Parmi les 30 équations de recherche « commentées » de l’anti-manuel de PubMed, j’en ai choisi trois. Elles ne sont pas plus exemplaires que les autres mais elles montrent l’éventail des situations prises en compte : de la plus simple à la plus compliquée.

L’équation simple croise deux affiliations descripteur/qualificatif. Elle est exemplaire par la relation entre les 2 affiliations, impliquant le choix des qualificatifs.

L’équation complexe est composée de 3 affiliations et de 2 filtres. Elle est exemplaire par son nombre élevé de membres et par l’emploi de champs pour indiquer la nature des filtres.

L’équation de veille est exemplaire par sa gestion des parenthèses.

Les thèmes des requêtes n’ont pas été pris au hasard. Je me suis inspiré de ceux des articles sélectionnés par Evidence Updates au cours des 2 dernières années.

Les équations de recherche font l’originalité de l’anti-manuel de PubMed. Jamais un tel éventail d’équations n’a été mis en ligne ou publié. Ces 30 exemples d’équations de recherche sont une incitation à télécharger l’anti-manuel de PubMed pour s’initier, se perfectionner et, finalement, maitriser l’exploration de la banque de données.

Equation simple

Les corticoïdes dans les états infectieux sévères

Sepsis/DT AND Adrenal Cortex Hormones/TU

Quand vous formulez une équation de recherche contenant 2 affiliations, le choix des qualificatifs dépend de la relation que vous souhaitez établir entre ces 2 affiliations.

Dans le cas d’une affiliation « maladie » et d’une affiliation « classe thérapeutique » (ou « médicament »), la relation la plus fréquente est une relation thérapeutique. Le qualificatif de la maladie est drug therapy ou DT et celui de la classe thérapeutique (ou du médicament) est therapeutic use ou TU.

Cette relation DT-TU est la plus fréquente entre une maladie et un médicament, mais ce n’est pas la seule.

Le thème général (les corticoïdes dans les états infectieux) est emprunté à un article sélectionné par Evidence Updates : Annane D, Bellissant E, Bollaert PE, Briegel J, Keh D, Kupfer Y. Corticosteroids for treating sepsis. Cochrane Database Syst Rev. 2015 Dec3;12:CD002243.

Equation complexe

Les revues générales publiées depuis 2010 sur la thrombectomie endovasculaire dans les AVC ischémiques

Thrombectomy/MT AND Endovascular Procedures/MT AND Stroke/TH AND 2010:2016 [dp] AND review [pt]

La complexité de l’équation de recherche est liée au nombre de ses membres : trois affiliations descripteur/qualificatif et 2 filtres (date et type de publication).

La thrombectomie endovasculaire se traduit en langage MeSH par 2 descripteurs auxquels sont affiliés le même qualificatif : methods (MT).

Le caractère ischémique des AVC n’est pas pris en compte dans le choix du descripteur. Il est sous-entendu dans le contexte de la requête.

Les filtres date et type de publication sont sans particularités.

Le thème général (la thrombectomie endovasculaire dans les AVC) est emprunté à un article sélectionné par Evidence Updates :
Badhiwala JH, Nassiri F, Alhazzani W, Selim MH, Farrokhyar F, Spears J, Kulkarni AV, Singh S, Alqahtani A, Rochwerg B, Alshahrani M, Murty NK, Alhazzani A, Yarascavitch B, Reddy K, Zaidat OO, Almenawer SA. Endovascular Thrombectomyfor Acute Ischemic Stroke: A Meta-analysis. JAMA. 2015 Nov 3;314(17):1832-43.

Equation de veille

Le traitement de l’hypertension résistante

Hypertension/TH AND Drug Resistance [mh] OR ((hypertension [tiab] OR high blood pressure [tiab]) AND (therapy [tiab]OR treatment [tiab]) AND drug resistance [tiab] NOT MEDLINE [sb])

L’équation de recherche la plus cohérente aurait dû se formuler : Hypertension/DT AND Drug Resistance [mh] C’est en effet de la résistance médicamenteuse dont il est question dans le thème de la requête.

La présence de drug therapy dans un titre ou un résumé est peu plausible alors que celle de therapy ou de treatment l’est beaucoup plus.

Leçon : formuler une équation de veille nécessite de prendre du recul par rapport à la formulation-type et d’évaluer les chances de retrouver certains termes dans les titres et les résumés.

Le thème général (l’hypertension résistante) est emprunté à un article sélectionné par Evidence Updates :
Williams B, MacDonald TM, Morant S, and alBritish Hypertension Society’s PATHWAY Studies Group. Spironolactone versus placebo, bisoprolol, and doxazosin to determine the optimal treatment for drug-resistant hypertension (PATHWAY-2): a randomised, double-blind, crossover trial. Lancet. 2015 Nov 21;386(10008):2059-68

Crédit photo
Paris 75002 BNF Site Richelieu par Osbornb licence CC BY2.0

Sur chaque référence indexée est accrochée une étiquette
Sur cette étiquette sont listés les termes caractérisant le contenu de l’article. Cette étiquette, c’est l’index.

Les termes de l’index appartiennent à un thesaurus, un vocabulaire dans lequel les termes (ou descripteurs) ont, entre eux, des relations hiérarchiques. C’est le langage de PubMed.

Un descripteur peut se combiner à un autre terme. Cette combinaison, appelée affiliation descripteur/qualificatif, est au cœur de l’index de chaque article. C’est la grammaire de PubMed (tout au moins l’essentiel de la grammaire).

La logique voudrait que celui qui interroge PubMed le fasse avec les termes de l’index
Cela parait d’une telle évidence qu’on s’étonne qu’une équation de recherche contenant au moins une affiliation descripteur/qualificatif ne soit pas la règle.

Il faut dire que la National Library of Medicine ne donne pas l’exemple. Ses deux automates, celui qui interroge (Automatic Term Mapping) et celui qui indexe (MeSH on demand), ne savent pas « mouliner » en affiliation les termes qu’on leur soumet.

L’anti-manuel de PubMed redresse la barre…
… en accordant une large place au langage et à la grammaire de PubMed et en faisant la part belle aux affiliations descripteur/qualificatif dans ses trente modèles d’équation.

Crédit photo :
Together par Andrew Blight (licence CC BY 2.0)

L’anti-manuel, le retour
Il y a un an, l’anti-manuel de PubMed était au programme du blog sous la forme de 4 billets d’anthologie.
Aujourd’hui, j’en rajoute une couche. C’est une couche plus épaisse (88 pages), en ligne sur Amazon et téléchargeable en échange d’une place de cinéma, d’un paquet de gauloises ou d’un café au Fouquet’s (7€).

Anti-
L’anti-manuel de PubMed s’oppose aux formations (en ligne ou en live) dans lesquelles l’apprenant est considéré comme un débile profond.

Les modes d’emploi
Ceux de PubMed considèrent la banque de données comme une machine à laver avec des services en guise de programmes et des items à la place des manettes et des boutons-poussoir. Erreur de casting car les services et les items ne servent à rien. PubMed, c’est une fenêtre à remplir !

Les PubMed pour les nuls
Les poteaux indicateurs (copies d’écran) des PubMed pour les nuls témoignent de la pauvreté pédagogique de ces images et du peu de considération accordée à l’apprenant .

Les tutoriels vidéos
Le pointeur de la souris se contente de proposer la visite de l’interface mais la vidéo se garde bien d’aborder les « sujets qui fâchent » (ceux qui traitent du langage et de la grammaire de PubMed).

Les collations prétexte
Dans ces « collations », le temps de cerveau disponible est plus occupé par le remplissage de l’estomac que par l’absorption de concepts originaux. Ces formations-prétexte sont trop courtes : une formation à PubMed ne se fait pas entre la poire et le fromage.

Crédit photo (la fenêtre de la page de couverture)
Paris 75002 BNF Site Richelieu par Osbornb licence CC BY2.0
https://www.flickr.com/photos/osbornb/10907675646

L’anti-manuel de PubMed

Vous vous retrouvez au petit matin devant les résultats PubMed de votre recherche « sodomie et mycose vaginale » (Jaddo  Petit traité imaginaire de médecine réelle 2 juin 2015)

Merci à Jaddo d’avoir fait allusion à PubMed en ces termes dans son dernier billet. Cela me donne l’occasion de revenir sur l’aberration qui consiste à entrer 2 ou 3 mots dans la fenêtre d’interrogation de PubMed à des fins diagnostiques ou thérapeutiques.

Dans un précédent billet, j’avais fustigé cette démarche. Aujourd’hui, je ne peux que confirmer que PubMed n’est ni le Sémiologiste, ni l’Assistant Médical (Jean Thouluc), mais une banque de données dont la vocation est d’établir des listes références.

Une publication récente (Et si on faisait une recherche PubMed) est convaincue du contraire. L’article, disponible (texte + vidéo) dans l’archive ouverte HAL, contient son pesant d’incongruités.

L’ennemie, c’est la moulinette
Il est incongru qu’une banque de données indexée en langage MeSH et disposant d’une grammaire originale (affiliation ; champ) soit interrogée « à la Google », c’est-à-dire avec les termes du langage courant et une grammaire élémentaire. Telle qu’elle est formulée dans l’article, cette recherche « à la Google », appelle deux remarques. D’une part, l’opérateur booléen AND est en majuscule dans la vidéo (c’est correct) et en minuscule dans le texte (là, c’est n’importe quoi). D’autre part, le mot composé sore throat n’est pas mis entre guillemets comme c’est la règle pour les expressions et mots composés dans Google.
ça sent l’amateurisme à plein nez. En réalité, les conséquences sont négligeables car, dans PubMed, toute équation « à la Google » subit l’assaut de l’Automatic Term mapping qui la mouline dans tous les sens avant de recracher un résultat dont l’adéquation est loin d’être la qualité première.

PubMed et Google : même combat
La deuxième incongruité est de demander à PubMed de faire ce à quoi il n’est pas destiné : donner une indication diagnostique ou thérapeutique. Il y a dix ans, on l’avait aussi demandé à Google et le New England Journal of Medicine s’en était fait l’écho. Mais Google n’en est pas devenu pour autant autre chose qu’un outil de recherche sans égal pour trouver l’adresse du pizzaiolo du quartier ou la date de naissance de Clint Eastwood. Mais… pas plus.

Anecdotiques
Les résultats obtenus aussi bien par PubMed que par Google dans la recherche d’un diagnostic ou d’un traitement sont des curiosités. Sans plus. Ils sont réels, mais aussi anecdotiques que les exploits thérapeutiques revendiqués par les naturopathes, phytothérapeutes et autres magnétiseurs. Rien ne justifie que ce type de démarche devienne la règle. Loin de là.
A mon avis : à oublier… comme les thaumaturges.

Note pour les curieux
L’équation de recherche : (Candidiasis, Vulvovaginal [mh] OR vaginitis [mh]) AND (sodomy [ti] OR buggery [ti]) ne donne aucun résultat dans PubMed C’est à mon avis la seule façon d’interroger PubMed avec la requête de Jaddo.

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