Trois exemples d’équation dans PubMed

copie pour blogParmi les 30 équations de recherche « commentées » de l’anti-manuel de PubMed, j’en ai choisi trois. Elles ne sont pas plus exemplaires que les autres mais elles montrent l’éventail des situations prises en compte : de la plus simple à la plus compliquée.

L’équation simple croise deux affiliations descripteur/qualificatif. Elle est exemplaire par la relation entre les 2 affiliations, impliquant le choix des qualificatifs.

L’équation complexe est composée de 3 affiliations et de 2 filtres. Elle est exemplaire par son nombre élevé de membres et par l’emploi de champs pour indiquer la nature des filtres.

L’équation de veille est exemplaire par sa gestion des parenthèses.

Les thèmes des requêtes n’ont pas été pris au hasard. Je me suis inspiré de ceux des articles sélectionnés par Evidence Updates au cours des 2 dernières années.

Les équations de recherche font l’originalité de l’anti-manuel de PubMed. Jamais un tel éventail d’équations n’a été mis en ligne ou publié. Ces 30 exemples d’équations de recherche sont une incitation à télécharger l’anti-manuel de PubMed pour s’initier, se perfectionner et, finalement, maitriser l’exploration de la banque de données.

Equation simple

Les corticoïdes dans les états infectieux sévères

Sepsis/DT AND Adrenal Cortex Hormones/TU

Quand vous formulez une équation de recherche contenant 2 affiliations, le choix des qualificatifs dépend de la relation que vous souhaitez établir entre ces 2 affiliations.

Dans le cas d’une affiliation « maladie » et d’une affiliation « classe thérapeutique » (ou « médicament »), la relation la plus fréquente est une relation thérapeutique. Le qualificatif de la maladie est drug therapy ou DT et celui de la classe thérapeutique (ou du médicament) est therapeutic use ou TU.

Cette relation DT-TU est la plus fréquente entre une maladie et un médicament, mais ce n’est pas la seule.

Le thème général (les corticoïdes dans les états infectieux) est emprunté à un article sélectionné par Evidence Updates : Annane D, Bellissant E, Bollaert PE, Briegel J, Keh D, Kupfer Y. Corticosteroids for treating sepsis. Cochrane Database Syst Rev. 2015 Dec3;12:CD002243.

 

Equation complexe

Les revues générales publiées depuis 2010 sur la thrombectomie endovasculaire dans les AVC ischémiques

Thrombectomy/MT AND Endovascular Procedures/MT AND Stroke/TH AND 2010:2016 [dp] AND review [pt]

La complexité de l’équation de recherche est liée au nombre de ses membres : trois affiliations descripteur/qualificatif et 2 filtres (date et type de publication).

La thrombectomie endovasculaire se traduit en langage MeSH par 2 descripteurs auxquels sont affiliés le même qualificatif : methods (MT).

Le caractère ischémique des AVC n’est pas pris en compte dans le choix du descripteur. Il est sous-entendu dans le contexte de la requête.

Les filtres date et type de publication sont sans particularités.

Le thème général (la thrombectomie endovasculaire dans les AVC) est emprunté à un article sélectionné par Evidence Updates :
Badhiwala JH, Nassiri F, Alhazzani W, Selim MH, Farrokhyar F, Spears J, Kulkarni AV, Singh S, Alqahtani A, Rochwerg B, Alshahrani M, Murty NK, Alhazzani A, Yarascavitch B, Reddy K, Zaidat OO, Almenawer SA. Endovascular Thrombectomyfor Acute Ischemic Stroke: A Meta-analysis. JAMA. 2015 Nov 3;314(17):1832-43.

 

Equation de veille

Le traitement de l’hypertension résistante

Hypertension/TH AND Drug Resistance [mh] OR ((hypertension [tiab] OR high blood pressure [tiab]) AND (therapy [tiab]OR treatment [tiab]) AND drug resistance [tiab] NOT MEDLINE [sb])

L’équation de recherche la plus cohérente aurait dû se formuler : Hypertension/DT AND Drug Resistance [mh] C’est en effet de la résistance médicamenteuse dont il est question dans le thème de la requête.

La présence de drug therapy dans un titre ou un résumé est peu plausible alors que celle de therapy ou de treatment l’est beaucoup plus.

Leçon : formuler une équation de veille nécessite de prendre du recul par rapport à la formulation-type et d’évaluer les chances de retrouver certains termes dans les titres et les résumés.

Le thème général (l’hypertension résistante) est emprunté à un article sélectionné par Evidence Updates :
Williams B, MacDonald TM, Morant S, and alBritish Hypertension Society’s PATHWAY Studies Group. Spironolactone versus placebo, bisoprolol, and doxazosin to determine the optimal treatment for drug-resistant hypertension (PATHWAY-2): a randomised, double-blind, crossover trial. Lancet. 2015 Nov 21;386(10008):2059-68

 

Crédit photo
Paris 75002 BNF Site Richelieu par Osbornb licence CC BY2.0

This entry was posted in Uncategorized. Bookmark the permalink. Follow any comments here with the RSS feed for this post. Post a comment or leave a trackback: Trackback URL.

3 Responses to Trois exemples d’équation dans PubMed

  1. Gaétan dit :

    Bonjour,

    L’usage des qualificatifs amène des résultats très pertinents mais a toujours un coût. Par exemple http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25871671 pour l’exemple 2. Comme toujours il faut trouver le bon compromis précision/rappel en fonction de ses besoins (Est-ce que je cherche un bon papier ou est-ce que je fait une revue de littérature…).

    Il y a par ailleurs de plus en plus de raison de ne plus s’appuyer uniquement sur le vocabulaire contrôlé :

    – Le nombres d’articles non indexés récents est énorme http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=all%5Bsb%5D+NOT+medline%5Bsb%5D

    – La NLM automatise de plus en plus l’indexation et on peut s’interroger sur la qualité cf. https://ii.nlm.nih.gov/MTI/MTIFL.shtml

  2. Gaétan dit :

    (Version corrigée de mon premier commentaire)

    Bonjour,

    L’usage des qualificatifs amène des résultats très pertinents mais a toujours un coût. Par exemple la requête avec qualificatifs de l’exemple 2 ne ramène pas http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25871671. Comme toujours il faut trouver le bon compromis précision/rappel en fonction de ses besoins (Est-ce que je cherche un bon papier ou est-ce que je fais une revue de littérature…).

    Il y a par ailleurs de plus en plus de raisons de ne plus s’appuyer uniquement sur le vocabulaire contrôlé :

    – Le nombres d’articles non indexés récents est énorme http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=all%5Bsb%5D+NOT+medline%5Bsb%5D

    – La NLM automatise de plus en plus l’indexation et on peut s’interroger sur la qualité cf. https://ii.nlm.nih.gov/MTI/MTIFL.shtml

  3. philippe eveillard dit :

    Tout à fait d’accord.
    Les 30 équations de l’anti-manuel sont des modèles de « première équation », mais ne sont pas celles qui fournissent les « meilleurs » résultats.
    Dans l’anti-manuel de PubMed, une page a pour titre « la première équation est rarement la bonne » et deux pages sont consacrées à la sensibilité, la précision et la re-formulation.

Leave a Reply

Your email is never published nor shared. Required fields are marked *

*
*

You may use these HTML tags and attributes: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>