La veille documentaire en médecine (3)

La diffusion sélective de l’information

La diffusion sélective de l’information facilite l’accès aux articles scientifiques les plus récents sur un thème précis.

Trois exemples

PubMed/MEDLINE
Dans l’interface d’interrogation de la banque de données MEDLINE, la veille se fait soit en sollicitant le service My NCBI, soit en accrochant des flux RSS aux équations de recherche.

En réalité, pour la veille bibliographique, My NCBI est largement dépassé par les flux RSS. Il est 10 fois plus facile de gérer 10 flux accrochés à des équations de recherche que de recevoir dans sa BAL les références en rapport avec 10 équations ou d’aller cliquer sur « What’s new » après avoir coché 10 équations de l’espace « saved searches ». Exit My NCBI

Le premier temps consiste à formuler une équation.
Vous avez le choix entre 3 méthodes.

Première méthode : « à la Google » (des mots clés du langage médical courant séparés les uns des autres par un espace).
Avantage : vous « collez » assez bien aux objectifs de la veille.
Inconvénient : vous faites beaucoup de « bruit » (un grand nombre de références sont « hors sujet »).

Deuxième méthode : « classique » (requête en langage MeSH, descripteurs et qualificatifs).
Avantage : grande précision c’est-à-dire le moins de bruit possible.
Inconvénient : vous laissez de côté les articles non indexés (=une partie des plus récents).

Troisième méthode : une combinaison des 2 précédentes.
Vous êtes précis sur la partie indexée et vous explorez correctement la partie non indexée. C’est la veille optimisée. J’appelle ça le « marquage à la culotte ».
Le principe est d’associer une équation classique (qui interroge la partie indexée) et une équation avec des mots du langage médical courant recherchés dans les titres et les résumés, uniquement dans la partie non indexée.

Le 2è temps est celui de l’abonnement au flux.
Clic de souris sur :
- le logo RSS dans la page de résultat ;
- l’intitulé « create RSS feed » dans le cadre qui s’affiche ;
- le logo XML.
Ensuite, la procédure dépend de votre navigateur (Internet Explorer, Firefox ou Safari).

Amedeo
Amedeo est un outil de veille dont la particularité est de ne « veiller » que sur un nombre limité de maladies et de périodiques.
Mais son « utilisabilité » est suffisamment grande pour séduire une clientèle qui ne souhaite pas « se prendre la tête » pour sa veille.

Vous choisissez la maladie qui fera l’objet de votre veille.

Puis vous choisissez les périodiques dans lesquels sera faite la veille.
Des périodiques sont présélectionnés dans la liste qui accompagne chaque maladie. Vous pouvez ne pas en tenir compte et faire votre propre sélection.

Vous remplissez ensuite le formulaire qui vous permettra de recevoir chaque semaine dans votre BAL les références des articles des périodiques que vous avez sélectionnés sur le thème choisi (on est dans du push).

NOTE
Vous pouvez vous contenter de faire du pull sans remplir le questionnaire puisque pour chaque maladie sont affichées les références des articles des 10 dernières semaines (correspondant aux périodiques présélectionnés).

Evidence Updates
Evidence Updates est le bébé du groupe de presse du BMJ et de l’Université McMaster. C’est un service d’alertes composées d’articles scientifiques que vous programmez en fonction de 4 critères :
- le créneau d’âge de la population étudiée ;
- la discipline (spécialité) médicale ;
- le caractère « nouveau » du contenu de l’article ;
- l’adéquation de l’article avec la discipline sélectionnée.

Les articles sont sélectionnés parmi 120 périodiques médicaux.
Des praticiens sont ensuite chargés de noter chaque article (échelle de 4 à 7) en tant qu’article nouveau et en tant qu’article adéquat.

Les références des articles répondant aux 4 critères sont envoyés chaque semaine dans la BAL du destinataire. Les cliniciens qui souhaitent « protéger » leur BAL (et on les comprend) peuvent choisir d’accrocher un flux RSS à leur « alerte ».

Je n’ai pas parlé…mais j’aurai pu le faire :
- des TOCs (les sommaires des périodiques auxquels il est très facile d’accrocher un flux RSS) ;
- du concentrateur HighWire Press qui propose une série d’outils pour faire de la veille ;
- des média sociaux et de 3 en particulier.

  • Twitter, sous réserve d’un choix judicieux des « followings ».
  • Delicious, très performant pour tout ce qui n’est pas strictement médical.
  • CiteULike (social bookmarking des références), efficace mais non adopté par les médecins français..
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La veille documentaire en médecine (2)

Les sites qui font de la veille à votre place

Trois exemples

Premier exemple
La bibliothèque médicale AF Lemanissier
La bibliothèque du CH du Mans fait de la veille dans le domaine des recommandations.
Dans le cadre de gauche de la page d’accueil, un clic de souris sur :
- l’intitulé « nouveautés » affiche les plus récentes recommandations pour la pratique ;
- l’intitulé « consensus » affiche les recommandations classées par spécialités.

Grâce à la bibliothèque Lemanissier, on prend conscience que la Haute Autorité de santé n’est pas la seule à diffuser des recommandations. Loin de là. Un grand nombre d’institutions et de sociétés savantes le font aussi.

Deuxième exemple
CISMeF actualités
L’espace « actualités » de CISMeF (le « catalogue du CHU de Rouen ») rassemble près de 200 flux RSS. Ces flux sont le plus souvent en rapport avec les pages « actualités » des sites institutionnels, des associations et des sociétés savantes.

Les liens des pages les plus récentes de ces 200 flux s’affichent dans la partie droite de l’espace.

Un outil de recherche permet de n’afficher que les pages en rapport avec un thème.
Vous pouvez accrocher un flux RSS à la page de résultat et vous obtenez la veille de la veille !

Troisième exemple
MedWorm
C’est le même principe que CISMeF actualités. Dans MedWorm sont rassemblés les 7 000 flux RSS des pages d’actualité en santé du Web anglophone.

Vous sélectionnez votre veille à partir de 2 tableaux de bord.
Le premier est celui du type de contenu (actualités, articles de recherche, blogs, podcasts, essais cliniques)

Le second est celui du thème.
Un clic de souris sur :
- Medical Conditions affiche la liste des maladies ;
- Therapies affiche la liste des modalités thérapeutiques ;
- Cancers affiche la liste des localisations des cancers etc…

 Exemple de veille
Si vous souhaitez faite une veille sur les articles scientifiques de l’attaque de panique, vous cochez « research » dans le tableau de bord du haut et cliquez sur Medical Conditions puis sur Panic Disorder dans la liste des maladies.

NOTE
Je n’ai pas parlé…mais j’aurai pu le faire de :
- Google alerts, parfois précieux lorsque la veille sort un peu du cadre de la médecine ;
- Annuaire-secu, les « actus » de Gérard Bieth ;
- « les Infos de la semaine » de Hugues Raybaud (à la fois revue de presse, actualités du Web médical et bulletin paroissial de l’Ile de la Réunion).

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La veille documentaire en médecine (1)

Vous pouvez faire de la veille documentaire  :
- en allant chercher « l’actu » sur le web et en la tirant de son emplacement ; ça s’appelle le pull ;
- en programmant l’envoi régulier dans votre boîte aux lettres des « nouveautés » mises en ligne sur le Web ; ça s’appelle le push ;
- en faisant un lien particulier avec les pages évolutives du Web ; c’est la syndication vraiment simple (RSS).

Avec 2 exemples, c’est plus facile à comprendre.

Premier exemple
Dans la page  d’accueil d’annuaire-secu sont proposées les 3 façons de veiller sur les actualités hebdomadaires du site.
Le lien avec le contenu du « Panorama de la semaine » (Pull)
L’abonnement à la newsletter pour recevoir chaque semaine le « Panorama de la semaine » (Push)
La syndication (flux RSS)

Deuxième exemple
Dans l’interface d’interrogation PubMed, dès qu’une équation de recherche est formulée un logo RSS et une sauvegarde de l’équation (save search) sont affichés dans la page de résultat.
Le logo RSS
Un clic de souris sur le logo affiche le cadre de création du flux. Un clic de souris sur « create RSS » affiche un logo XML  qu’il suffit d’activer (clic de souris) pour déclencher la procédure « d’abonnement » au flux (variable selon le navigateur : Internet Explorer, Firefox ou Safari).

La sauvegarde « save search »
La sauvegarde ne peut aboutir que si vous êtes inscrit au service My NCBI (inscription gratuite et banale).  Après avoir cliqué sur « save search » dans l’interface puis sur « save » dans MyNCBI, il vous est proposé :
- soit de conserver votre équation « bien au chaud » dans My NCBI (dans votre liste personnelle de « saved searches » ; chaque fois que vous irez la consulter vous pourrez savoir si de nouvelles références ont été mises en ligne dans PubMed en rapport avec cette équation ; c’est du « pull » ;
- soit de profiter de l’aubaine pour vous faire envoyer dans votre boîte aux lettres électronique les références mises en ligne au cours de la semaine ou du mois ; c’est du « push ».

Synthèse

  • Aller à la pêche aux actualités (pull) prend du temps… mais favorise la sérendipité.
  • S’abonner à une newsletter ou à un service d’envoi par messagerie est un procédé plutôt vieillot (Web 1.0) que vous n’utilisez que s’il est le seul disponible.
  •  Privilégier les flux RSS (Web 2.0) pour faire de la veille est l’attitude la plus logique.

NOTE
Aujourd’hui, vous pouvez aussi faire de la veille documentaire en vous appuyant sur les media sociaux : Twitter (microblogging) ; Delicious (social bookmarking des favoris) ; CiteULike (social bookmarking des références).
Développement dans un prochain post.

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La veille documentaire en médecine (préambule)

Dans quelques jours, je vais animer une formation à la veille documentaire pour les praticiens des Hospices civils de Lyon. C’est un rendez-vous annuel auquel je participe depuis une dizaine d’années.

D’habitude, à la fin de la formation, je donne aux médecins un document papier ou bien je mets un diaporama sur Slideshare.
Cette année, je vais leur rédiger 3 posts. Avantage pour eux : ils ne risquent pas de les perdre (comme les 3 feuillets habituels). Avantage pour les médecins qui fréquentent la blogosphère : ils pourront se documenter sur la veille, moins bien qu’en présentiel, mais ce sera toujours mieux que rien (enfin je l’espère…).

A suivre les 3 posts (probablement dans les 2 prochains jours).

NOTE
La veille documentaire qui fait l’objet de la formation concerne principalement les cliniciens.
Elle n’a pas de finalité concurrentielle, commerciale, marketing, juridique ou technologique. Elle est médicale, orientée sur les préoccupations spécifiques des cliniciens.
C’’st la raison pour laquelle, elle n’a pas grand-chose à voir avec tout ce qui se raconte sur le Web comme ici ou là.

Photo Flickr : Veille St Girons 6 par Le XaV Licence CC By

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Publication médicale 2.0

Surplus journals_4 par D’Arcy Norman CC BY-NC 2.0 http://www.flickr.com/photos/dnorman/2197475033/

Début juillet, j’ai mis de côté un post d’Olivier Ertzscheid (affordance.info) en me promettant d’y revenir pour appliquer son contenu aux publications médicales.

Dans son domaine (les sciences humaines et sociales), Olivier Ertzscheid considère qu’il existe trois espaces de publication : l’édition papier, les archives ouvertes et les blogs.

Pour un médecin, publier dans la presse médicale internationale (édition papier) n’a qu’un seul objectif : participer à l’évolution (positive) de sa carrière hospitalière et/ou universitaire. Plus accessoirement, il peut intéresser les praticiens qui travaillent ou publient sur les mêmes thèmes que lui et, dans certains cas, alimenter le « 20 heures » et les rubriques santé des quotidiens nationaux.

En médecine, les archives ouvertes sont un espace que les cliniciens ne fréquentent pas.  Pour une bonne raison : il est pratiquement vide de publications le concernant. Il est remplacé par les périodiques en « open access », que cette « ouverture » soit immédiate (PLoS, CMAJ, BMJ, périodique de PMC et de BMC) ou retardée (NEJM, JAMA, Annals of Internal Medicine…).

Quant aux blogs médicaux, l’analyse des différentes listes (delicious, médecine et Web 2.0, club des médecins blogueurs, top 100 des blogs santé de wikio) montre que les médecins qui,  à la fois, publient et bloguent se comptent sur les doigts d’une main.

Olivier Ertzscheid estime que la publication sur un blog favorise la notoriété et que celle sur une archive ouverte entretient la pérennité.

Conclusion : si vous voulez établir votre réputation et qu’on ne vous oublie pas de si tôt, vous devez jouer sur les 2 tableaux :
- publier dans un périodique en « open access » ;
- placer votre article dans votre blog  (en adaptant sa forme au style « blog »).

Qu’en pense Hervé Maisonneuve ?

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Malentendu sur les « PowerPoint »

Récemment, dans un post, j’ai fait l’apologie de la présentation de Dave de Bronkart au TED de Maastricht. Quelques jours plus tard, j’ai rédigé un tweet sur l’utilisation privilégiée des « fonds noirs » dans les présentations.

Cela m’a valu quelques remarques, au demeurant fort sympathiques, à propos du « prêche » de Dave de Bronkart et des problèmes posés par l’impression des « fonds noirs ».

Tout cela parce que la distinction entre présentation « à voir » et présentation « à lire » n’est pas encore intégrée dans les esprits.

Les présentations « à voir » sont les classiques diaporamas en live qui, depuis l’avènement de l’informatique, ont remplacé les transparents et la projection des diapositives. En médecine, leur principale caractéristique est la médiocrité de leur forme et l’opacité de leur contenu. Sous prétexte de rigueur scientifique ou d’exhaustivité, chaque diapositive est surchargée de texte et sans originalité faute de savoir-faire.

Les présentations « à lire » sont une déviance de celles « à voir ». Elles sont une solution de facilité ou correspondent à une nécessité de communication.

Solution de facilité : les diaporamas à la fois support de présentation en « live » et support de cours. L’enseignant se contente de lire le contenu des diapos ; l’apprenant télécharge ou récupère le diaporama imprimé à la fin du cours. On est proche du degré zéro de la pédagogie : diaporama rempli de données inutiles en « live » et insuffisamment rédigé pour servir de cours. La majorité des  »PowerPoint » médicaux qui trainent sur Google sont de ce type !

Nécessité de communication : les diaporamas sous forme de « fiche pratique rédigée » mis en ligne sur le Web. Meilleur exemple : les diaporamas de Dean Giustini (à lire).
A mon avis, et contrairement à ce que je fais d’habitude, ce sont les seuls qui méritent d’être confiés à Slideshare (si possible sous licence CC BY). Exception : les Slidecasts ou les diaporamas abondamment commentés.

Cette distinction « à voir-à lire » explique que :
- je me sois enthousiasmé pour la présentation de Dave de Bronkart qui, même si son discours est un peu excessif, est exemplaire de ce qu’il faut faire en « live » ;
- j’ai trouvé un intérêt aux « fonds noirs » car ils agrémentent un diaporama à voir (…et donc à ne pas imprimer).

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Diagramme de Pareto des maladies du tube digestif

Résumé du chapitre précédent
Dans le thesaurus MeSH (catégorie « maladies »), 20% des descripteurs représentent 80% des indexations. Ce type de distribution (20/80) est connu sous le nom de distribution de Pareto.
Le diagramme de Pareto est l’illustration graphique de cette distribution.  Un exemple est donné ci dessous. Il concerne les descripteurs de la branche « Digestive System Diseases » du thesaurus.

En bleu : l’histogramme des fréquences d’indexation des descripteurs de la branche « Digestive System Diseases ».  Ces fréquences sont  très rapidement décroissantes.

En rouge : la courbe du pourcentage cumulé des descripteurs. J’ai tracé deux lignes verticales, l’une correspondant au pourcentage cumulé de 80%, l’autre au pourcentage cumulé de 95%.

Cela permet de délimiter 3 zones (analyse ABC) :
- la zone A  correspond aux descripteurs situés à gauche de la ligne verticale « 80% ». Ce sont les descripteurs qui représentent 80% des indexations correspondant, dans le cas des maladies de l’appareil digestif, à  23% des descripteurs (69/288) ;
- la zone B est la zone comprise entre les 2 lignes verticales ;
- la zone C est celle située à droite de la ligne verticale « 95% » ; cette ligne coupe l’axe des abcisses dans sa partie moyenne ; 95% des indexations correspondent, dans le cas des maladies digestives, à 53% des descripteurs (155/288).

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EBM 2.0

Gold top 10 winner par sam_churchill CC BY

Evidence Updates envoie chaque mois à ses « abonnés » la liste des 10 articles de sa sélection qui ont bénéficié du plus grand nombre de clics (d’affichage) de la part des internautes.

Evidence Updates, résultat du partenariat entre le groupe BMJ et l’université McMaster, sélectionne les articles de la presse médicale qui répondent à ses critères d’adéquation « EBM » et de nouveauté.

Le top 10 mensuel déterminé par les internautes est dans l’esprit du « page rank » de Google, des « indications relatives aux achats » d’Amazon, du nombre de « people » de delicious et des « views » de Slideshare, autant dire dans l’esprit du Web 2.0.

Seul bémol : il faut être inscrit à Evidence Updates pour recevoir la liste dans sa boîte aux lettres. L’inscription est gratuite, mais ce type de contrainte n’est pas très « 2.0″.
Consolation pour les non inscrits : Evidence Updates affiche les 3 premiers de sa liste dans sa page d’accueil.

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Indexation MeSH : une distribution 80/20

Attention : cette affirmation n’est vérifiée que pour la catégorie « maladies » (diseases) !

Résumé des épisodes précédents
L’été dernier (2010), j’ai pris ma tenue de bénédictin pour établir la fréquence d’utilisation des descripteurs MeSH de la catégorie « maladies ».
J’ai mesuré cette fréquence sur 5 ans (de 2005 à 2009) avec tous les descripteurs de cette catégorie.
L’équation de recherche était du type : descripteur [mh:noexp] AND 2005:2009 [mhda]
Le descripteur  n’était pas explosé pour être certain que c’était bien lui qui était indexé. Le champ « date d’indexation » avait été préféré au champ « date de publication ».

Résultat des courses
Dans la période 2005-2009, les descripteurs de la catégorie « maladies » ont été indexés 5 850 842 fois.
Pendant cette période : 20% d’entre eux ont été indexés 4 568 413 fois, ce qui représente  78,08% des  indexations ;

Conclusion
La distribution de Pareto (80/20) est retrouvée dans la catégorie « maladies » du thesaurus MeSH.
Dans chacune des 23 branches de la catégorie, la plus grande partie des indexations est faite avec un petit nombre de descripteurs.

En pratique, on en fait quoi ?
On hiérarchise ! ça peut paraître réducteur, mais c’est réaliste.
Vous n’avez plus 7 500 descripteurs « maladies » (1/3 du thésaurus), mais 1 500. Et si vous êtes concerné plus particulièrement par une spécialité, vous n’avez plus 288 descripteurs « maladies digestives » mais 58…et vous pouvez hiérarchiser leur fréquence avec un nuage de tags comme celui-là.

Les 58 maladies digestives (20% des Digestive System Diseases). Nuage de tags créé avec Wordle

En fin de compte
L’objectif est de dédramatiser le langage MeSH en le réduisant à sa dimension « indexation la plus fréquente ».
Il s’agit de vous amener à formuler vos requêtes en langage MeSH. Le MeSH « initiatique » qui vous est proposé, même s’il ne représente que 80% des descripteurs « maladies », est le premier pas à faire pour rencontrer le langage MeSH.
A mon avis, c’est toujours mieux que le langage courant interprété par l’automatic term mapping qui est une super daube (même si la NLM en semble très fière).

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Petits changements itératifs dans PubMed

PubMed a la bougeotte.
Je rappellai récemment que le bulletin technique de la National Library of Medicine (NLM Technical Bulletin) faisait part plusieurs fois par mois des changements intervenus (ou à venir) dans l’interface de recherche de MEDLINE.

Cette fois, depuis le 25 juillet, les changements concernent certains intitulés de la page d’accueil et les différentes fenêtres d’interrogation.

C’est ainsi que les intitulés situés au dessus de la fenêtre d’interrogation passent en dessous et que l’intitulé « clear » disparaît, remplacé par un « x » à l’extrémité droite de la fenêtre.
Les obsessionnels qui tripatouillent sans cesse leur requête pour la faire évoluer sont incontestablement gênés par ce « x » quand leur équation occupe toute la fenêtre. Au cours des 3 derniers jours, j’ai effacé (involontairement) plusieurs équations !

Quant aux fenêtres d’interrogation de PubMed et de MeSH database, elles se redimensionnent en fonction de la taille de l’écran.
La fenêtre de la recherche avancée devient pantagruélique. C’est une bonne idée de surdimensionner les fenêtres d’interrogation, mais qui utilise PubMed Advanced Search ?

Tous ces petits changements itératifs condamnent les modes d’emploi à base de copies d’écran. Le 29 juillet, le tutoriel de PubMed n’est pas encore mis à jour.

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