L’anti-manuel (4)

equationIl n’y a qu’une seule bonne façon de formuler la première équation, mais il faudra toujours la reformuler*. C’est écrit nulle part, mais ça tombe sous le sens.

Une seule bonne façon…
Pour formuler la première équation selon le langage et la grammaire de PubMed, il n’y a pas 36 façons de faire.
Aucun mot-clé ne doit être abandonné à son triste sort. Chacun est associé à un autre (dans une affiliation) ou accompagné d’un champ (précisant sa nature et sa localisation).

… mais il faudra la reformuler
car les chances qu’elle soit en parfaite adéquation avec la requête sont aussi grandes que celles de gagner le gros lot à l’Euro Millions.
En règle générale, le résultat est :
– trop bruyant ; un grand nombre de références sont sans rapport avec la requête ; il faut améliorer la précision ;
– trop silencieux ; il n’y a qu’un petit nombre de références même si certaines sont adéquates ; il faut améliorer la sensibilité.

* Ce n’est pas le genre de discours que tiennent les tutoriels car il est trop démoralisateur. Leur message est plutôt : « voyez comme c’est simple de naviguer dans l’interface et de cliquer sur les boutons, les logos, les items… ».
Rappel : interroger PubMed c’est remplir une fenêtre… et c’est le seul message qu’il convient de faire passer.

Illustration
Journal de mathématiques pures et appliquées 1836 – Internet Archives Book Images
Flickr The Commons

GLDans le grand livre de PubMed, la formulation de la première équation et les reformulations successives visant à améliorer la sensibilité ou la précision sont largement développées à l’aide d’exemples.

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L’anti-manuel (3)

imageVanter les performances de PubMed dans la recherche d’une solution à un problème clinique est manifestement outrancier. Pourtant, certains ne se sont pas privés de le faire. En France, c’est  (texte et vidéo)* ; aux Etats-Unis, c’est .

Rappel : la vocation première d’une banque de données bibliographiques est de référencer un article scientifique ou une thèse et non de résoudre le problème clinique du moment. Pour cela, il y a d’autres outils qui proposent des réponses dans le cours de la consultation (CRAT, Antibioclic…) ou en léger différé (Dynamed, UpToDate, CISMeF, BDBfr…).
Sur le site de la SFMG, la Doc du Doc (Michel Arnould) affiche une liste cohérente d’espaces documentaires destinés à « accompagner » les praticiens dans leurs recherches. Dans la Revue Médicale Suisse (2015 ; 1060-1063), Jean-Gabriel Jeannot en fait autant.

PubMed, c’est juste pour établir une liste de références… qui peut, à terme, déboucher sur la résolution d’un problème diagnostique ou sur une décision thérapeutique dans le cadre d’un groupe de pairs ou d’un staff hospitalier.

* Le texte et la vidéo disponibles dans l’archive ouverte HAL proposent une requête à la Google pour faire le diagnostic d’un cas clinique. A l’évidence ce diagnostic est à la portée du Sémiologiste ou de l’Assistant médical de Jean Thouluc. Une utilisation consternante de PubMed !

GLLe grand livre de PubMed est un bon exemple d’anti-manuel se démarquant des poteaux indicateurs (vidéos et copies d’écran) sensés explorer la banque de données. Comme si l’interrogation de PubMed se réduisait à une série de clics activant des automates.
Mais l’approche de PubMed peut se faire de façon moins servile (vis-à-vis des automates) et plus hiérarchique (vis-à-vis de l’essentiel). C’est ce que fait le grand livre.

Illustration
Medical men use the Library reading room
National Library of Medicine
Flickr The Commons

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L’anti-manuel (2)

pm goo« PubMed n’est pas Google ».
La National Library of Médicine (NLM) souhaite vous persuader du contraire. Grâce à l’Automatic Term Mapping* (ATM), vous pouvez interroger PubMed sans rien connaître du langage (hermétique) ni de la grammaire (originale) de l’outil de recherche. L’ATM interprète votre requête (en général formulée à la Google) d’une façon déplorable et bruyante.

Déplorable car la « moulinette » ATM est incapable de transformer vos mots clés en affiliation descripteur/qualificatif, l’élément qui est au cœur de toute requête sensée.

Bruyante car la « moulinette » finit par mouliner une solution de facilité : la recherche des mots clés dans tous les champs (all fields) déclenchant un bruit assourdissant.

La seule « bonne » façon d’interroger PubMed est de ne jamais laisser un mot clé tout seul**. Il faut faire en sorte qu’il soit toujours combiné (à un autre mot clé = affiliation descripteur/qualificatif) ou accompagné d’un champ précisant sa nature ou sa localisation.

* Automatic Term Mapping = automate qui compare les mots clés saisis dans la fenêtre d’interrogation à des tables de correspondance (termes MeSH, auteurs, titres de périodique).

** « Ne jamais laisser un mot clé tout seul ». Où avez-vous déjà vu cette recommandation ? Nulle part ! Les « tutos » sont plus occupés à « faire la circulation » dans l’interface ou à indiquer l’endroit ou donner des « coups de pagaie » qu’à indiquer comment formuler.

GLLe grand livre de PubMed ne s’est pas trompé de sujet. Il accorde un très large développement au choix, à la combinaison et à l’accompagnement des mots clés. Il en est de même pour la formulation des équations de recherche.

Illustration
Google China par bfishadow Licence CC BY https://www.flickr.com/photos/bfishadow/5668460325/

 

 

 

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L’anti-manuel (1)

pubLa grosse artillerie est sortie : les vidéos de doctolib et les copies d’écran « made in NLM ou in BU » sont à la disposition des étudiants et des médecins pour qu’ils deviennent « maîtres es PubMed »…

… sauf que naviguer avec aisance dans l’interface* et en connaître tous les recoins ne sert pas à grand chose et ne représente que 5% des compétences à acquérir pour devenir « maître es PubMed ».

Les 95% restant sont ailleurs : dans le choix des mots clés (le langage) et dans l’expression des mots clés (la grammaire). De cette compétence-la vous ne trouvez nulle trace dans les « tutos » cités plus haut. Impasse totale !

Le choix des mots clés
Le bon choix n’est pas à la portée de tous. Un minimum d’expérience clinique est nécessaire. Avec un peu de méthode (et un « tableau des mots clés »), c’est à la portée des internes et des praticiens.

L’expression des mots clés
Là, on entre de plain pied dans l’inconnu et ce n’est pas la flèche du pointeur agitée dans les vidéos ou figée dans les copies d’écran qui peut lever le voile sur  « qu’est-ce qu’une affiliation ou un champ ? ».
Et pourtant c’est simple : il suffit de dire que, dans PubMed, un mot clé doit toujours être combiné ou accompagné :
– combiné avec un autre mot clé et c’est ce qu’on appelle une affiliation descripteur/qualificatif,
– ou (quand il n’est pas combiné) accompagné d’un champ qui précise la nature ou la localisation du mot clé.

 

*La navigation dans l’interface (compétence « grande section de maternelle ») n’est pas d’une grand utilité puisque la seule chose qui compte, la fenêtre d’interrogation, crève les yeux de l’utilisateur.

GL** Le grand livre de PubMed (version mai 2015) est un bon exemple d’anti-manuel se démarquant des poteaux indicateurs (vidéos et copies d’écran) sensés explorer la banque de données. Comme si l’interrogation de PubMed se réduisait à une série de clics activant des automates.
L’approche de PubMed peut se faire de façon moins servile vis-à-vis des robots et plus hiérarchique vis-à-vis de « l’utile ». C’est ce que fait le grand livre de PubMed.

Disponible en accès libre et gratuit (pour voir et télécharger) sur Slideshare
Le grand livre de PubMed

Illustration
Chapman Loft Windows par Ricardo Diaz Licence CC BY 2.0
https://www.flickr.com/photos/ricardodiaz/2344982906/

 

 

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Lecture pour tous

lecture pour tous blogDeux slidedocs, l’un relatif à l’information sur les maladies, l’autre à celle sur les médicaments sont en ligne sur Slideshare. Ils sont destinés aux patients et aux professionnels de santé et peuvent être téléchargés sur des tablettes.

Ces 2 slidedocs explorent exclusivement CISMeF et la BDBfr. Ils ont été rédigés pour que la recherche et son résultat soient adaptés aux 2 cibles (le patient et le professionnel de santé).

Sur le Web, l’information de santé rencontre deux obstacles : la langue et la syntaxe.
En choisissant CISMeF et la BDBfr, l’obstacle « langue » est aisément franchi. Ces 2 outils de recherche s’interrogent en français et explorent des espaces documentaires francophones.

L’obstacle « syntaxe » est plus difficile à franchir. L’affiliation descripteur/qualificatif et la notion de « champ » n’ont rien d’évident pour l’internaute « Google-dépendant ». Les apprivoiser est le prix à payer pour accéder à une information santé de qualité.
Deux choix ont été faits pour faciliter cette adaptation :
– séparer les 2 recherches (maladie et médicament) ;
– présenter chaque recherche sous forme de séquences et « d’actions ».

Iconographie :
Lecture pour tous Janvier 1936 par free photos& art Licence CC BY
https://www.flickr.com/photos/79818573@N04/10141409223/

Rappel
Trois slidedocs pour smartphones :
Se former sur Zotero
Se former sur PubMed
Se former à établir une liste de références (« biblio » de la thèse)

 

 

 

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Fin de la première série sur la documentation du médecin

image def

Après PubMed (en aout) et Zotero (en septembre), la mise en ligne du slidedoc sur la liste de références (en octobre) marque la fin de la première série sur la documentation du médecin.

Les 3 slidedocs sont étroitement liés car la sollicitation des 3 est nécessaire pour publier un article ou rédiger une thèse.

Cette première série sera suivie d’une seconde où il sera question de veille et de stratégie de recherche.

Crédit Photo
TBT USGS Library in Hooe Building, Washington, DC, 1917 par US geological Survey Licence CC BY

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Comment établir la liste de références (improprement appelée bibliographie) d’une thèse de médecine ?

image référencer une thèseÇa ne s’invente pas, mais ça n’intéresse personne et vous ne trouverez nulle part un mode d’emploi.
C’est pourtant simple. Il suffit de demander de l’aide aux bibliothécaires de votre B.U. (quand vous ne savez pas quelle base interroger), aux confrères qui publient (remontée des filières) ou à ceux qui partagent (social bookmarking) et aux outils de gestion des références (du type EndNote ou Zotero).

Tout cela est développé dans un slidedoc de 50 pages à télécharger sur votre smartphone et à consulter dans le métro ou dans une file d’attente de la Poste.
Tout cela n’a qu’un seul but : éviter l’extrême médiocrité des listes de références telle qu’elle ressort d’une analyse des thèses récentes accessibles en ligne.

Quelles sources ?
Une analyse rapide des thèses de médecins soutenues en 2013 à l’université Paris Descartes et accessibles en ligne montre que 80% des sujets de thèse sont compatibles avec une interrogation prioritaire de la banque de données PubMed.
Qu’en est-il des 20% restant ? Ce sont les bibliothécaires de votre B.U. qui ont la réponse. N’hésitez pas à les solliciter.

Quelles sources complémentaires ?
Les praticiens sont votre principale source d’informations complémentaires. Ce n’est pas une donnée classique, mais en 2014, c’est une réalité. Les médecins doivent se faire à l’idée que leur information ne se trouve plus dans les médias classiques, mais dans les réseaux sociaux.

Pour le thésard, c’est :
– la remontée des filières bibliographiques (l’analyse des « références des références »);
– le social bookmarking avec le repérage des praticiens qui ont stocké des références sur le même sujet que celui de votre thèse.

On peut ainsi évacuer la question : faut-il interroger plusieurs banques de données ?
Si vous avez déjà interrogé PubMed (80% des cas), l’interrogation de Embase ou de Web of Science ne vous apportera pas rien de plus que ce que vous fournira la remontée des filières et le social bookmarking. Surtout, elle vous fera perdre un temps considérable, celui passé à vous acclimater au langage et à la syntaxe de ces outils de recherche.
A la rigueur, en plus de PubMed, vous pouvez solliciter une source facile à explorer comme Google Scholar ou le catalogue du Sudoc.
Si votre source principale n’est pas PubMed, laissez la bibliothécaire de votre B.U. vous guider.

Le gestionnaire de références est-il indispensable ?
Oui. A moins que vous ayez des talents exceptionnels de copiste, vous allez faire des erreurs dans le recopiage des références (dans la ponctuation, le nom des auteurs…).
Si vous maitrisez déjà un gestionnaire de références, n’en changez pas ! Dans le cas contraire, vous pouvez jeter votre dévolu sur un outil comme Zotero, le plus simple si (et seulement si)  vous vous contentez de placer les appels de référence (au bon endroit) et de rédiger la liste (dans le bon style)… sans entrer dans les détails des fonctionnalités de la bibliothèque (une gigantesque usine à gaz).

 

 

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La sensibilité dans PubMed

image sensiLe précédent billet posait une question : pourquoi une équation de recherche formulée dans le Constructeur de requêtes bibliographiques médicales affiche-t-il un plus grand nombre de références que la même équation formulée dans PubMed ?

La réponse
Le champ d’exploration n’est pas le même. Il est beaucoup plus large dans le Constructeur de requêtes, même si, en apparence, l’équation de recherche est identique dans les 2 outils.

L’explication
L’explication de la différence se trouve dans le cadre search details de PubMed.
Rappel : le cadre search détails contient l’interprétation par PubMed de l’équation de recherche.

L’équation entrée directement dans la fenêtre d’interrogation de PubMed est interprétée exactement comme elle a été formulée.

En revanche, l’équation formulée dans le Constructeur de requêtes est nécessairement « retravaillée » pour pouvoir interroger PubMed avec le bon langage (anglais) et la bonne syntaxe (champs) et, à cette occasion, « enrichie ». Les effets de ce passage dans la « moulinette » du Constructeur de requêtes sont révélés par l’analyse du cadre search détails.
Les synonymes de chaque descripteur et de chaque qualificatif font désormais partie de l’équation. Ils sont unis avec l’opérateur OR et bénéficient du champ Text Word ([TW]).
Résultat : une augmentation notable de la sensibilité.

Note 1
Il ne s’agit pas d’une équation de veille car elle n’est pas formulée de telle façon qu’elle explore la partie non indexée de PubMed (NOT MEDLINE)

Note 2
Les références figurant dans l’équation « Constructeur » et absentes de l’équation « PubMed » ne sont pas indexées avec les 3 affiliations, mais  avec seulement une ou deux d’entre elles (d’où leur absence dans l’équation PubMed).

Rappel sur la notion de sensibilité
La sensibilité d’une recherche est le rapport du nombre de documents adéquats trouvés par l’outil de recherche sur le nombre de documents adéquats contenus dans la banque de données.
Les 3 moyens pour l’augmenter :
– supprimer un qualificatif ;
– supprimer un membre de l’équation ;
– ajouter des synonymes (avec OR).

Illustration :
Tears par gemsling Licence CC BY

 

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PubMed : de la requête à l’équation

image requête-equationReprise du précédent billet
Il était question de l’obstacle dont personne ne parle : le passage de la requête à l’équation de recherche dans PubMed. Un exemple était proposé à la sagacité du lecteur : comment formuler l’équation de recherche portant sur l’impact des corticoïdes inhalés sur la croissance de l’enfant asthmatique ?

Rappel
Contrairement aux habitudes des praticiens français , aucune équation de recherche dans PubMed ne peut être formulée sans une ou plusieurs affiliations descripteur/qualificatif. Pour s’en convaincre, il suffit d’afficher « l’étiquette » de chaque référence (pour cela : cliquer sur le titre de la référence puis sur MeSH Terms dans la notice au format abstract qui s’affiche à l’écran). Vous obtenez ainsi la liste des termes qui caractérisent le contenu de l’article. Dans leur grande majorité, ce sont des affiliations descripteur/qualificatif.
La logique la plus élémentaire voudrait que votre équation de recherche contienne des affiliations inscrites sur les étiquettes… afin que le documentaliste qui s’est investi dans l’indexation des articles ne l’ait pas fait pour rien. Mais, cette logique n’est jamais respectée.

Deuxième rappel
Une affiliation descripteur/qualificatif est un mariage entre un descripteur (il y en a 27149) et un qualificatif (il y en a 83). Le descripteur et le qualificatif sont collés l’un à l’autre, simplement séparés par un slash. Un descripteur ne se marie à un qualificatif que s’il existe entre eux des « affinités ». Ainsi, certains qualificatifs sont affiliés aux médicaments, d’autres aux maladies, d’autres encore aux investigations diagnostiques ou aux protocoles thérapeutiques.
Plus de détails sur : Se former sur PubMed avec un smartphone (téléchargement gratuit sur slideshare)
La méthode pour ne plus haïr PubMed pour tablettes 7 et 10″ (Google Play iTunes)

Après ces rappels et détails, on entre dans le vif du sujet : comment formuler…
Premier temps : quels sont les mots clés de la requête « impact des corticoïdes inhalés sur la croissance des enfants asthmatiques ». Paradoxalement, les termes qui peuvent être considérés comme des mots clés sont ceux qui ne sont pas des qualificatifs. Pas de problème pour avoir la liste des 83 qualificatifs : elle figure (en anglais, mais de traduction aisée) dans le « help » de PubMed. Ainsi les mots clés croissance, corticoïdes, inhalés, enfant et asthme ne sont pas, à l’évidence, des qualificatifs. Le mot clé « enfant » peut être écarté de l’équation de recherche dans la mesure où « l’impact sur la croissance » ne concerne pas quelqu’un d’autre qu’un enfant.

Deuxième temps : formulation de l’équation de recherche avec le concours du « constructeur de requêtes ».
Attention !  Le constructeur de requêtes ne fait pas tout. Il vous aide :
– à découvrir les descripteurs (termes MeSH) correspondant aux mots clés précédemment sélectionnés,
– et à construire l’équation en reliant ses membres avec les opérateurs booléens adéquats.
En aucun cas, il ne peut vous indiquer les qualificatifs à affilier à vos descripteurs pour donner de la cohérence à votre équation de recherche. En revanche, il vous donne la liste des qualificatifs pour chaque descripteur.

Pour chaque mot clé français que vous avez sélectionné, la procédure est la même :
– entrée dans la 1ère fenêtre et sélection du terme MeSH (descripteur) ;
– affichage des qualificatifs « compatibles » et sélection de celui qui parait le plus adapté :
– ajout dans la 2è fenêtre avec l’opérateur booléen adéquat. 4

Application

  • Croissance – terme MeSH : croissance Pour prendre en compte l’expression « impact sur la croissance », le qualificatif le plus approprié est « action des médicaments et substances chimiques »
  • Corticoïdes – terme MeSH : hormones corticosurrénaliennes Le qualificatif correspondant aux effets potentiels des corticoïdes sur la croissance est « effets indésirables ».
  • Inhalés – terme MeSH : administration par inhalation Ce descripteur n’a pas besoin de qualificatif dans le contexte de la requête.
  • Asthme – terme MeSH asthme Le mot clé étant relié à une classe thérapeutique (les corticoïdes), le qualificatif approprié est « traitement médicamenteux ».

Dans la 2è fenêtre, tous les membres de l’équation de recherche sont reliés par l’opérateur booléen ET (croisement des différents membres). L’équation de recherche affichée dans la fenêtre est :
(((croissance/action des médicaments et substances chimiques.mc[TER_MSH]) AND hormones corticosurrénaliennes/effets indésirables.mc[TER_MSH]) AND administration par inhalation.mc[TER_MSH]) AND asthme/traitement médicamenteux.mc[TER_MSH]
Elle affiche 140 références (le 22 septembre 2014)

La même équation formulée en anglais :
Growth/drug effects AND Adrenal cortex hormones/adverse effects AND Administration, inhalation [mh] AND Asthma/drug therapy
affiche 77 références (le 22 septembre 2014).

Pourquoi cette différence ? Réponse dans le prochain billet.

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« Cuisine » MeSH pour tous

cuisine 2La mise au point d’un robot-mixeur des mots clés français est-elle la solution radicale pour faire tomber les barrières de l’interrogation de PubMed/MEDLINE ?  Pas sûr !

Le 17 septembre 2014, un tweet de Gaëtan Kerdelhué et un mail de Badisse Dahamna ont informé les internautes de la mise à leur disposition d’un outil d’interrogation en français de la banque de données PubMed/MEDLINE : le Constructeur de requêtes bibliographiques médicales.

L’outil
D’emblée, il convient de saluer la qualité du développement informatique dont bénéficie le « Constructeur de requêtes ». Navigation aisée à tous les étages !

Vous entrez un mot clé français dans la première fenêtre. Un ou plusieurs termes MeSH (français) vous sont proposés. Vous faites votre choix.

L’intitulé « option du terme » vous permet éventuellement :
– de pondérer et d’éviter l’explosion du terme choisi ;
– d’affilier un qualificatif au terme MeSH.

Les choix étant faits, vous activez l’intitulé « ajouter » dans la 2è fenêtre. Le premier membre de l’équation de recherche est intégré dans la fenêtre. Les autres membres de l’équation sont ajoutés selon la même procédure : mot clé français dans la première fenêtre, choix du terme MeSH français, paramétrage éventuel du terme et intégration dans la 2è fenêtre.

Le résultat de l’équation de recherche est obtenu en cliquant sur le nombre de références figurant dans la 3è fenêtre. Assurez-vous que l’ouverture des fenêtres pop-up est autorisée.

Note : le fan-club de MeSH database est en pays de connaissance. Le Constructeur de requêtes bibliographiques médicales emprunte le protocole de la banque de données du MeSH.

Un obstacle est franchi.
Mais ce n’est pas le plus élevé.

Le premier obstacle (la navigation dans PubMed), surévalué par les formations en présentiel, est négligeable. Niveau : grande section de maternelle-CP.

Le deuxième obstacle est celui que le Constructeur de requêtes permet de franchir aisément. C’est le passage du mot clé français au terme MeSH. Cet obstacle est loin d’être négligeable et freine encore un bon nombre de praticiens dans leur approche de PubMed.

Le dernier obstacle est celui dont personne ne parle. C’est celui de la transformation de la requête en équation de recherche.
Par exemple, votre requête porte sur l’impact des corticoïdes inhalés sur la croissance de l’enfant asthmatique.  Avec quels termes formulez vous une équation de recherche qui tienne la route et soit conforme au langage et à la syntaxe de PubMed ? Cherchez bien : il n’y a qu’une seule façon de faire et le prochain billet la dévoilera.
Pour franchir cet obstacle élevé et conséquent, il faut :
– acquérir un peu d’expérience dans l’exploration de PubMed/MEDLINE, ce qui suppose de ne pas ménager sa peine dans l’interrogation de la banque de données ;
– avoir un peu de sens clinique, ce qui donne un avantage aux médecins (on n’est plus au niveau grande section de maternelle-CP mais au niveau bac+10).

Illustration :
meat mincer par tokyofoodcast Licence CC BY
https://www.flickr.com/photos/26096026@N00/6462928/

 

 

 

 

 

 

 

 

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