C’est quoi la veille bibliographique dans PubMed ?

Ce n’est pas savoir paramétrer My NCBI ou accrocher un fil RSS à une équation formulée à la va-vite.

My NCBI est un service apprécié des médecins. Il stocke et range des références (dans des « collections ») et assure une veille des équations de recherche (« saved searches »).

Cependant :
– il fait moins bien que les gestionnaires de référence (EndNote, Zotero ou Wizfolio) qui, en dehors de leur fonction de stockage, intègrent les références dans les textes des publications ;
– il est moins simple d’utilisation que les flux RSS lus  par un navigateur (Explorer, Firefox ou Safari).

C’est savoir formuler une équation de veille dans PubMed

Il ne sert à rien de solliciter My NCBI ou d’accrocher un fil RSS  si l’équation n’est pas une équation de veille. Et les médecins qui savent formuler une équation de veille dans PubMed/MEDLINE ne sont pas légion.

Une équation de veille dans PubMed doit tenir compte :
– de la partie indexée (c’est la majeure partie du contenu de la banque de données et elle s’interroge de façon « classique »  avec des termes MeSH et des affiliations termes MeSH/qualificatif) ;
– de la partie non encore indexée (c’est la majeure partie des références les plus récentes et elle s’interroge différemment en privilégiant les synonymes des termes MeSH et le champ « mots du titre ou du résumé »).
Une équation de veille dans PubMed unit (opérateur OR) les équations de recherche de ces 2 parties.

Exemple : veille sur la prévention des accidents vasculaires cérébraux par le traitement de l’hypertension artérielle.
La partie indexée est explorée par l’équation :
Stroke/prevention and control AND Hypertension/therapy
La partie non encore indexée est explorée par l’équation :
((stroke [tiab] OR cerebral stroke* [tiab] OR brain vascular accident* [tiab] OR cerebrovascular stroke* [tiab] OR cerebrovascular accident* [tiab] OR acute stroke* [tiab] OR acute cerebral accident* [tiab]) AND (prevention [tiab] OR preventive therapy [tiab] OR preventive measures [tiab]) AND (hypertension [tiab] OR high blood pressure [tiab]) AND (therapy [tiab] OR treatment [tiab]) NOT MEDLINE [sb])

L’équation de veille s’écrit :
Stroke/prevention and control AND Hypertension/therapy OR ((stroke [tiab] OR cerebral stroke* [tiab] OR brain vascular accident* [tiab] OR cerebrovascular stroke* [tiab]OR cerebrovascular accident* [tiab] OR acute stroke* [tiab] OR acute cerebral accident* [tiab]) AND (prevention [tiab] OR preventive therapy [tiab] OR preventive measures [tiab]) AND (hypertension [tiab] OR high blood pressure [tiab]) AND (therapy [tiab] OR treatment [tiab]) NOT MEDLINE [sb])

Les difficultés sont de 3 ordres :
– le recensement des synonymes – s’aider de la banque de données du MeSH (les « entry terms » dans MeSH Database)
– la syntaxe de PubMed – le champ « mots du titre ou du résumé » ([tiab]) et la troncature droite (*)
– la mise en place des parenthèses – revoir le cours de mathématiques de 3è

Image : Veille St Girons par Le Xav’ Licence CC BY

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