Les propriétés ergogéniques des médicaments ne pouvant être démontrées scientifiquement (selon les « bonnes pratiques » des essais cliniques contrôlés), le dopage sportif ne peut être défini directement comme étant la prise d’un médicament capable d’améliorer la performance sportive.

Il faut donc prendre un chemin de traverse et, pour cela, définir le sportif dopé et le produit dopant.

Le sportif dopé est un sportif qui a pris un médicament inscrit sur la liste des produits interdits et « s’est fait prendre » au contrôle antidopage.

Le produit dopant est un produit répondant à au moins 2 critères parmi les 3 suivants (définition de l’agence mondiale antidopage) :
– dangereux pour la santé du sportif du fait d’effets indésirables majeurs ;
– contraire à l’éthique sportive (exemple : cannabis ; cocaïne…) ;
– ergogénique (mais ce critère ne tient pas la route – voir plus haut).

Ce texte s’appuie sur deux articles récents :
Cyclists’ favorite drug falls flat in trial (Science 15 juillet 2016)
Overhaul of global anti-doping system needed (The Lancet 28 mai 2016)

Le 9 aout 2016, le nageur nord-américain qui truste les médailles depuis 4 olympiades a déclaré : « c’est triste que de nos jours il y ait des gens contrôlés positifs, même deux fois pour certains, qui ont quand même l’occasion de nager aux Jeux Olympiques ».

Dans le collimateur de Phelps : la nageuse Yuliya Efimova, contrôlée positive à la DHEA en octobre 2013 et au meldonium en mars 2016. La fédération internationale de natation a abandonné les charges de dopage au meldonium*, ce qui a permis à Efimova de participer aux Jeux. Fin de l’histoire.

Phelps, énervé (« c’est contraire à ce que le sport est censé être et ça m’énerve »), a-t-il le droit de l’être, lui qui arbore depuis le début des jeux les stigmates d’un traitement par ventouses dont la finalité n’est pas esthétique mais « récupératrice » (disent les spécialistes de la ventousothérapie). Certes, la méthode n’est pas interdite par l’Agence anti dopage, bien qu’elle fasse partie de ce que l’AMA appelle les manipulations physiques.

Qui triche ? Ni l’un, ni l’autre. Tous les deux prennent pour argent comptant la première molécule « oxygénatrice » venue (Efimova) et la première méthode « régénératrice » qui traîne (Phelps). Ce sont des benêts qui ont besoin de se persuader qu’ils ont fait ce qu’il fallait pour que « ça aille bien ». Pas de quoi en faire un fromage.

*Les charges ont été abandonnées car on ne sait pas si les doses de meldonium retrouvées dans les urines de Efimova en mars 2016 provenaient d’une prise en 2016 (année de l’interdiction) ou en 2015.

Parmi les 30 équations de recherche « commentées » de l’anti-manuel de PubMed, j’en ai choisi trois. Elles ne sont pas plus exemplaires que les autres mais elles montrent l’éventail des situations prises en compte : de la plus simple à la plus compliquée.

L’équation simple croise deux affiliations descripteur/qualificatif. Elle est exemplaire par la relation entre les 2 affiliations, impliquant le choix des qualificatifs.

L’équation complexe est composée de 3 affiliations et de 2 filtres. Elle est exemplaire par son nombre élevé de membres et par l’emploi de champs pour indiquer la nature des filtres.

L’équation de veille est exemplaire par sa gestion des parenthèses.

Les thèmes des requêtes n’ont pas été pris au hasard. Je me suis inspiré de ceux des articles sélectionnés par Evidence Updates au cours des 2 dernières années.

Les équations de recherche font l’originalité de l’anti-manuel de PubMed. Jamais un tel éventail d’équations n’a été mis en ligne ou publié. Ces 30 exemples d’équations de recherche sont une incitation à télécharger l’anti-manuel de PubMed pour s’initier, se perfectionner et, finalement, maitriser l’exploration de la banque de données.

Equation simple

Les corticoïdes dans les états infectieux sévères

Sepsis/DT AND Adrenal Cortex Hormones/TU

Quand vous formulez une équation de recherche contenant 2 affiliations, le choix des qualificatifs dépend de la relation que vous souhaitez établir entre ces 2 affiliations.

Dans le cas d’une affiliation « maladie » et d’une affiliation « classe thérapeutique » (ou « médicament »), la relation la plus fréquente est une relation thérapeutique. Le qualificatif de la maladie est drug therapy ou DT et celui de la classe thérapeutique (ou du médicament) est therapeutic use ou TU.

Cette relation DT-TU est la plus fréquente entre une maladie et un médicament, mais ce n’est pas la seule.

Le thème général (les corticoïdes dans les états infectieux) est emprunté à un article sélectionné par Evidence Updates : Annane D, Bellissant E, Bollaert PE, Briegel J, Keh D, Kupfer Y. Corticosteroids for treating sepsis. Cochrane Database Syst Rev. 2015 Dec3;12:CD002243.

Equation complexe

Les revues générales publiées depuis 2010 sur la thrombectomie endovasculaire dans les AVC ischémiques

Thrombectomy/MT AND Endovascular Procedures/MT AND Stroke/TH AND 2010:2016 [dp] AND review [pt]

La complexité de l’équation de recherche est liée au nombre de ses membres : trois affiliations descripteur/qualificatif et 2 filtres (date et type de publication).

La thrombectomie endovasculaire se traduit en langage MeSH par 2 descripteurs auxquels sont affiliés le même qualificatif : methods (MT).

Le caractère ischémique des AVC n’est pas pris en compte dans le choix du descripteur. Il est sous-entendu dans le contexte de la requête.

Les filtres date et type de publication sont sans particularités.

Le thème général (la thrombectomie endovasculaire dans les AVC) est emprunté à un article sélectionné par Evidence Updates :
Badhiwala JH, Nassiri F, Alhazzani W, Selim MH, Farrokhyar F, Spears J, Kulkarni AV, Singh S, Alqahtani A, Rochwerg B, Alshahrani M, Murty NK, Alhazzani A, Yarascavitch B, Reddy K, Zaidat OO, Almenawer SA. Endovascular Thrombectomyfor Acute Ischemic Stroke: A Meta-analysis. JAMA. 2015 Nov 3;314(17):1832-43.

Equation de veille

Le traitement de l’hypertension résistante

Hypertension/TH AND Drug Resistance [mh] OR ((hypertension [tiab] OR high blood pressure [tiab]) AND (therapy [tiab]OR treatment [tiab]) AND drug resistance [tiab] NOT MEDLINE [sb])

L’équation de recherche la plus cohérente aurait dû se formuler : Hypertension/DT AND Drug Resistance [mh] C’est en effet de la résistance médicamenteuse dont il est question dans le thème de la requête.

La présence de drug therapy dans un titre ou un résumé est peu plausible alors que celle de therapy ou de treatment l’est beaucoup plus.

Leçon : formuler une équation de veille nécessite de prendre du recul par rapport à la formulation-type et d’évaluer les chances de retrouver certains termes dans les titres et les résumés.

Le thème général (l’hypertension résistante) est emprunté à un article sélectionné par Evidence Updates :
Williams B, MacDonald TM, Morant S, and alBritish Hypertension Society’s PATHWAY Studies Group. Spironolactone versus placebo, bisoprolol, and doxazosin to determine the optimal treatment for drug-resistant hypertension (PATHWAY-2): a randomised, double-blind, crossover trial. Lancet. 2015 Nov 21;386(10008):2059-68

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Paris 75002 BNF Site Richelieu par Osbornb licence CC BY2.0

Sur chaque référence indexée est accrochée une étiquette
Sur cette étiquette sont listés les termes caractérisant le contenu de l’article. Cette étiquette, c’est l’index.

Les termes de l’index appartiennent à un thesaurus, un vocabulaire dans lequel les termes (ou descripteurs) ont, entre eux, des relations hiérarchiques. C’est le langage de PubMed.

Un descripteur peut se combiner à un autre terme. Cette combinaison, appelée affiliation descripteur/qualificatif, est au cœur de l’index de chaque article. C’est la grammaire de PubMed (tout au moins l’essentiel de la grammaire).

La logique voudrait que celui qui interroge PubMed le fasse avec les termes de l’index
Cela parait d’une telle évidence qu’on s’étonne qu’une équation de recherche contenant au moins une affiliation descripteur/qualificatif ne soit pas la règle.

Il faut dire que la National Library of Medicine ne donne pas l’exemple. Ses deux automates, celui qui interroge (Automatic Term Mapping) et celui qui indexe (MeSH on demand), ne savent pas « mouliner » en affiliation les termes qu’on leur soumet.

L’anti-manuel de PubMed redresse la barre…
… en accordant une large place au langage et à la grammaire de PubMed et en faisant la part belle aux affiliations descripteur/qualificatif dans ses trente modèles d’équation.

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Together par Andrew Blight (licence CC BY 2.0)

L’anti-manuel, le retour
Il y a un an, l’anti-manuel de PubMed était au programme du blog sous la forme de 4 billets d’anthologie.
Aujourd’hui, j’en rajoute une couche. C’est une couche plus épaisse (88 pages), en ligne sur Amazon et téléchargeable en échange d’une place de cinéma, d’un paquet de gauloises ou d’un café au Fouquet’s (7€).

Anti-
L’anti-manuel de PubMed s’oppose aux formations (en ligne ou en live) dans lesquelles l’apprenant est considéré comme un débile profond.

Les modes d’emploi
Ceux de PubMed considèrent la banque de données comme une machine à laver avec des services en guise de programmes et des items à la place des manettes et des boutons-poussoir. Erreur de casting car les services et les items ne servent à rien. PubMed, c’est une fenêtre à remplir !

Les PubMed pour les nuls
Les poteaux indicateurs (copies d’écran) des PubMed pour les nuls témoignent de la pauvreté pédagogique de ces images et du peu de considération accordée à l’apprenant .

Les tutoriels vidéos
Le pointeur de la souris se contente de proposer la visite de l’interface mais la vidéo se garde bien d’aborder les « sujets qui fâchent » (ceux qui traitent du langage et de la grammaire de PubMed).

Les collations prétexte
Dans ces « collations », le temps de cerveau disponible est plus occupé par le remplissage de l’estomac que par l’absorption de concepts originaux. Ces formations-prétexte sont trop courtes : une formation à PubMed ne se fait pas entre la poire et le fromage.

Crédit photo (la fenêtre de la page de couverture)
Paris 75002 BNF Site Richelieu par Osbornb licence CC BY2.0
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L’anti-manuel de PubMed