PubMed : de la requête à l’équation

image requête-equationReprise du précédent billet
Il était question de l’obstacle dont personne ne parle : le passage de la requête à l’équation de recherche dans PubMed. Un exemple était proposé à la sagacité du lecteur : comment formuler l’équation de recherche portant sur l’impact des corticoïdes inhalés sur la croissance de l’enfant asthmatique ?

Rappel
Contrairement aux habitudes des praticiens français , aucune équation de recherche dans PubMed ne peut être formulée sans une ou plusieurs affiliations descripteur/qualificatif. Pour s’en convaincre, il suffit d’afficher « l’étiquette » de chaque référence (pour cela : cliquer sur le titre de la référence puis sur MeSH Terms dans la notice au format abstract qui s’affiche à l’écran). Vous obtenez ainsi la liste des termes qui caractérisent le contenu de l’article. Dans leur grande majorité, ce sont des affiliations descripteur/qualificatif.
La logique la plus élémentaire voudrait que votre équation de recherche contienne des affiliations inscrites sur les étiquettes… afin que le documentaliste qui s’est investi dans l’indexation des articles ne l’ait pas fait pour rien. Mais, cette logique n’est jamais respectée.

Deuxième rappel
Une affiliation descripteur/qualificatif est un mariage entre un descripteur (il y en a 27149) et un qualificatif (il y en a 83). Le descripteur et le qualificatif sont collés l’un à l’autre, simplement séparés par un slash. Un descripteur ne se marie à un qualificatif que s’il existe entre eux des « affinités ». Ainsi, certains qualificatifs sont affiliés aux médicaments, d’autres aux maladies, d’autres encore aux investigations diagnostiques ou aux protocoles thérapeutiques.
Plus de détails sur : Se former sur PubMed avec un smartphone (téléchargement gratuit sur slideshare)
La méthode pour ne plus haïr PubMed pour tablettes 7 et 10″ (Google Play iTunes)

Après ces rappels et détails, on entre dans le vif du sujet : comment formuler…
Premier temps : quels sont les mots clés de la requête « impact des corticoïdes inhalés sur la croissance des enfants asthmatiques ». Paradoxalement, les termes qui peuvent être considérés comme des mots clés sont ceux qui ne sont pas des qualificatifs. Pas de problème pour avoir la liste des 83 qualificatifs : elle figure (en anglais, mais de traduction aisée) dans le « help » de PubMed. Ainsi les mots clés croissance, corticoïdes, inhalés, enfant et asthme ne sont pas, à l’évidence, des qualificatifs. Le mot clé « enfant » peut être écarté de l’équation de recherche dans la mesure où « l’impact sur la croissance » ne concerne pas quelqu’un d’autre qu’un enfant.

Deuxième temps : formulation de l’équation de recherche avec le concours du « constructeur de requêtes ».
Attention !  Le constructeur de requêtes ne fait pas tout. Il vous aide :
– à découvrir les descripteurs (termes MeSH) correspondant aux mots clés précédemment sélectionnés,
– et à construire l’équation en reliant ses membres avec les opérateurs booléens adéquats.
En aucun cas, il ne peut vous indiquer les qualificatifs à affilier à vos descripteurs pour donner de la cohérence à votre équation de recherche. En revanche, il vous donne la liste des qualificatifs pour chaque descripteur.

Pour chaque mot clé français que vous avez sélectionné, la procédure est la même :
– entrée dans la 1ère fenêtre et sélection du terme MeSH (descripteur) ;
– affichage des qualificatifs « compatibles » et sélection de celui qui parait le plus adapté :
– ajout dans la 2è fenêtre avec l’opérateur booléen adéquat. 4

Application

  • Croissance – terme MeSH : croissance Pour prendre en compte l’expression « impact sur la croissance », le qualificatif le plus approprié est « action des médicaments et substances chimiques »
  • Corticoïdes – terme MeSH : hormones corticosurrénaliennes Le qualificatif correspondant aux effets potentiels des corticoïdes sur la croissance est « effets indésirables ».
  • Inhalés – terme MeSH : administration par inhalation Ce descripteur n’a pas besoin de qualificatif dans le contexte de la requête.
  • Asthme – terme MeSH asthme Le mot clé étant relié à une classe thérapeutique (les corticoïdes), le qualificatif approprié est « traitement médicamenteux ».

Dans la 2è fenêtre, tous les membres de l’équation de recherche sont reliés par l’opérateur booléen ET (croisement des différents membres). L’équation de recherche affichée dans la fenêtre est :
(((croissance/action des médicaments et substances chimiques.mc[TER_MSH]) AND hormones corticosurrénaliennes/effets indésirables.mc[TER_MSH]) AND administration par inhalation.mc[TER_MSH]) AND asthme/traitement médicamenteux.mc[TER_MSH]
Elle affiche 140 références (le 22 septembre 2014)

La même équation formulée en anglais :
Growth/drug effects AND Adrenal cortex hormones/adverse effects AND Administration, inhalation [mh] AND Asthma/drug therapy
affiche 77 références (le 22 septembre 2014).

Pourquoi cette différence ? Réponse dans le prochain billet.

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7 Responses to PubMed : de la requête à l’équation

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  2. Marc Gozlan dit :

    Bonjour Philippe,
    Que pensez-vous de ces quatre équations de recherche (la 4e étant une simplification de la 3e) ? Pour ma part, j’ai tout de même préféré ajouter Child
    1. Asthma/drug therapy AND Administration, Inhalation AND Body Height/drug effects AND Glucocorticoids/adverse effects* AND Child AND Humans
    2. Asthma/drug therapy AND Administration, Inhalation AND Glucocorticoids AND Child AND Humans AND growth[Title]
    3. Asthma/drug therapy AND Administration, Inhalation AND Growth Disorders/etiology*AND Glucocorticoids/adverse effects* AND Child AND Humans
    4. Asthma/drug therapy AND Administration, Inhalation AND Growth Disorders AND Glucocorticoids AND Child AND Humans
    A noter que le terme MeSH + qualificatif « Failure to Thrive/drug therapy » ou simplement « Failure to Thrive » n’apporte aucun résultat dans ce contexte clinique (alors que ce n’est pas le cas pour le retard de croissance dans la mucoviscidose : « Failure to Thrive AND Cystic Fibrosis/complications* ».
    Cordialement,
    Marc Gozlan

  3. philippe eveillard dit :

    Bonjour
    Mes remarques.
    1. Ne laissez pas administration, inhalation sans champ.
    Le plus logique est [mh] puisqu’il s’agit d’un terme du MeSH.
    2. L’équation de base doit être neutre, quitte à la faire évoluer par la suite.
    C’est la raison pour laquelle Growth est mieux que Body Height.
    3. La meilleure formulation pour la corticothérapie est :
    (glucocorticoids/drug therapy OR Adrenal Cortex Hormones/drug therapy)
    car les documentalistes de la NLM emploient indifféremment l’une ou l’autre des affiliations pour l’indexer.
    4. Quelle signification accordez-vous à l’astérisque après les affiliations Glucocorticoids/adverse effects ou Cystic Fibrosis/complications

    Meilleurs sentiments
    Philippe Eveillard

  4. Marc Gozlan dit :

    Bonjour,

    1. En effet, mais je suis allé au plus pressé.

    2. Je vous rejoins sur le fait que l’on peut toujours (voire quasi-systématiquement pour ce qui me concerne) faire évoluer son équation de recherche. Disons que là encore j’ai voulu aller au plus vite pour cerner mon sujet. Si j’étais un thésard, j’aurais bien sûr commencé par Growth, pour ne pas risquer de passer à côté d’articles possiblement importants.

    3. J’ai en revanche plus de mal à vous rejoindre sur ce point. Je continue, par expérience, à penser que les termes MeSH les plus appropriés en matière de corticothérapie sont Glucocorticoids/therapeutic use et/ou Glucocorticoids/adverse effects. D’ailleurs dans l’arborescence du MeSH, le terme Adrenal Cortex Hormones se situe juste en amont de Glucocorticoids, terme qui me paraît plus ciblé. Cela dit, l’idéal serait de poursuivre la recherche en utilisant également comme termes MeSH Adrenal Cortex Hormones/adverse effects et/ou Adrenal Cortex Hormones/therapeutic use. C’est souvent nécessaire. Et cela deviendra indispensable pour le thésard.

    4. Dans PubMed, un ‘Major Topic’ est représenté par un astérisque. Par exemple, l’expression « heart attack* » (crise cardiaque) ne prendra pas en compte les descripteur MeSH Myocardial Infarction (infarctus du myocarde) et n’inclura pas les termes plus spécifiques comme Myocardial Stunning. Cela me permet lors de certaines requêtes de limiter au mieux le nombre de notices, surtout lorsque je me doute que je pourrais être submergé par l’avalanche de références. Je voulais aller vite. Là encore, à ne surtout pas conseiller de façon systématique ! A totalement éviter pour une recherche bibliographique dans le cadre d’une thèse.

    Salutations les plus cordiales,

    Marc Gozlan

  5. philippe eveillard dit :

    Bonjour

    D’accord pour le 3.
    Mais je suis toujours dubitatif sur le 4.
    La pondération est faite avec le champ [majr].
    Je n’ai pas la notion que l’astérisque remplace ce champ.
    D’ailleurs Cystic fibrosis/complications avec ou sans astérisque donne le même résultat.
    C’est dans le bordereau d’indexation que l’astérisque traduit la pondération.

    Philippe Eveillard

  6. Marc Gozlan dit :

    Sur le point 4, je comprends votre étonnement. J’ai utilisé cette subtilité (l’astérisque) que cette année réellement, car je ne voyais pas bien jusqu’à présent son intérêt ! Même si les résultats peuvent (disons une fois sur deux) être identiques à ceux obtenus sans astérisque, il n’en demeure pas moins que l’on peut récupérer des « perles » en l’utilisant.

    Je conseille néanmoins au thésard (ou simple néophyte) de ne pas utiliser l’*, car cela double le nombre des équations de recherche. Et donc cela est chronophage. Et s’il utilise, comme il se doit, plusieurs équations, il finira bien par récupérer les notices les plus pertinentes.

    Pour autant, les bibliothécaires de la NLM l’utilisent (très) souvent pour leur indexation. Il n’y a quasiment pas un article dont les termes MesH correspondants ne soient associés à un astérisque accolé au qualificatif et même parfois avant (c’est-à-dire au terme MesH lui-même, mais là on entre dans des détails dont l’utilisateur, même chevronné, n’a que faire).

    Cordialement,

  7. Eveillard dit :

    Dans la syntaxe de PubMed, l’astérisque correspond à la troncature droite.

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