Le Petit Poucet CISMeF rencontre l’ogre Archimedox

Posted by philippe eveillard on 8 mai 2013

L’arrivée de l’ogre Archimedox (avec ses 60 millions de liens au compteur !) sur le marché des outils de recherche en médecine m’a incité à le comparer au Petit Poucet CISMeF (avec 100 000 documents seulement dans sa musette).

La comparaison s’est déroulée le 8 mai 2013 sur le thème de la gonarthrose.
Paradoxalement, CISMeF a affiché 119 documents quand Archimedox s’est contenté d’en afficher 46.  Mais, parmi les 119 documents de CISMeF, il y en a 76 qui proviennent de l’HAS et ce sont essentiellement des évaluations techniques et des rapports de la Commision de transparence.

Les documents proposés par les 2 outils de recherche (sur le thème de la gonarthrose) sont rassemblés dans le tableau suivant.

Premier constat :
CISMeF et Archimedox « piochent » sensiblement dans le même sac de billes (le même espace documentaire). La comparaison des deux outils de recherche est donc parfaitement justifiée.

Deuxième constat : l’accès.
Il est libre et gratuit pour CISMeF, contrôlé (RPPS) et payant pour Archimedox.
Protectionnisme et corporatisme vont bien ensemble, mais à l’heure du Web 2.0, c’est bien ringard. Cela étant, bien que n’ayant pas de RPPS, Archimedox m’a laissé entrer chez lui. Dont acte.
Pour le caractère payant du service, je vais simplement citer un tweet récent (6 mai 2013) d’André Gunthert : « Berners Lee, scientifique, invente le Web à l’œil. Lescure, biznessman, bannit la culture gratuite » #cherchezlerreur http://bit.ly/12IDj1u

Dernier constat : l’adéquation et le bruit
Il fallait s’y attendre : l’indexation par des individus cortiqués (CISMeF) a du bon alors que les robots d’Archimedox sont parfois victimes de « cruelles » défaillances.
Trois exemples :
- aucune des 5 « recommandations pour la pratique » de la Hautes Autorité de santé n’a pour thème la gonarthrose;
- le document des ECN sur l’arthrose est affiché 4 fois dans la même catégorie (cours) ;
- dans la colonne de gauche sont listées les pathologies associées à la gonarthrose ; dans la liste : l’ostéochondrite syphilitique congénitale et la torsion de testicule.

Le résultat de la comparaison n’est pas celui  auquel on pouvait s’attendre : le petit poucet a mangé l’ogre.

Image : Kindlifresserbrunnen par janetmck Licence CC BY

Posted in Uncategorized | Tagged , | 1 Comment

A propos de la veille bibliographique dans PubMed

Posted by philippe eveillard on 30 avril 2013

La National Library of Medicine marche sur la tête.

En février 2013, elle publie sur son compte You Tube une vidéo vantant les mérites de la formulation en langage MeSH.
Deux mois plus tard (avril 2013), elle formule une équation de recherche « à la Google » dans le NLM Technical Bulletin pour signaler une amélioration de la fonction « veille » de MyNCBI.

L’équation de démonstration est la suivante :
mediterranean diet diabetes
C’est le genre d’équation qui « arrose » largement le champ de la banque de données.
Le cadre search details montre l’étendue de « l’inondation » :
(« diet, mediterranean »[MeSH Terms] OR (« diet »[All Fields] AND « mediterranean »[All Fields]) OR « mediterranean diet »[All Fields] OR (« mediterranean »[All Fields] AND « diet »[All Fields])) AND (« diabetes mellitus »[MeSH Terms] OR (« diabetes »[All Fields] AND « mellitus »[All Fields]) OR « diabetes mellitus »[All Fields] OR « diabetes »[All Fields] OR « diabetes insipidus »[MeSH Terms] OR (« diabetes »[All
Fields] AND « insipidus »[All Fields]) OR « diabetes insipidus »[All Fields])

Le thème de la veille est assez flou :
- rapports du diabète (mais quel type ?) et du régime méditerranéen
- ou traitement du diabète de type 2 par le régime méditerranéen ?

Dans le doute, j’ai choisi la première hypothèse et formulé de la façon suivante (en prenant en compte la nécessité d’explorer à la fois la partie indexée de MEDLINE et la partie non indexée de PubMed) :

Diet, Mediterranean [mh] AND Diabetes Mellitus [mh] OR (Mediterranean diet* [tiab] AND Diabetes Mellitus [tiab] NOT MEDLINE [sb])

Le cadre search detail est sans surprise, identique à la requête.
Diet, Mediterranean [mh] AND Diabetes Mellitus [mh] OR (Mediterranean diet* [tiab] AND Diabetes Mellitus [tiab] NOT MEDLINE [sb])

.Conclusion : qu’il s’agisse de recherche ou de veille l’équation de recherche reste sous votre contrôle tant que vous la formulez avec le langage et la syntaxe de PubMed

Posted in Uncategorized | Tagged , | Leave a comment

Gloria, passionnée de longues distances

Posted by philippe eveillard on 26 février 2013

Au milieu des années 2000, Gloria a suivi l’enseignement du DU de journalisme médical de Paris Descartes. C’est pour ça que je la connais.

Gloria est une passionnée des courses de longue distance et s’e'st lancé un défi : parcourir la distance Paris-Beyrouth en 16 semaines entre avril et août 2013. C’est pour ça que je lui consacre un post.

Gloria est tombée dans le chaudron de la course à pied et des longues distances il y a une dizaine d’années. Depuis, c’est une partie de sa vie, l’autre étant la médecine de rééducation fonctionnelle qu’elle exerce en région parisienne.

Le 7 avril prochain, Gloria participe au marathon de Paris et, immédiatement après, enchaine avec son périple Paris-Beyrouth en 16 semaines. Cela fait, en moyenne, 52 km par jour !

Elle n’est pas toute seule. Elle a des accompagnateurs (l’assistance en course), des conseillers  (la fine fleur de la médecine du sport : Gérard Saillant, Jacques Rodineau, François Carré) et un parrain d’exeption (Laurent Jalabert). C’est une « long distance runner, without loneliness ».

Si vous voulez en savoir plus, allez sur son site Web. Tous les détails sur Gloria et son défi s’y trouvent.
Si vous voulez l’encourager, ne vous privez pas.

 

 

Posted in Uncategorized | Leave a comment

PubMed et la flip education

Posted by philippe eveillard on 24 février 2013

La recherche bibliographique dans PubMed est un exemple où la flip education révèle ses qualités pédagogiques.
La flip education se déroule en 2 temps : mise en ligne du « cours » et formation en présentiel.

  • Mise en ligne des principes et fondamentaux de la recherche bibliographique dans PubMed une dizaine de jours avant la formation en présentiel. PubMed en 10 images et PubMed en 10 000 signes doivent faire l’affaire.
  • Formation en présentiel
    =Echanges avec les apprenants sur les documents dont ils ont pris connaissance quelques jours auparavant ;
    = Exemples de navigation « en live » dans :
    — la page de résultat (le format abstract, le bordereau d’indexation, les related citations…) ;
    — la formulation en 3 temps dans MeSH Database(traduction-affiliation-envoi) ;
    — la formulation définitive avec les filtres ;
    — l’évolution de l’équation de recherche vers plus de sensibilité ou plus deprécision.
    = Exercices sur chacune des étapes précédentes ; dans l’idéal, il faut programmer autant d’exercices qu’il y a d’apprenants pour que chaque exercice soit présenté par un apprenant et discuté (et corrigé) par les autres.

    Photo (Flickr) : l’espace Internet du musée de la communication (Berlin) par Dalbera Licence CC BY

Posted in Uncategorized | Tagged , | Leave a comment

PubMed en 10 000 signes

Posted by philippe eveillard on 22 février 2013

J’aurai pu mettre les 10 000 signes « bruts de fonderie » dans le blog (comme un billet). J’ai trouvé çà indigeste. Alors, j’ai fait comme Dean Giustini dans Slideshare : j’ai mis les 10 000 signes dans un diaporama « à lire ». Je pense que çà passe mieux. Bonne lecture.
Note : chaque diapositive reprend le thème d’une des 10 photos décalées.

Posted in Uncategorized | Tagged | Leave a comment

PubMed en dix images décalées

Posted by philippe eveillard on 15 février 2013

Je suis souvent sollicité pour « présenter » PubMed à l’aide de copies d’écran.
J’ai de moins en moins envie de le faire pour 2 raisons :
- PubMed n’est pas une machine à laver et pour la « présentation »,
il est préférable de parler « principes documentaires » que « mode d’emploi » ;
- PubMed est une interface tellement évolutive que le mode d’emploi est (aujourd’hui) « cliquer en haut et à droite » et sera (demain) « cliquer en bas et à gauche.

Les images que je propose sont plutôt décalées : un sac de billes, un magasin de primeurs, un convoi de chemin de fer… Mais, ces images ont l’ambition d’être plus pédagogiques que les modes d’emploi qui trainent un peu partout sur le Web…et qui font que PubMed est constamment interrogé en mode dégradé (« à la Google »).

Pendant longtemps, la National Library of Medicine (NLM) a
favorisé ce « n’importe quoi » :
- en faisant la promotion de l’interrogation simple (en fait « à la Google ») avec sollicitation de l’Automatic term Mapping ;
- ou en proposant une version pour smartphone (« je fais ma bibliographie debout dans le métro entre les stations Place d’Italie et Denfert-Rochereau »).
La NLM vient de redresser la barre (c’était hier, 14/02/2013) en mettant en ligne sur la chaine You Tube de NCBI un tutoriel intitulé « Use MeSH to Build a Better PubMed Query ».
Oui, c’est mieux de faire des requêtes en langage MeSH. Qu’on se le dise !

Posted in Uncategorized | 1 Comment

Armstrong, pour conclure

Posted by philippe eveillard on 24 janvier 2013

Gagner à tout prix
Lire et relire l’interview de Lance Armstrong par Oprah Winfrey. Repérer le nombre de fois où figure l’expression « gagner à tout prix ». Comprendre que l’explication de la carrière et du dopage du cycliste nord-américain se trouve là.
Chez Lance Armstrong l’équation « performance » s’écrit : Grosse cylindrée (qualités aérobies) + grosse anticipation (intelligence de course) + grosse motivation (gagner à tout prix) + grosse équipe (à son service) = maillot jaune.
Contrairement à ce que dit Armstrong dans son interview, c’est suffisant pour gagner 7 fois le Tour de France. Sans aide ergogénique ? J’ai envie de le croire.

Qui est dopé ?
Oui, Lance Armstrong a pris de l’érythropoïétine, des corticoïdes, de la testostérone…
Oui, Lance Armstrong s’est fait injecter du sang enrichi en oxygène (et comment ne pas être sidéré par une telle ânerie) ;
Oui, Lance Armstrong s’est dopé, si l’on se réfère à la liste des produits dopants. Mais les produits de cette liste n’ont jamais démontré leur efficacité sur le critère principal de jugement d’une aide ergogénique : la performance en compétition.

Pierrot Théodule, licencié au VC Trifouilly, avale tous les matins 5 complexes vitaminiques et sa voisine infirmière lui injecte dans la fesse une ampoule de B1B6B12 toutes les semaines. Dimanche prochain, il s’aligne dans le critérium de son chef-lieu de canton (80 km autour de l’église, du cimetière et de la mairie). Avec une telle « préparation », il compte bien recevoir le bouquet du vainqueur.

A l’arrivée du critérium, Pierrot Théodule devancera-t-il Jean-Marie Cachou licencié au Sprinter Club de Nowaycity, un adepte de la préparation « à l’eau claire » ? Rien n’est moins sûr.
De même que rien n’est moins sûr que Lance Armstrong ait fait les meilleurs choix à la veille de ses 7 Tours de France. Sa panoplie était-elle la plus achalandée, la mieux dosée, la plus performante ? Nul ne le sait quand une bonne partie du peloton était chargée comme une mule. Avait-il la meilleure « formule magique » ? Rien n’est moins sûr. Mais il a gagné…et aujourd’hui c’est ce qu’on lui reproche.

Lance Armstrong a enfreint les règlements, mais a-t-il usurpé sa place de premier à l’issue des 7 Tours de France ?
Pierrot Théodule triche (il compte sur les médicaments pour devancer J-M Cachou), mais va-t-il gagner dimanche ?

Photo : Winning par jonty.fisher Licence Creative Commons BY

Posted in Uncategorized | Tagged | 6 Comments

Le MeSH, rien que le MeSH

Posted by philippe eveillard on 12 janvier 2013

La bibliothèque nationale de médecine des Etats-Unis se casse la tête à indexer chaque article de la banque de données bibliographiques MEDLINE. Cela n’empêche pas les médecins d’interroger la banque de données sans en tenir compte. Ils s’en fichent pas mal de l’indexation. D’autant plus qu’ils ne savent pas quoi en faire et que c’est bien plus facile de prendre la fenêtre d’interrogation de PubMed pour celle de Google.

L’exemple qui tue
Dans PubMed, une requête sur les métastases hépatiques des cancers colorectaux est formulée « à la Google » et selon le langage MeSH.

A la Google, cela donne : « liver metastasis » « colorectal cancer » et 1193 références (le 11janvier 2013). Comme le montre le cadre « search detail », l’Automatic Term Mapping* a jeté l’éponge (« liver metastasis »[All Fields] AND « colorectal cancer »[All Fields]).

En langage MeSH, l’équation de recherche est formulée : Liver Neoplasms/secondary AND Colorectal Neoplasms/complications (302 références le 11 janvier 2013). L’Automatic Term Mapping confirme qu’il s’agit bien d’une formulation en langage MeSH  (« liver neoplasms/secondary »[MeshTerms] AND « colorectal neoplasms/complications »[Mesh Terms]). La syntaxe de PubMed permet de cibler encore plus la requête en “pondérant” les 2 affiliations descripteurs/qualificatifs. L’équation devient : Liver Neoplasms/secondary [majr]  AND Colorectal Neoplasms/complications [majr]. Elle affiche 51 références (le 11 janvier2013).

L’analyse de la première page de résultat (les 20 premières références) de l’équation Google et de l’équation MeSH (la première et la seconde) ne laisse aucun doute sur l’intérêt de formuler « MeSH ».

L’étiquette
PubMed accroche une étiquette à chaque article. C’est ce qu’on appelle le bordereau d’indexation de l’article. Pour l’afficher, il suffit de cliquer sur « MeSH Terms » en bas de la notice au format abstract. Sur cette étiquette figure la liste des termes MeSH et des affiliations terme MeSH/qualificatif .

Une bonne adéquation entre les résultats  et la requête nécessite de formuler vos équations de recherche avec ces termes et ces affiliations. Hors du MeSH point de salut !

Pourquoi…
…les médecins continuent-ils d’interroger PubMed/MEDLINE n’importe comment ?

Il y a deux raisons à cela.
Ils interrogent PubMed/MEDLINE pour n’importe quoi  alors que l’exploration de la banque de données ne sert qu’à une chose : faire une bibliographie (pour une publication ou une thèse).
S’il s’agit de  résoudre un problème clinique ou chercher une information , il y a d’autres outils de recherche (en anglais : Dynamed, UpToDate, Clinical Key, Cochrane library ; en français : CISMeF, les recommandations de l’HAS et des sociétés savantes).

Ils interrogent PubMed/MEDLINE n’importe où alors qu’il n’y a qu’un seul endroit pour faire une bibliographie : la bibliothèque universitaire du coin. C’est le seul endroit où vous pouvez :
- vous asseoir (c’est mieux pour réfléchir aux termes MeSH que vous allez entrer dans la fenêtre d’interrogation) ;
- solliciter l’avis de personnes compétentes (les bibliothécaires) ;
- emprunter des périodiques (pour lire les articles que vous avez sélectionnés et pour « remonter les filières bibliographiques »).

* Automatic term Mapping : moulinette qui compare votre mot clé (du langage courant) à des tables de mots (termes MeSH, périodiques, auteurs).

Iconographie
Learning Sign Language par Daveynin Licence Creative Commons Paternité
http://www.flickr.com/photos/daveynin/4469841629/

 

Posted in Uncategorized | Tagged | 2 Comments

Flip education : Google Scholar, CISMeF, BDSP

Posted by philippe eveillard on 28 décembre 2012

Rappel sur la flip education et les 2 premières journées de formation là et là.

Trois documents

Le screencast adressé 8 jours avant la formation en présentiel

Les exercices effectués pendant la formation en présentiel

Les corrigés des exercices adressés aux apprenants au décours de la formation

Posted in Uncategorized | Tagged | Leave a comment

Flip education : sites médicaux et veille documentaire en médecine

Posted by philippe eveillard on 26 décembre 2012

Flip education destinée aux médecins conseils et médecins du travail de la Mutualité Sociale Agricole (MSA). Cette formation porte sur les sites médicaux (agences sanitaires et sites de médecine du travail) et la veille documentaire en médecine (programme de la 2è journée de formation à la faculté de médecine de Tours le 26 septembre 2012).

Trois documents sont présentés dans ce post :

Le screencast adressé aux praticiens une semaine avant la formation en présentiel.

Le diaporama des exercices effectués le jour de la formation.

Le diaporama des corrigés des exercices.

Posted in Uncategorized | 1 Comment