appliquées 1836 – Internet Archives Book Images
Flickr The Commons

GLDans le grand livre de PubMed, la formulation de la première équation et les reformulations successives visant à améliorer la sensibilité ou la précision sont largement développées à l’aide d’exemples.

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L’anti-manuel (3)

imageVanter les performances de PubMed dans la recherche d’une solution à un problème clinique est manifestement outrancier. Pourtant, certains ne se sont pas privés de le faire. En France, c’est  (texte et vidéo)* ; aux Etats-Unis, c’est .

Rappel : la vocation première d’une banque de données bibliographiques est de référencer un article scientifique ou une thèse et non de résoudre le problème clinique du moment. Pour cela, il y a d’autres outils qui proposent des réponses dans le cours de la consultation (CRAT, Antibioclic…) ou en léger différé (Dynamed, UpToDate, CISMeF, BDBfr…).
Sur le site de la SFMG, la Doc du Doc (Michel Arnould) affiche une liste cohérente d’espaces documentaires destinés à « accompagner » les praticiens dans leurs recherches. Dans la Revue Médicale Suisse (2015 ; 1060-1063), Jean-Gabriel Jeannot en fait autant.

PubMed, c’est juste pour établir une liste de références… qui peut, à terme, déboucher sur la résolution d’un problème diagnostique ou sur une décision thérapeutique dans le cadre d’un groupe de pairs ou d’un staff hospitalier.

* Le texte et la vidéo disponibles dans l’archive ouverte HAL proposent une requête à la Google pour faire le diagnostic d’un cas clinique. A l’évidence ce diagnostic est à la portée du Sémiologiste ou de l’Assistant médical de Jean Thouluc. Une utilisation consternante de PubMed !

GLLe grand livre de PubMed est un bon exemple d’anti-manuel se démarquant des poteaux indicateurs (vidéos et copies d’écran) sensés explorer la banque de données. Comme si l’interrogation de PubMed se réduisait à une série de clics activant des automates.
Mais l’approche de PubMed peut se faire de façon moins servile (vis-à-vis des automates) et plus hiérarchique (vis-à-vis de l’essentiel). C’est ce que fait le grand livre.

Illustration
Medical men use the Library reading room
National Library of Medicine
Flickr The Commons

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L’anti-manuel (2)

pm goo« PubMed n’est pas Google ».
La National Library of Médicine (NLM) souhaite vous persuader du contraire. Grâce à l’Automatic Term Mapping* (ATM), vous pouvez interroger PubMed sans rien connaître du langage (hermétique) ni de la grammaire (originale) de l’outil de recherche. L’ATM interprète votre requête (en général formulée à la Google) d’une façon déplorable et bruyante.

Déplorable car la « moulinette » ATM est incapable de transformer vos mots clés en affiliation descripteur/qualificatif, l’élément qui est au cœur de toute requête sensée.

Bruyante car la « moulinette » finit par mouliner une solution de facilité : la recherche des mots clés dans tous les champs (all fields) déclenchant un bruit assourdissant.

La seule « bonne » façon d’interroger PubMed est de ne jamais laisser un mot clé tout seul**. Il faut faire en sorte qu’il soit toujours combiné (à un autre mot clé = affiliation descripteur/qualificatif) ou accompagné d’un champ précisant sa nature ou sa localisation.

* Automatic Term Mapping = automate qui compare les mots clés saisis dans la fenêtre d’interrogation à des tables de correspondance (termes MeSH, auteurs, titres de périodique).

** « Ne jamais laisser un mot clé tout seul ». Où avez-vous déjà vu cette recommandation ? Nulle part ! Les « tutos » sont plus occupés à « faire la circulation » dans l’interface ou à indiquer l’endroit ou donner des « coups de pagaie » qu’à indiquer comment formuler.

GLLe grand livre de PubMed ne s’est pas trompé de sujet. Il accorde un très large développement au choix, à la combinaison et à l’accompagnement des mots clés. Il en est de même pour la formulation des équations de recherche.

Illustration
Google China par bfishadow Licence CC BY https://www.flickr.com/photos/bfishadow/5668460325/

 

 

 

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L’anti-manuel (1)

pubLa grosse artillerie est sortie : les vidéos de doctolib et les copies d’écran « made in NLM ou in BU » sont à la disposition des étudiants et des médecins pour qu’ils deviennent « maîtres es PubMed »…

… sauf que naviguer avec aisance dans l’interface* et en connaître tous les recoins ne sert pas à grand chose et ne représente que 5% des compétences à acquérir pour devenir « maître es PubMed ».

Les 95% restant sont ailleurs : dans le choix des mots clés (le langage) et dans l’expression des mots clés (la grammaire). De cette compétence-la vous ne trouvez nulle trace dans les « tutos » cités plus haut. Impasse totale !

Le choix des mots clés
Le bon choix n’est pas à la portée de tous. Un minimum d’expérience clinique est nécessaire. Avec un peu de méthode (et un « tableau des mots clés »), c’est à la portée des internes et des praticiens.

L’expression des mots clés
Là, on entre de plain pied dans l’inconnu et ce n’est pas la flèche du pointeur agitée dans les vidéos ou figée dans les copies d’écran qui peut lever le voile sur  « qu’est-ce qu’une affiliation ou un champ ? ».
Et pourtant c’est simple : il suffit de dire que, dans PubMed, un mot clé doit toujours être combiné ou accompagné :
– combiné avec un autre mot clé et c’est ce qu’on appelle une affiliation descripteur/qualificatif,
– ou (quand il n’est pas combiné) accompagné d’un champ qui précise la nature ou la localisation du mot clé.

 

*La navigation dans l’interface (compétence « grande section de maternelle ») n’est pas d’une grand utilité puisque la seule chose qui compte, la fenêtre d’interrogation, crève les yeux de l’utilisateur.

GL** Le grand livre de PubMed (version mai 2015) est un bon exemple d’anti-manuel se démarquant des poteaux indicateurs (vidéos et copies d’écran) sensés explorer la banque de données. Comme si l’interrogation de PubMed se réduisait à une série de clics activant des automates.
L’approche de PubMed peut se faire de façon moins servile vis-à-vis des robots et plus hiérarchique vis-à-vis de « l’utile ». C’est ce que fait le grand livre de PubMed.

Disponible en accès libre et gratuit (pour voir et télécharger) sur Slideshare
Le grand livre de PubMed

Illustration
Chapman Loft Windows par Ricardo Diaz Licence CC BY 2.0
https://www.flickr.com/photos/ricardodiaz/2344982906/

 

 

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Lecture pour tous

lecture pour tous blogDeux slidedocs, l’un relatif à l’information sur les maladies, l’autre à celle sur les médicaments sont en ligne sur Slideshare. Ils sont destinés aux patients et aux professionnels de santé et peuvent être téléchargés sur des tablettes.

Ces 2 slidedocs explorent exclusivement CISMeF et la BDBfr. Ils ont été rédigés pour que la recherche et son résultat soient adaptés aux 2 cibles (le patient et le professionnel de santé).

Sur le Web, l’information de santé rencontre deux obstacles : la langue et la syntaxe.
En choisissant CISMeF et la BDBfr, l’obstacle « langue » est aisément franchi. Ces 2 outils de recherche s’interrogent en français et explorent des espaces documentaires francophones.

L’obstacle « syntaxe » est plus difficile à franchir. L’affiliation descripteur/qualificatif et la notion de « champ » n’ont rien d’évident pour l’internaute « Google-dépendant ». Les apprivoiser est le prix à payer pour accéder à une information santé de qualité.
Deux choix ont été faits pour faciliter cette adaptation :
– séparer les 2 recherches (maladie et médicament) ;
– présenter chaque recherche sous forme de séquences et « d’actions ».

Iconographie :
Lecture pour tous Janvier 1936 par free photos& art Licence CC BY
https://www.flickr.com/photos/79818573@N04/10141409223/

Rappel
Trois slidedocs pour smartphones :
Se former sur Zotero
Se former sur PubMed
Se former à établir une liste de références (« biblio » de la thèse)

 

 

 

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Fin de la première série sur la documentation du médecin

image def

Après PubMed (en aout) et Zotero (en septembre), la mise en ligne du slidedoc sur la liste de références (en octobre) marque la fin de la première série sur la documentation du médecin.

Les 3 slidedocs sont étroitement liés car la sollicitation des 3 est nécessaire pour publier un article ou rédiger une thèse.

Cette première série sera suivie d’une seconde où il sera question de veille et de stratégie de recherche.

Crédit Photo
TBT USGS Library in Hooe Building, Washington, DC, 1917 par US geological Survey Licence CC BY

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Comment établir la liste de références (improprement appelée bibliographie) d’une thèse de médecine ?

image référencer une thèseÇa ne s’invente pas, mais ça n’intéresse personne et vous ne trouverez nulle part un mode d’emploi.
C’est pourtant simple. Il suffit de demander de l’aide aux bibliothécaires de votre B.U. (quand vous ne savez pas quelle base interroger), aux confrères qui publient (remontée des filières) ou à ceux qui partagent (social bookmarking) et aux outils de gestion des références (du type EndNote ou Zotero).

Tout cela est développé dans un slidedoc de 50 pages à télécharger sur votre smartphone et à consulter dans le métro ou dans une file d’attente de la Poste.
Tout cela n’a qu’un seul but : éviter l’extrême médiocrité des listes de références telle qu’elle ressort d’une analyse des thèses récentes accessibles en ligne.

Quelles sources ?
Une analyse rapide des thèses de médecins soutenues en 2013 à l’université Paris Descartes et accessibles en ligne montre que 80% des sujets de thèse sont compatibles avec une interrogation prioritaire de la banque de données PubMed.
Qu’en est-il des 20% restant ? Ce sont les bibliothécaires de votre B.U. qui ont la réponse. N’hésitez pas à les solliciter.

Quelles sources complémentaires ?
Les praticiens sont votre principale source d’informations complémentaires. Ce n’est pas une donnée classique, mais en 2014, c’est une réalité. Les médecins doivent se faire à l’idée que leur information ne se trouve plus dans les médias classiques, mais dans les réseaux sociaux.

Pour le thésard, c’est :
– la remontée des filières bibliographiques (l’analyse des « références des références »);
– le social bookmarking avec le repérage des praticiens qui ont stocké des références sur le même sujet que celui de votre thèse.

On peut ainsi évacuer la question : faut-il interroger plusieurs banques de données ?
Si vous avez déjà interrogé PubMed (80% des cas), l’interrogation de Embase ou de Web of Science ne vous apportera pas rien de plus que ce que vous fournira la remontée des filières et le social bookmarking. Surtout, elle vous fera perdre un temps considérable, celui passé à vous acclimater au langage et à la syntaxe de ces outils de recherche.
A la rigueur, en plus de PubMed, vous pouvez solliciter une source facile à explorer comme Google Scholar ou le catalogue du Sudoc.
Si votre source principale n’est pas PubMed, laissez la bibliothécaire de votre B.U. vous guider.

Le gestionnaire de références est-il indispensable ?
Oui. A moins que vous ayez des talents exceptionnels de copiste, vous allez faire des erreurs dans le recopiage des références (dans la ponctuation, le nom des auteurs…).
Si vous maitrisez déjà un gestionnaire de références, n’en changez pas ! Dans le cas contraire, vous pouvez jeter votre dévolu sur un outil comme Zotero, le plus simple si (et seulement si)  vous vous contentez de placer les appels de référence (au bon endroit) et de rédiger la liste (dans le bon style)… sans entrer dans les détails des fonctionnalités de la bibliothèque (une gigantesque usine à gaz).

 

 

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